New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2823827 | 47 (0.720) | 4 (0.060) | 4/250 | NT | 8.4% | intergenic (+2/‑98) | PP_5528/iorA‑I | hypothetical protein/isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit alpha |
? | NC_002947 | = 2823848 | 43 (0.700) | intergenic (+23/‑77) | PP_5528/iorA‑I | hypothetical protein/isoquinoline 1‑oxidoreductase subunit alpha |
CCCGTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGATATGCCTCTGCTATGG > NC_002947/2823701‑2823993 | cccGTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGc > 3:219835‑M2/1‑148 (MQ=255) ccGTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGcc < 1:224073‑M2/149‑3 (MQ=255) gTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGcct < 4:395964‑M2/148‑4 (MQ=255) gTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGc < 8:337799‑M2/146‑2 (MQ=255) gTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGc < 8:332062‑M2/146‑2 (MQ=255) gTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGc > 7:337799‑M2/1‑145 (MQ=255) gTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGc > 7:332062‑M2/1‑145 (MQ=255) tGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTCCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGcctca > 3:197801‑M2/1‑144 (MQ=255) ggTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCcaca < 2:224073/149‑1 (MQ=255) gCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAg > 4:174799/1‑149 (MQ=255) gCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAg > 6:218109/1‑149 (MQ=255) cTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATTACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAg < 7:332922/148‑1 (MQ=255) cTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAg < 3:163883/148‑1 (MQ=255) gtggAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGGATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCg < 1:305461/147‑1 (MQ=255) cTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCgcgc < 4:359961/120‑1 (MQ=255) cTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCgcgc > 3:359961/1‑120 (MQ=255) cTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCAAATGATCAAAGCGATAACCAAgg < 1:323165/148‑1 (MQ=255) gTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTg > 8:79334/1‑148 (MQ=255) gTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGt < 2:305352/149‑1 (MQ=255) gTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGt > 4:193779/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTAACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCg > 5:140136/1‑149 (MQ=255) aTTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTGTAAGGCGAATAGATTCGGGAGGGCATGACGCTCTTTAAGTCGGCCTCACGGCGCGCACCCCCATGAGCAAAGCGAAAAACACGGTTGGCg > 6:392125/1‑149 (MQ=255) ccTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCGACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATcc > 8:193644/1‑147 (MQ=255) gTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTcgc < 7:86746/103‑1 (MQ=255) gTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTcgc > 8:86746/1‑103 (MQ=255) tCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACt < 3:193779/149‑1 (MQ=255) tCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACt < 7:79334/149‑1 (MQ=255) aCCCATCTTATTTCCTTTCCATTCGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACttt < 4:253839/149‑1 (MQ=255) cccAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTa < 6:91112/149‑1 (MQ=255) gCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAg > 3:208780/1‑147 (MQ=255) ttATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCa > 3:112482/1‑147 (MQ=255) aTTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCagag > 5:162164/1‑148 (MQ=255) cctttccATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGaaa > 2:409167/1‑148 (MQ=255) ctttccATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATa < 1:16769/149‑1 (MQ=255) ttccATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATAc > 8:314191/1‑148 (MQ=255) gCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCAAGCaaa < 3:395964/148‑1 (MQ=255) gTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACAAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTaa < 6:201566/149‑1 (MQ=255) ttGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAAc < 6:162164/149‑1 (MQ=255) ccGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGa > 3:357912/1‑148 (MQ=255) tttAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGcctcacgaatctattcgccttaaacgggcaaccagccacccggccaatggaaaggaaataagctgggtgacaggcaccaataccagcacttccaccagcaccat < 7:74299‑M2/149‑105 (MQ=255) aaGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCTATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCg < 3:174799/148‑1 (MQ=255) gCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCgcagc < 7:314191/149‑1 (MQ=255) gCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCg > 1:189359/1‑145 (MQ=255) gCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATA‑CATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCgcag > 1:155652/1‑147 (MQ=255) gAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCgca < 2:189359/145‑1 (MQ=255) gAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACAATGCAAATGTTAATAATTATCGGACAGTCGcagcag > 6:257368/1‑149 (MQ=255) gATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGcctcacgaatctattcgccttaaacgggcaaccagccacccggccaatggaaaggaaataagctgggtgacaggcaccaataccagcacttccaccagcaccattaccgggaaactc > 8:74299‑M2/1‑32 (MQ=255) gATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGa > 7:45862/1‑149 (MQ=255) ttCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGcctcacgaatctattcgccttaaaccggcaaccagccaaccggccaatggaaaggaaataagctgggtgacaggcaccaataccagcacttccaccagcaccattaccgggaaact < 6:346872‑M2/146‑117 (MQ=255) gTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCTATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTg > 5:73285/1‑149 (MQ=255) gTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGtt < 7:108258/148‑1 (MQ=255) gggCATGACGCTGTTTAAGTCTGcctcacgaatctattcgccttaaacgggcaaccagccacccggccaatggaaaggaaataagctgggtgacaggcaccaataccagcacttccaccagcaccattaccgggaaactcagatcacgg > 6:134587‑M2/1‑23 (MQ=255) aTGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGat < 5:218109/149‑1 (MQ=255) tGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGata < 4:357912/149‑1 (MQ=255) tttAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGATATGCctc < 4:208780/147‑1 (MQ=255) aGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGATATGCCTCTGCTAt < 1:409167/149‑1 (MQ=255) aGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGATATGCCTCTGCTAt < 8:45862/149‑1 (MQ=255) tCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGATATGCCTCTGCTATgg < 4:112482/149‑1 (MQ=255) | CCCGTGATCTGAGTTTCCCGGTAATGGTGCTGGTGGAAGTGCTGGTATTGGTGCCTGTCACCCAGCTTATTTCCTTTCCATTGGCCGGGTGGCTGGTTGCCCGTTTAAGGCGAATAGATTCGTGAGGGCATGACGCTGTTTAAGTCTGCCTCACGTCGCGCACCCACATGATCAAAGCGATAACCAAGGTTGTCGGCATCAACACTTTAAGCAGAGGAAATACCATGCAAATGTTAATCATTAACGGACAGTCGCAGCAGGTTGACGTTGCCCCCGATATGCCTCTGCTATGG > NC_002947/2823701‑2823993 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |