New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1190570 = | 36 (0.670) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 7.2% | coding (92/966 nt) | xcpX | type II secretion system protein K |
? | NC_002947 | 1190631 = | 43 (0.830) | coding (153/966 nt) | xcpX | type II secretion system protein K |
TGAAACACCCCGCGTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGG > NC_002947/1190424‑1190717 | tGAAACACCCCGCGTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATg > 4:17156/1‑149 (MQ=255) gctggtcgcgtacccgcaactgcgcctggccagcgccaaagtcgtagttcagcggctgcccgcgcaaggcttgccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATg < 3:195097‑M1/3‑1 (MQ=255) tggtcgcgtacccgcaactgcgcctggccagcgccaaagtcgtagttcagcggctgcccgcgcaaggcttgccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGc < 6:139420‑M1/5‑1 (MQ=255) aaCACCCCGCGTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGcc > 8:206222/1‑149 (MQ=255) aaCACCCCGCGTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGcc < 7:206222/149‑1 (MQ=255) gtcgcgtacccgcaactgcgcctggccagcgccaaagtcgtagttcagcggctgcccgcgcaaggcttgccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGcc > 5:150058‑M1/143‑148 (MQ=255) gtcgcgtacccgcaactgcgcctggccagcgccaaagtcgtagttcagcggctgcccgcgcaaggcttgccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGcc > 5:301782‑M1/143‑148 (MQ=255) acCCCGCGTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGc < 8:33767/149‑1 (MQ=255) ctcgTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCa < 6:174398/147‑1 (MQ=255) ttGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTcga < 3:182270/149‑1 (MQ=255) gTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTgcg > 7:80045/1‑149 (MQ=255) gTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTgcg > 7:35132/1‑149 (MQ=255) gcgagcgaGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCAc > 8:191858/1‑148 (MQ=255) gagcgagGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAg > 2:239130/1‑149 (MQ=255) gCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTg > 5:159359/1‑148 (MQ=255) aTGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGGAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAg > 8:16199/1‑149 (MQ=255) aTGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAg > 1:175893/1‑149 (MQ=255) cagggATGGGTGGAAGGGAACAGCTGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGGGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGt < 8:35132/145‑1 (MQ=255) tGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATg > 1:81038/1‑148 (MQ=255) gcgcaaggcttgccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGa > 5:139420‑M1/86‑149 (MQ=255) aGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGGTGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAg > 7:110844/1‑147 (MQ=255) aaCAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAggcc < 8:80045/149‑1 (MQ=255) ccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctcca > 6:213870‑M1/74‑74 (MQ=255) cagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATg < 4:280100‑M1/62‑1 (MQ=255) cagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATg > 3:280100‑M1/73‑134 (MQ=255) cccTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGcc > 6:309654/1‑149 (MQ=255) cccTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTAAGcc < 2:81038/149‑1 (MQ=255) tggtgatggtgGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCTGCCCGGCATAGGCCAggccggcc < 7:191858/149‑1 (MQ=255) tggtgatggtgGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGcc < 5:309654/149‑1 (MQ=255) tgatggtgGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTg > 7:155137/1‑149 (MQ=255) gCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCg > 1:189760/1‑149 (MQ=255) tGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAg > 5:84460/1‑63 (MQ=255) tGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAg < 6:84460/63‑1 (MQ=255) gCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGGAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCt < 7:16199/148‑1 (MQ=255) aaTGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggc > 1:321152/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggcgg < 2:175893/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggcgg < 2:321152/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCt > 2:331478/1‑148 (MQ=255) gggCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGc > 6:117610/1‑149 (MQ=255) ggCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCt < 3:17156/149‑1 (MQ=255) ggCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCt < 8:155137/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggc > 3:249804/1‑131 (MQ=255) ggCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggc < 4:249804/131‑1 (MQ=255) ggCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCt > 7:311169/1‑149 (MQ=255) gtggAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCtt > 1:157195/1‑149 (MQ=255) ggAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTc > 2:158777/1‑124 (MQ=255) ggAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTc < 1:158777/124‑1 (MQ=255) gAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCtt < 2:329308/146‑1 (MQ=255) gAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCtt > 1:329308/1‑146 (MQ=255) gATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCgg > 5:100123/1‑149 (MQ=255) gATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCgg < 6:159359/149‑1 (MQ=255) | TGAAACACCCCGCGTGTTGACTGGCGTTTTTATTCCGCGAGCGAGGCATGCACGGATGGGTGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGG > NC_002947/1190424‑1190717 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |