New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5537031 = | 23 (0.350) | 3 (0.060) | 4/210 | NT | 18.0% | intergenic (+8/+95) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
? | NC_002947 | 5537107 = | 9 (0.170) | intergenic (+84/+19) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
TCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGGCG > NC_002947/5536968‑5537250 | tcgtcgCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTc > 4:258612/1‑149 (MQ=255) gCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGAtgt < 3:258612/149‑1 (MQ=255) GAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag < 6:415192‑M1/149‑1 (MQ=255) GGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTg < 6:268208‑M1/148‑1 (MQ=255) GGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTg < 2:181798‑M1/147‑1 (MQ=255) GTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAg < 3:219599‑M1/149‑1 (MQ=255) GTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAg < 2:121873‑M1/149‑1 (MQ=255) CACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTca < 8:143500‑M1/149‑1 (MQ=255) ACCCGCGAATGCGTCGGTGGGTTCACCCTCGTATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcac < 8:335937‑M1/149‑1 (MQ=255) CCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATTCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCag > 1:31538‑M1/1‑133 (MQ=255) CCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCag < 2:31538‑M1/132‑1 (MQ=255) ccgcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcacca > 8:230964‑M2/58‑149 (MQ=255) CCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTcacca < 7:267709‑M1/149‑1 (MQ=255) gcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag > 6:3988‑M2/56‑135 (MQ=255) gcgaatgcgtcggtgggttcaccctcgtattcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGaagaag < 5:3988‑M2/80‑1 (MQ=255) ATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCgg > 5:268208‑M1/1‑147 (MQ=255) tGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg > 4:322369/1‑149 (MQ=255) ccgccGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgt > 6:178995/4‑149 (MQ=255) ccACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgt < 1:181798/149‑1 (MQ=255) cACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtg > 5:401399/1‑149 (MQ=255) aCCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAgtgt > 1:169647/1‑149 (MQ=255) cGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGaa > 2:43279/1‑143 (MQ=255) cGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGaa < 1:43279/143‑1 (MQ=255) aCGCATTCGCGGGTTAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGaa < 7:67917/149‑1 (MQ=255) gCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAact > 5:196939/1‑149 (MQ=255) tcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTccaag > 7:76179‑M2/26‑127 (MQ=255) tcgcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTccaag < 8:76179‑M2/104‑3 (MQ=255) gcgggtgaacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAacttcactt < 7:143500‑M2/126‑1 (MQ=255) aacccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttc < 7:230964‑M2/133‑1 (MQ=255) cccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGaa < 6:293717‑M2/110‑1 (MQ=255) cccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGaa > 5:293717‑M2/15‑124 (MQ=255) cccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttctt > 1:401335‑M2/15‑149 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttcttt < 2:401335‑M2/136‑1 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttcttt < 2:169647‑M2/136‑1 (MQ=255) ccgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttctt > 2:64813‑M2/14‑148 (MQ=255) cgctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGtttctttc < 6:401399‑M2/137‑1 (MQ=255) gctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTttctttct > 6:141132‑M2/12‑149 (MQ=255) ctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTttctttct > 3:186873‑M2/11‑148 (MQ=255) ctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTtctc < 1:64813‑M2/139‑1 (MQ=255) ctcctgcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTtctc < 1:121873‑M2/139‑1 (MQ=255) gcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGgcg > 8:356735‑M2/6‑149 (MQ=255) gcaggGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCACAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGgcg > 6:34010‑M2/6‑149 (MQ=255) | TCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCAT‑CATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGTGTCGAACTTCACTTCGGTTTCTTTCTCAGGCG > NC_002947/5536968‑5537250 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |