New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2403799 = | 44 (0.680) | 4 (0.070) | 4/244 | NT | 8.3% | coding (426/1209 nt) | PP_2106 | ammonium transporter |
? | NC_002947 | 2403860 = | 48 (0.800) | coding (487/1209 nt) | PP_2106 | ammonium transporter |
GGTCAAGTGTTTCTTCCTGCTGACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGC > NC_002947/2403652‑2403944 | gcccagcgccagaaagggaatgctcgatggcgcaaaagccaccaaacgcccatcgcggtaccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGt > 7:96222‑M1/148‑149 (MQ=255) gTCAAGTGTTTCTTCCTGCTGACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGggtgtggtgt < 5:78996/148‑1 (MQ=255) cccagcgccagaaagggaatgctcgatggcgcaaaagccaccaaacgcccatcgcggtaccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTg < 2:141268‑M1/3‑1 (MQ=255) tCAAGTGTTTCTTCCTGCTGACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGgtgtggtgtg > 1:303939/1‑148 (MQ=255) agcgccagaaagggaatgctcgatggcgcaaaagccaccaaacgcccatcgcggtaccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTGGaa < 4:31193‑M1/6‑1 (MQ=255) aaGTGTTTCTTCCTGCTGACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGaa < 4:26250/149‑1 (MQ=255) gtgtTTCTTCCTGCTGACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACg > 4:315617/1‑149 (MQ=255) gaaagggaatgctcgatggcgcaaaagccaccaaacgcccatcgcggtaccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcg < 8:12717‑M1/1‑1 (MQ=255) gaaagggaatgctcgatggcgcaaaagccaccaaacgcccatcgcggtaccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcg > 7:12717‑M1/137‑137 (MQ=255) ctgctgACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTgg < 8:32071/148‑1 (MQ=255) ctgACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGc < 4:1193/147‑1 (MQ=255) ctgACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGc < 2:303939/147‑1 (MQ=255) cTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAgg > 5:352082/1‑149 (MQ=255) ttCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGc > 3:214394/1‑149 (MQ=255) gATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAgg < 4:282346/149‑1 (MQ=255) ttCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGc < 1:293321/148‑1 (MQ=255) ttCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGc > 2:293321/1‑148 (MQ=255) aaacgcccatcgcggtaccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCtt < 6:190592‑M1/45‑1 (MQ=255) ctcCGGGGGCATTGCCGAGCGGGTGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTgg > 5:56268/1‑113 (MQ=255) ctcCGGGGGCATTGCCGAGCGGGTGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTgg < 6:56268/113‑1 (MQ=255) taccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCa > 8:13240‑M1/90‑149 (MQ=255) ggCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCa > 7:104185/1‑149 (MQ=255) ccgccctcggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagcccccgatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCAc > 5:247672‑M1/88‑148 (MQ=255) ccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACg > 5:190592‑M1/88‑149 (MQ=255) ccGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACttt > 5:266424/1‑149 (MQ=255) ccGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACttt > 8:119393/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGcc > 3:64335/1‑149 (MQ=255) gcgcGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCa > 7:190573/1‑134 (MQ=255) gcgcGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCa < 8:190573/134‑1 (MQ=255) cgcgGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCt < 6:266424/149‑1 (MQ=255) gcgGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCtg > 2:222591/1‑149 (MQ=255) tGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCCCCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTa > 6:208015/1‑149 (MQ=255) ccGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTaca > 4:47961/1‑149 (MQ=255) ccGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTaca > 3:31193/1‑149 (MQ=255) cGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTgtgg > 5:316181/1‑141 (MQ=255) cGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTgtgg < 6:316181/141‑1 (MQ=255) gcTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATgggggg > 6:305788/1‑149 (MQ=255) gTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTCATGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGgctggctg < 1:116241/149‑1 (MQ=255) ttGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCATGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCtggctggc > 1:85264/1‑149 (MQ=255) ttGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCtggctggc < 3:153145/149‑1 (MQ=255) tGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGctggcgctggcg > 5:396023/1‑149 (MQ=255) ggCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTggcgg > 3:235776/1‑149 (MQ=255) gCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTggcgg < 3:47961/148‑1 (MQ=255) cGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGGGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTg < 7:177217/148‑1 (MQ=255) gTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCt > 2:373543/1‑149 (MQ=255) tCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGc > 4:161573/1‑149 (MQ=255) cGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTg > 4:91744/1‑149 (MQ=255) cGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACACTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTg > 2:35596/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATggg > 2:318483/1‑114 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATggg < 1:318483/114‑1 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTgg > 1:362767/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTgg < 1:222591/149‑1 (MQ=255) cGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACACTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGgcgc < 1:35596/147‑1 (MQ=255) gAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGgcgcgc < 3:91744/148‑1 (MQ=255) ggtgtggtgtGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCg > 5:195834/1‑149 (MQ=255) tggtgtggAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGACGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTggg > 1:327705/1‑149 (MQ=255) gtgtggAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGc < 3:315617/148‑1 (MQ=255) | GGTCAAGTGTTTCTTCCTGCTGACCTTCGCGGCGGCGATTCCGGCGATCATCTCCGGGGGCATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGC > NC_002947/2403652‑2403944 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |