New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2354027 = | 47 (0.720) | 4 (0.060) | 4/250 | NT | 8.2% | coding (505/1278 nt) | PP_2068 | multidrug MFS transporter membrane fusion protein |
? | NC_002947 | 2354077 = | 45 (0.730) | coding (455/1278 nt) | PP_2068 | multidrug MFS transporter membrane fusion protein |
TTCACTGCGGCGCTGTTCGGCGGTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCACCCAGTCGGCGCGGA > NC_002947/2353929‑2354221 | ttCACTGCGGCGCTGTTCGGCGGTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGccc > 1:164514/1‑149 (MQ=255) cggcgCTGTTCGGCGGTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCt < 7:291939/148‑1 (MQ=255) cTGTTCGGCGGTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGCCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGa < 1:289774/149‑1 (MQ=255) gTTCGGCGGTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAgg > 5:144483/1‑149 (MQ=255) cggTGGCGCTGCTCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAggcgggcg < 5:129620/149‑1 (MQ=255) gTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGcgcg < 6:141327/149‑1 (MQ=255) cagccggtgaaagccggcgatgtgctggtgcgcctgcaaaaccgcgactaccgcgcccgcctcgaccaggcccgGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGccc < 8:253499‑M1/51‑1 (MQ=255) cagccggtgaaagccggcgatgtgctggtgcgcctgcaaaaccgcgactaccgcgcccgcctcgaccaggcccgGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGccc > 7:253499‑M1/75‑125 (MQ=255) cgcACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTcgc < 3:218025/148‑1 (MQ=255) ggcctcggcctGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCa < 7:75159/149‑1 (MQ=255) ggcctGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGTTGCGCTCGGTCGCTAGGTGTTGGCTGGCGTGGGCGGCGGGCTGTGCGGGGTGTGCGTGGGTCACGCGATCGCGGGGCTGGTCGTGGCGGGCGGGGTTGTCGCGGTTTTGCTGgcgga < 4:215894/149‑3 (MQ=255) ctGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCAc > 2:222777/1‑147 (MQ=255) cAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGca > 3:33490/1‑149 (MQ=255) gCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCa > 8:78762/1‑130 (MQ=255) gCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCa < 7:78762/130‑1 (MQ=255) tgttgctgGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCttt > 7:368715/1‑149 (MQ=255) gctgGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCAcc > 6:389625/1‑149 (MQ=255) gctgGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCAc < 1:222777/148‑1 (MQ=255) ctgGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCAcc < 4:33490/148‑1 (MQ=255) gTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCCGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGGGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCCCCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCt > 7:304033/1‑149 (MQ=255) gTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGc < 6:144483/148‑1 (MQ=255) gTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCt > 3:43691/1‑149 (MQ=255) tCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTg < 5:389625/149‑1 (MQ=255) gcTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAg < 8:236765/118‑1 (MQ=255) gcTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGgtcgt > 3:315524/1‑147 (MQ=255) gTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGTCAc < 4:315524/149‑1 (MQ=255) tCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCAcc < 8:368715/149‑1 (MQ=255) tCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCAcc > 7:166448/1‑149 (MQ=255) tACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGcgcg > 2:24466/1‑81 (MQ=255) tACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGa > 6:343095/1‑149 (MQ=255) ttGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCCCCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTgg > 6:225819/1‑149 (MQ=255) ttGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTgg < 2:164514/149‑1 (MQ=255) ttGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTg < 5:343095/148‑1 (MQ=255) gggctggcgtgaccgaggcacaggcggcactggccgccgcccaggccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTg < 8:253499‑M2/74‑1 (MQ=255) gggctggcgtgaccgaggcacaggcggcactggccgccgcccaggccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTg > 7:253499‑M2/52‑125 (MQ=255) ggctggcgtgaccgaggcacaggcggcactggccgccgcccaggccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTg < 5:30285‑M2/96‑1 (MQ=255) ggctggcgtgaccgaggcacaggcggcactggccgccgcccaggccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTg > 6:30285‑M2/51‑146 (MQ=255) cTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGc > 2:65850/1‑149 (MQ=255) gcggcCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGAGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCTTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCAGCCAc > 8:297907/1‑149 (MQ=255) cggcCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGc < 5:341123/141‑1 (MQ=255) cggcCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGc > 6:341123/1‑141 (MQ=255) cAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTg < 4:69081/127‑1 (MQ=255) cAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTg > 3:69081/1‑127 (MQ=255) cAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTg < 8:166448/149‑1 (MQ=255) cgccTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCt > 7:132202/1‑147 (MQ=255) ccTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAgg < 6:239747/149‑1 (MQ=255) ccTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCGTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAgg > 6:337043/1‑149 (MQ=255) tgCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACg > 4:163655/1‑121 (MQ=255) tgCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACg < 3:163655/121‑1 (MQ=255) ccTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCAcc < 8:132202/149‑1 (MQ=255) cTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTTACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCAcc > 1:337435/1‑148 (MQ=255) cTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCAcc > 3:214699/1‑148 (MQ=255) gccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCa > 7:264578‑M2/8‑88 (MQ=255) gccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCa < 8:264578‑M2/81‑1 (MQ=255) gccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCACCCAGTCGgcgc > 2:373862‑M2/8‑149 (MQ=255) gccagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCACCCAGTCGgcgc > 8:137097‑M2/8‑149 (MQ=255) cagccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCACCCAGTCGGCGCgg < 1:373862‑M2/144‑1 (MQ=255) agccCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCACCCAGTCGGCGCGGa > 3:363951‑M2/5‑149 (MQ=255) | TTCACTGCGGCGCTGTTCGGCGGTGGCGCTGCGCACGACGGCCTCGGCCTGCAGGATGGCTTGCTGTTGCTGGTCGATGCGCTCGGTCGCTACCTGTTGGCTGGCCTGGGCGGCGGCCAGTGCCGCCTGTGCCTCGGTCACGCCAGCCCGGGCCTGGTCGAGGCGGGCGCGGTAGTCGCGGTTTTGCAGGCGCACCAGCACATCGCCGGCTTTCACCGGCTGGTCGTCAGCCACCTCGACCTTGGCTACGTAGCCCGCCACGCGTGGGCTCAGGGCCACCCAGTCGGCGCGGA > NC_002947/2353929‑2354221 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |