New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4603515 = | 54 (0.830) | 4 (0.060) | 4/250 | NT | 7.5% | intergenic (+846/‑656) | PP_4074/PP_4076 | hypothetical protein/hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4603585 = | 47 (0.760) | intergenic (+916/‑586) | PP_4074/PP_4076 | hypothetical protein/hypothetical protein |
GCCTACCATCACCAGGACCAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCTTTATC > NC_002947/4603437‑4603730 | cctgcagctggcccagcgattcgtacagatgcaccggcaggccttcgacggcaccacccgattgcgggccgatgatgtTGGGGCAGCGCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑Caa > 1:247676‑M1/79‑149 (MQ=255) catctggcccagcgattcgtacatatgcagcggcaggccttcgacggcacctcccgattgctgtccgatgatgtTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAAcat > 3:263179‑M1/75‑148 (MQ=255) tCACCAGGACCAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCg < 6:275142/149‑1 (MQ=255) cAGGACCAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGccc < 4:288611/149‑1 (MQ=255) cAGGACCAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGccc > 3:312752/1‑149 (MQ=255) cAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATc > 6:197454/1‑149 (MQ=255) cAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATc > 8:374981/1‑149 (MQ=255) cAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGACCGCAATc > 8:380280/1‑149 (MQ=255) aGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCg > 4:284871/1‑149 (MQ=255) cGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGa < 1:327712/149‑1 (MQ=255) aTCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAgg > 4:148369/1‑149 (MQ=255) aaTTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAg < 3:284871/148‑1 (MQ=255) aTTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGc < 4:10790/149‑1 (MQ=255) aTGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTCGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCg > 6:317973/1‑149 (MQ=255) agaACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGt < 3:148369/148‑1 (MQ=255) cATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATc > 3:402441/1‑149 (MQ=255) gccggcACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAg < 3:28503/126‑1 (MQ=255) gccggcACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAg > 4:28503/1‑126 (MQ=255) ggcACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCg < 6:93110/149‑1 (MQ=255) gcACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGc > 8:46495/1‑149 (MQ=255) aCGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCATCCTGTAGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTAGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCCGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTCCCGCTGCATCTGTACCAATCGCTg > 3:28808/1‑149 (MQ=255) aCAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGc < 1:285633/149‑1 (MQ=255) cTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCa < 4:370619/149‑1 (MQ=255) atgttggggcaccagcggtagcgggcaaagctgtcgttaatgcagctggccaacaggaaggctgagctgccccaACATCATCGGACAGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGCTGCATATGTACGAATCGCTGGGCCAGATg > 3:263179‑M2/75‑148 (MQ=255) TGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAgg > 4:402441‑M1/1‑148 (MQ=255) ttggggcaccagcggtagcgggcaaagctgtcgttaatgcagctggccaacaggaaggctgcgctgccccaACATCATCGGCCCGCAATCGGGTGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAgg > 1:247676‑M2/72‑149 (MQ=255) GGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCAACGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTAGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAAACGCTGGGCCAGCAGCAGGcc < 4:291769‑M1/148‑1 (MQ=255) GGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTCGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGcc > 5:317973‑M1/1‑148 (MQ=255) tCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCT‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATccc > 2:360174/1‑149 (MQ=255) aGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCCGGCAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATccc > 1:314797/1‑149 (MQ=255) aGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTa > 5:419182/1‑149 (MQ=255) cTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTAcc > 2:217155/1‑148 (MQ=255) cTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCg < 4:312752/149‑1 (MQ=255) ttGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTAc < 5:197454/148‑1 (MQ=255) agctgtcgttaatgcagctggccaacaggtaggctgagctgccccaAGATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGAt < 2:247676‑M2/103‑1 (MQ=255) gCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCCAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTcc < 1:217155/149‑1 (MQ=255) gCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTcc < 3:291769/149‑1 (MQ=255) cTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTcc > 8:93211/1‑148 (MQ=255) cATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGAc < 2:314797/148‑1 (MQ=255) aTTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGc < 3:103966/85‑1 (MQ=255) aTTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGc > 4:103966/1‑85 (MQ=255) ttAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACt < 6:86110/136‑1 (MQ=255) ttAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACt > 5:86110/1‑136 (MQ=255) tAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGcc < 3:274552/115‑1 (MQ=255) tAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGcc > 4:274552/1‑115 (MQ=255) cGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTTGTGCCC‑‑CATCATCTTCGGCCGGCATTCGGGAGGTGCCGTCGTAGGCCTGCGGGTGCATCTGTACGAATCGGTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAg < 4:28808/148‑1 (MQ=255) gACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAg > 1:307688/1‑147 (MQ=255) gACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGa < 7:46495/149‑1 (MQ=255) aCAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGGATCGGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAg > 1:128579/1‑149 (MQ=255) agctggccaacaggaaggctgagcttccccaACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGTTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGa < 4:263179‑M2/118‑1 (MQ=255) tGCCCGCTACCGCTGGTGCCT‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAg < 1:360174/148‑1 (MQ=255) cccGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTg > 1:180647/1‑149 (MQ=255) cGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTgg > 7:18256/1‑85 (MQ=255) cGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTgg < 8:18256/85‑1 (MQ=255) gCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGcc < 2:307688/149‑1 (MQ=255) gCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGCTACTGATTACCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGcc > 8:205661/1‑149 (MQ=255) gTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCTGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCt < 2:180647/149‑1 (MQ=255) cccaACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCTTTAt > 6:412446‑M2/5‑149 (MQ=255) cccaACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCTTTAt > 6:235617‑M2/5‑149 (MQ=255) cccaACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCTTTAt > 4:371575‑M2/5‑149 (MQ=255) ccaACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCTTTATc > 4:403169‑M2/4‑149 (MQ=255) | GCCTACCATCACCAGGACCAGCCGATCAGCAGCTTCAATTACGATGAGAACATCAACGGCCGGCACGACAATTACCTGTGGGGCAGCTCAGCCTTCCTGTTGGCCAGCTGCATTAACGACAGCTTTGCCCGCTACCGCTGGTGCCC‑‑CAACATCATCGGCCCGCAATCGGGAGGTGCCGTCGAAGGCCTGCCGGTGCATCTGTACGAATCGCTGGGCCAGCTGCAGGCCAAGATCCCTACCGAGGTACTGATTTCCGACCGCAAGGAGTTCGAGCTGGCCGAAGAGGGCTTTATC > NC_002947/4603437‑4603730 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |