New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1311776 | 52 (0.800) | 4 (0.070) | 3/246 | NT | 9.6% | intergenic (‑244/+34) | PP_1144/rapA | membrane protein/RNA polymerase‑associated protein RapA |
? | NC_002947 | 5594166 = | 27 (0.450) | intergenic (‑113/+32) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
GATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTT > NC_002947/5594020‑5594313 | gATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGGTTTGCCGGGCACACCGGGAAAGCCGGTGCCATTCAACGCATGTCTTTGTTTGCGGGCAAg > 1:401728/1‑149 (MQ=255) atgggagggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGc < 3:248309/143‑1 (MQ=255) aTGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGc < 7:285778/149‑1 (MQ=255) gTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCg > 1:121829/1‑149 (MQ=255) gTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCg > 4:125191/1‑149 (MQ=255) cGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCt < 3:125191/149‑1 (MQ=255) gggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCt < 2:121829/148‑1 (MQ=255) gggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc > 8:98884/1‑149 (MQ=255) gggAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTc < 7:98884/149‑1 (MQ=255) agagaACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACAACCGCAAAGCCGGTGACATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCCGGCAAGCCCGCTCCca > 7:96704/1‑149 (MQ=255) gagaAGTGGCTGGGGGTTGTCATGGTCTTGTCGGCTGGTGTGTTTTTATGTGGCATACACCACCGTGTGGGAGGGGGCTTGCCGGCGAACAGGGGCAATGCGGGTGCCTTGCCCGGATTTGGTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCca < 8:96704/148‑1 (MQ=255) atggacatgTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAACACCGGCAACGCCGGTGCCATGCACCGCATTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTa < 3:244100/149‑1 (MQ=37) ctctggAGTTATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGGGGGCTTGCCCGCTAACAGGGGCAATGCCGGTGCCATGCACCGCTGTGCTTGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTgg < 2:57357/144‑1 (MQ=37) aGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCCCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTgg > 1:57357/1‑145 (MQ=255) gggAGCGGGCGTGGCCCCGCACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCCGTGCTTGCTTAGCGGGCAAGCCCGCGCCCCCAGGGTAAGGTGGTGCGGGTTTTACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCATACAGGCGGAACCCCTAGGc > 6:49180/1‑147 (MQ=21) ttGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGtggt < 2:342657/79‑4 (MQ=255) ttGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGtggt > 1:342657/1‑76 (MQ=255) ttGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTTTGGGGGAGACAGCTGGCTGCCTTCCTCGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACg > 1:339460/1‑149 (MQ=25) ttGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt > 5:76144/1‑149 (MQ=255) ccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcAAGCCCGCTCCCACAGGGTGAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt < 5:254690‑M2/92‑1 (MQ=255) ccgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcAAGCCCGCTCCCACAGGGTGAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCAt > 6:254690‑M2/54‑145 (MQ=255) ccGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCt > 8:49772/1‑149 (MQ=255) cgcgaagcaagcactgcggtgcatggcaccggctttgccggtgttcgcgggcAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCtt > 2:22485‑M2/53‑149 (MQ=255) gcgAACACCGGCAAAGCCAGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTg > 5:223559/1‑116 (MQ=255) gcgAACACCGGCAAAGCCAGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTg < 6:223559/116‑1 (MQ=255) acCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGAc > 8:190158/1‑149 (MQ=255) aaaGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTca > 8:171857/1‑148 (MQ=255) aGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACAt > 2:239885/1‑149 (MQ=255) gTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACg > 7:102533/1‑149 (MQ=255) gTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACg > 3:91307/1‑149 (MQ=255) cATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCt > 2:180885/1‑149 (MQ=255) gcaccggctttgccggtgttcgcgggcAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGCCACATCCACGGCCTc > 5:382706‑M2/28‑149 (MQ=255) cGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCtt > 8:205451/1‑149 (MQ=255) cGCAGTGCTTGCTTCGCGGCCAAGCCCCCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGCCTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGATGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCGTTGCACGACCGTCACATCCCCGGCCTCGATc > 2:273850/1‑147 (MQ=255) cttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTAc < 8:102533/148‑1 (MQ=255) cttCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTAc < 4:91307/148‑1 (MQ=255) gcggtgaaaGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTTG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCAc < 2:401728/142‑1 (MQ=255) cgcgggcAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTc < 7:171857‑M2/140‑1 (MQ=255) cAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACtt > 2:175605‑M2/2‑149 (MQ=255) | GATGGTCGGGAGAGAACTGGCTGGGTGATGTCATGGTCATGTCCGCAGGAGTGATGTTAAGTGGCATACACCACCCTGTGGGAGCGGGCTTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCGGGCAAGCCCGCTCCCACAGGGTAAGGTGCTGCGGTTTAGACTTT‑‑GTGG‑TACAGCTGGCTGCCTTCCTGGCGGAACCGCTCGGCCTGCTCACGCATGCCTTGCTCGACCGTCACATCCACGGCCTCGATCTTGGCAGCGTACTCACGCACTT > NC_002947/5594020‑5594313 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |