| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 594771 = | 31 (0.480) | 4 (0.070) | 3/242 | NT | 7.2% | intergenic (‑10/+117) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 594856 = | 74 (1.240) | intergenic (‑95/+32) | PP_0505/PP_0506 | hypothetical protein/ABC transporter permease | |||||
TAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATGGGT > NC_002947/594717‑595004 | tAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGt > 4:239976/1‑147 (MQ=255) gagGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAg < 1:50461/148‑1 (MQ=255) aTCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGttt < 7:301860/149‑1 (MQ=255) tCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTGCCTGTGGGTCCGGGCGTGCCCCCGAAGGAGGCCGTGAGGTGGTTg > 8:272680/1‑149 (MQ=38) gCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAg > 5:133840/1‑140 (MQ=255) gCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAg < 6:133840/140‑1 (MQ=255) ccAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCAtt < 1:45152/149‑1 (MQ=255) gcaacagcaaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCGGCGGGGCTCCCAGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTAcg > 5:305807/1‑149 (MQ=255) gcaacagcaaGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACAGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGAGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGCCGGAGACGTGTTTGATCATTAcg > 5:311358/1‑149 (MQ=38) gCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTAcgc > 2:103903/1‑139 (MQ=255) gCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTAcgc < 1:103903/139‑1 (MQ=255) cagcagCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGgt > 7:63471/1‑149 (MQ=255) gCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAg < 7:272680/148‑1 (MQ=255) cATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGc > 5:381522/1‑149 (MQ=255) aTTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGcc > 8:331493/1‑149 (MQ=255) ttGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCg > 7:343099/1‑149 (MQ=255) ccGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGt > 4:33955/1‑147 (MQ=255) ggCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCTAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTcagc > 6:234556/1‑149 (MQ=255) gaGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGAt < 5:322810‑M1/147‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGgt < 7:239162/101‑1 (MQ=255) aGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCg > 6:84299/1‑149 (MQ=255) ggTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCgg > 1:112549/1‑149 (MQ=255) gTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCgg > 2:360453/1‑148 (MQ=255) tGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCaga < 4:82279/92‑1 (MQ=255) tGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCaga > 3:82279/1‑92 (MQ=255) gCACAACCTCCAACGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCt < 3:233001/149‑1 (MQ=255) cacacccTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTg < 3:243692/143‑1 (MQ=255) cacaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCg > 6:189824/1‑107 (MQ=255) cacaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCg < 5:189824/107‑1 (MQ=255) acaAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCTGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGc > 2:185736/1‑149 (MQ=255) caAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGACCAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGc < 1:95048/149‑1 (MQ=255) 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gCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAg > 7:337982/1‑149 (MQ=255) cGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGc < 2:112549/149‑1 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGc > 5:23112/1‑148 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGTAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAg < 7:331493/149‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAg > 1:151747/1‑149 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAAGCAGGAGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAg < 8:359517/149‑1 (MQ=255) gTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCAGGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGt < 1:288162/149‑1 (MQ=255) gcccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACCCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTc > 7:308736‑M2/11‑148 (MQ=255) cccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTcc < 5:100764‑M2/139‑1 (MQ=255) ccgcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCAt > 4:309009‑M2/9‑149 (MQ=255) gcgaagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCAtt > 7:680‑M2/7‑148 (MQ=255) aagCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGCTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATg < 5:349524‑M2/146‑1 (MQ=255) cAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATGGGt < 8:102639/149‑1 (MQ=255) | TAGAGGCATCGCTACCAGCAACAGCAAGGCCAGCAGCATGTGCATTGCCGGCCTCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGTACTGCACAAGCTCCAAAGCCTGCGGGGCTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGCAGGCGGTGAGGTGTTTGATCATTACGCGCACTCAGAGGTGTATGGA‑CAGGCCGTCAGCCAGCGATTGCCGGTAAGCCCGCCACGCCGGCACGCTGCCCATCAGCAACGCGGCCCCCAGGATGATAGCCAGCAAGGTCCATTCATGGGT > NC_002947/594717‑595004 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |