| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1531769 | 6 (0.090) | 3 (0.060) | 3/216 | NT | 22.3% | coding (107/630 nt) | PP_1344 | hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 1531817 | 16 (0.300) | coding (59/630 nt) | PP_1344 | hypothetical protein | |||||
GGTGGCTGGGCGGGGGAGGGTTTGTAGGCCATGGGGGTACGCGTGAAGTGACGTGGGCACAGTCTAACATCTCCGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGTATCAGCATCGTGGAAA > NC_002947/1531670‑1531955 | ggTGGCTGGGCGGGGGAGGGTTTGTAGGCCATGGGGGTACGCGTGAAGTGACGTGGGCACAGTCTAACATCTCCGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCa < 8:44703/148‑1 (MQ=255) ggCTGGGCGGGG‑AGGGTTTGTAGGCCATGGGGGTACGCGTGAAGTGACGTGGGCACAGTCTAACATCTCCGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTTAcccgc > 1:49952‑M2/1‑144 (MQ=255) cATGGGGGTACGCGTGAAGTGACGTGGGCACAGTCTAACATCTCCGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCAcccgc > 4:364047‑M2/1‑119 (MQ=255) cATGGGGGTACGCGTGAAGTGACGTGGGCACAGTCTAACATCTCCGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCAcccgc < 3:364047‑M2/124‑6 (MQ=255) cgcgGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATc > 7:90705/1‑149 (MQ=255) gggggAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTa > 7:380183/1‑148 (MQ=255) aCCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCAcccgcgaagaggccggcacaggcaacggagatgttagactgtgcccacgtcacttcacgcgtacccccatggcctacaaacccgcccccgcccagccccctgcc < 6:161194‑M2/149‑105 (MQ=255) cccGCTCCTGCCAGGGTTTTCGGTATCTTGTTGGAGCGGGTTCACCCGCGATGAGGCCGGCTCAGGCTGCCGA‑TGG‑GATGGCTGGTT‑GTCGATAGGTTTGGTGTTGCCTGGGCTTGATCTCGGTGGAGATGCGCGTATGTTAAAGAGGc > 4:122123/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGa < 4:188530/117‑1 (MQ=255) cccGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTGCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGc > 7:219772/1‑149 (MQ=255) cccGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGAAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGa > 3:188530/1‑117 (MQ=255) ccGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAAGGGAGCAAGACAGGTTAGGAGATAGCTTTGATGTTGCCAAGCCTTGAACTAAGTGAAAATGCCCCTATATAAAACAg > 1:329913/1‑149 (MQ=25) ccGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGACTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGca > 5:270861/1‑148 (MQ=255) gCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCAcccgcgaagaggccggcacaggcaacggagatgttagactgtgcccacgtcacttcacgcgtacccccatggcctacaaaccctcc < 1:151065‑M2/127‑87 (MQ=255) gCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCAcccgcgaagaggccggcacaggcaacggagatgttagactgtgcccacgtcacttcacgcgtacccccatggcctacaaaccctcc > 2:151065‑M2/1‑41 (MQ=255) gCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGcccc > 6:362420/1‑149 (MQ=255) ccTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGc > 2:102640/1‑149 (MQ=255) gTTTTCGGTATGTTGTTGTTGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACATGCAGCCAA‑AGT‑CAAGACTGGTT‑CTCGATATCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCt < 6:270861/149‑1 (MQ=255) aTCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGt < 5:362420/148‑1 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGTATCAGCATCGTg > 7:18764/1‑149 (MQ=255) gTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGTATCAGCATCGTg > 6:289759/1‑149 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGTATCAGCATCGTGGaaa > 1:140961/1‑149 (MQ=255) gAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGTATCAGCATCGTGGaaa < 2:140961/149‑1 (MQ=255) | GGTGGCTGGGCGGGGGAGGGTTTGTAGGCCATGGGGGTACGCGTGAAGTGACGTGGGCACAGTCTAACATCTCCGTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGGAACCCGCTCCTGCCAGGGTTATCGGTATCTTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAGCCAA‑AGA‑CAAGACTGGTT‑CTCGATAGCTTTCATGTTGCCAAGCCTTGAACTCAGTGAAAATGCCCCTATCTAAAACAGGCCCCTGCCAAAACGCTGTATCAGCATCGTGGAAA > NC_002947/1531670‑1531955 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |