New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2403799 = | 44 (0.680) | 4 (0.070) | 4/244 | NT | 8.3% | coding (426/1209 nt) | PP_2106 | ammonium transporter |
? | NC_002947 | 2403860 = | 48 (0.800) | coding (487/1209 nt) | PP_2106 | ammonium transporter |
CATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGC > NC_002947/2403712‑2404006 | ccgcccacggcgcgcgcccagcaacagcaccgccgccagcgccagccagccccccatggcgtgtaccaccacagacccggcaaagtcGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACg > 5:190592‑M1/88‑149 (MQ=255) ccGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACttt > 5:266424/1‑149 (MQ=255) ccGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACttt > 8:119393/1‑149 (MQ=255) aGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGcc > 3:64335/1‑149 (MQ=255) cgcgGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCt < 6:266424/149‑1 (MQ=255) gcgGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCtg > 2:222591/1‑149 (MQ=255) tGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCCCCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTa > 6:208015/1‑149 (MQ=255) ccGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTaca > 4:47961/1‑149 (MQ=255) ccGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTaca > 3:31193/1‑149 (MQ=255) cGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTgtgg > 5:316181/1‑141 (MQ=255) cGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTgtgg < 6:316181/141‑1 (MQ=255) gcTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATgggggg > 6:305788/1‑149 (MQ=255) gTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTCATGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGgctggctg < 1:116241/149‑1 (MQ=255) ttGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCATGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCtggctggc > 1:85264/1‑149 (MQ=255) ttGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCtggctggc < 3:153145/149‑1 (MQ=255) tGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGctggcgctggcg > 5:396023/1‑149 (MQ=255) ggCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTggcgg > 3:235776/1‑149 (MQ=255) gCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTggcgg < 3:47961/148‑1 (MQ=255) cGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGGGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTg < 7:177217/148‑1 (MQ=255) gTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCt > 2:373543/1‑149 (MQ=255) tCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGc > 4:161573/1‑149 (MQ=255) cGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTg > 4:91744/1‑149 (MQ=255) cGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACACTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTg > 2:35596/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATggg > 2:318483/1‑114 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATggg < 1:318483/114‑1 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTgg > 1:362767/1‑149 (MQ=255) gTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTgg < 1:222591/149‑1 (MQ=255) cGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACACTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGgcgc < 1:35596/147‑1 (MQ=255) gAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGgcgcgc < 3:91744/148‑1 (MQ=255) ggtgtggtgtGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCg > 5:195834/1‑149 (MQ=255) tggtgtggAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGACGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTggg > 1:327705/1‑149 (MQ=255) gtgtggAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGc < 3:315617/148‑1 (MQ=255) cgtggaacggtgcgccgaagcgtgcctgcagccaagcctgtaggcccagattaccgttccacGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCgg > 5:190592‑M2/63‑149 (MQ=255) gtggaacggtgcgccgaagcgtgcctgcagccaagcctgtaggcccagattaccgttccacGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATCGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGAGGGCgg > 5:247672‑M2/62‑148 (MQ=255) tggaacggtgcgccgaagcgtgcctgcagccaagcctgtaggcccagattaccgttccacGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTa > 8:13240‑M2/61‑149 (MQ=255) GAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTAcc < 1:141268‑M1/149‑1 (MQ=255) TAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTACCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATg > 4:235776‑M1/1‑149 (MQ=255) cgatctccTACACGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATgg < 7:256696/141‑1 (MQ=255) cTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCATGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTAGACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGc < 2:85264/148‑1 (MQ=255) tGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTggg < 2:149332/118‑1 (MQ=255) tGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTggg > 1:149332/1‑118 (MQ=255) aagcgtgcctgcagccaagcctgtaggcccagattaccgttccacGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGttt < 6:190592‑M2/104‑1 (MQ=255) cTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTCCCGCGAtcc > 8:256696/1‑138 (MQ=255) cTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTtggt < 6:396023/149‑1 (MQ=255) aCAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTtggtgg > 5:310929/1‑149 (MQ=255) aGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATgggggg > 8:245226/1‑76 (MQ=255) aGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATgggggg < 7:245226/76‑1 (MQ=255) gCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCACGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCttt > 8:347318/1‑149 (MQ=255) cTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCACGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCtttt < 7:347318/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTgc < 5:305788/149‑1 (MQ=255) tGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGGCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTgc < 4:64335/149‑1 (MQ=255) aGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATc > 4:332435/1‑148 (MQ=255) ggCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGa < 4:214394/149‑1 (MQ=255) gCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAg < 3:161573/149‑1 (MQ=255) ttC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTcc > 1:254486/1‑149 (MQ=255) ttccacGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCt < 4:31193‑M2/143‑1 (MQ=255) cacGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTggg < 2:141268‑M2/146‑1 (MQ=255) acGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGc > 7:96222‑M2/3‑149 (MQ=255) cGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTc < 8:12717‑M2/136‑1 (MQ=255) cGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTc > 7:12717‑M2/2‑137 (MQ=255) | CATTGCCGAGCGGGCGCGGTTCGTGCCGCAGTTGTGCGCTACGGCGTTGATCGTGGCGTTCGTCTATCCGTTCTTCGAGGGTGTGGTGTGGAACGGTAATCTGGGCCTACAGGCTTGGCTGCAGGCACGCTTC‑GGCGCACCGTTCCACGACTTTGCCGGGTCTGTGGTGGTACACGCCATGGGGGGCTGGCTGGCGCTGGCGGCGGTGCTGTTGCTGGGCGCGCGCCGTGGGCGGTACCGCGATGGGCGTTTGGTGGCTTTTGCGCCATCGAGCATTCCCTTTCTGGCGCTGGGC > NC_002947/2403712‑2404006 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |