New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2915278 = | 45 (0.690) | 4 (0.070) | 4/248 | NT | 9.1% | coding (4298/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
? | NC_002947 | 2915368 = | 38 (0.620) | coding (4388/10827 nt) | PP_2561 | hemolysin‑type calcium‑binding bacteriocin |
ATCAGTGCGGGCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGC > NC_002947/2915136‑2915425 | ttgatttgcgcgaggatgaagttcaggtcggagcgcaccatgtgcaggccggcaccgccgtcactggcatccaccaccggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacaGCACTTc < 5:307853‑M1/7‑1 (MQ=255) gatttgcgcgaggatgaagttcaggtcggagcgcaccatgtgcaggccggcaccgccgtcactggcatccaccaccggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacaGCACtt > 6:243270‑M1/141‑146 (MQ=255) tGCGGGCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCa < 1:138447/149‑1 (MQ=255) gCGGGCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCaa < 6:32535/149‑1 (MQ=255) ctggCAACGCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCCTCCAGAGCGCTGATTGCACTTCGTTCaa < 8:221594/146‑1 (MQ=255) cGGGCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAg < 4:159572/149‑1 (MQ=255) cGGGCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAg < 7:180429/149‑1 (MQ=255) gggCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAgg > 6:218919/1‑149 (MQ=255) gCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGCCCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGgtg > 6:342206/1‑149 (MQ=255) cccGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGc < 4:95907/149‑1 (MQ=255) gctcgcCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGGCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCg > 7:309944/1‑149 (MQ=255) tcgcCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCggg > 3:243514/1‑149 (MQ=255) cGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGa < 4:119511/149‑1 (MQ=255) aCCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGc < 5:259635/149‑1 (MQ=255) ttCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGc > 7:191469/1‑149 (MQ=255) ttCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGc > 7:240582/1‑149 (MQ=255) tgtCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGt > 6:131996/1‑148 (MQ=255) tgtCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGAAATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTc < 4:326399/149‑1 (MQ=255) gcaggccggcaccgccgtcactggcatccaccaccggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacaGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGt < 8:190888‑M1/49‑1 (MQ=255) tCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTc > 2:22835/1‑147 (MQ=255) ctactaCTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAgg > 3:352891/1‑149 (MQ=255) tactacTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCTCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCTGGTCAAGGc > 4:232205/1‑149 (MQ=255) tactacTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGc > 1:28220/1‑149 (MQ=255) ctGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGAt < 1:154523/147‑1 (MQ=255) ttCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGa < 1:22835/149‑1 (MQ=255) tcactggcatccaccaccggggtggccactgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacaGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGa < 5:116892‑M1/67‑1 (MQ=255) ggCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGccc < 5:218919/149‑1 (MQ=255) ggCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGccc < 3:398127/149‑1 (MQ=255) gCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCa < 2:28220/149‑1 (MQ=255) gACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATgg < 8:309944/149‑1 (MQ=255) gggCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGcacca > 6:191655/1‑149 (MQ=255) ggCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGcaccac < 4:243514/149‑1 (MQ=255) tgtgtTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGc < 5:191655/149‑1 (MQ=255) tgtTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTg < 3:155995/149‑1 (MQ=255) cactgtcggcaccacgggcgcgcccgggtgcaccacggtggtaggctgcgagtacaGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGt > 7:190888‑M1/57‑149 (MQ=255) ctgtcggcaccacgggcgcgcccggttgcaccacggtggtaggctgcgagtacaGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTAc > 6:116892‑M1/55‑149 (MQ=255) ccAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACt > 3:17707/1‑149 (MQ=255) ggACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCg > 5:318321/1‑148 (MQ=255) aCATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAg < 4:352891/149‑1 (MQ=255) catcatCCTGCTACCGGCCGTAGACCTGGCCTTCCAGATCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGTCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCACATGGCAACAACGAAGTGATGTAATCGCAg > 3:131259/1‑148 (MQ=255) atcatcCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGCGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGcc > 1:255260/1‑149 (MQ=255) ccTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTacca > 6:399722/1‑149 (MQ=255) ctccTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGCTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTacca < 3:232205/145‑1 (MQ=255) ccggccggCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCgtg < 5:131996/147‑1 (MQ=255) cTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCgtggt > 6:366480/1‑132 (MQ=255) cTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCgtggt < 5:366480/132‑1 (MQ=255) cTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGgcgcgc > 7:64216/1‑146 (MQ=255) cTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGgcgcgc < 8:64216/146‑1 (MQ=255) ttCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCgt > 6:269337/1‑149 (MQ=255) gagCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGc < 5:399722/149‑1 (MQ=255) agCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGGCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGcc < 4:17707/149‑1 (MQ=255) GCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGc > 8:191469‑M1/1‑148 (MQ=255) | ATCAGTGCGGGCAACCCGGCTGGGTCGCTCGCCGACCGTTCGGTGTCCTACTACTGGCAGTTCGAGGCCGACCCGGGCAGCGGTGTGTTCCAGGACATCATCCTGCTACCGGCCGGCGACCTGGCCTTCCAGAGCGCTGATGGCACTTCGTTCAAGGTGTCGCCAGACCTGGCCGGGCTGAGCCTGCGGGTCAAGGCGATCTATCAGGATGCCCATGGCACCACCGAAGTGCTGTACTCGCAGCCTACCACCGTGGTGCAACCGGGCGCGCCCGTGGTGCCGACAGTGGC > NC_002947/2915136‑2915425 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |