New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1190570 = | 36 (0.670) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 7.2% | coding (92/966 nt) | xcpX | type II secretion system protein K |
? | NC_002947 | 1190631 = | 43 (0.830) | coding (153/966 nt) | xcpX | type II secretion system protein K |
TGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGC > NC_002947/1190484‑1190776 | tGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATg > 1:81038/1‑148 (MQ=255) gcgcaaggcttgccagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGa > 5:139420‑M1/86‑149 (MQ=255) aGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGGTGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAg > 7:110844/1‑147 (MQ=255) aaCAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAggcc < 8:80045/149‑1 (MQ=255) cagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATg < 4:280100‑M1/62‑1 (MQ=255) cagaacagcggactgagccgccaggcggggtcacgcagggcctgcccggcataggccaggccggcctgctccATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATg > 3:280100‑M1/73‑134 (MQ=255) cccTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGcc > 6:309654/1‑149 (MQ=255) cccTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTAAGcc < 2:81038/149‑1 (MQ=255) tggtgatggtgGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCTGCCCGGCATAGGCCAggccggcc < 7:191858/149‑1 (MQ=255) tggtgatggtgGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGcc < 5:309654/149‑1 (MQ=255) tgatggtgGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTg > 7:155137/1‑149 (MQ=255) gCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCg > 1:189760/1‑149 (MQ=255) gCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGGAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCt < 7:16199/148‑1 (MQ=255) aaTGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggc > 1:321152/1‑149 (MQ=255) tGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggcgg < 2:175893/149‑1 (MQ=255) tGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggcgg < 2:321152/149‑1 (MQ=255) tGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCt > 2:331478/1‑148 (MQ=255) gggCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGc > 6:117610/1‑149 (MQ=255) ggCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCt < 8:155137/149‑1 (MQ=255) ggCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCt < 3:17156/149‑1 (MQ=255) ggCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggc < 4:249804/131‑1 (MQ=255) ggCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTggc > 3:249804/1‑131 (MQ=255) ggCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCt > 7:311169/1‑149 (MQ=255) gtggAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCtt > 1:157195/1‑149 (MQ=255) ggAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTc < 1:158777/124‑1 (MQ=255) ggAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTc > 2:158777/1‑124 (MQ=255) gAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCtt < 2:329308/146‑1 (MQ=255) gAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCtt > 1:329308/1‑146 (MQ=255) tccatggcccgcacctgcactcgctggtgcagcaggcgcacttcgtcgacctgacgccggccatGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTgcgc > 5:139420‑M2/65‑149 (MQ=255) gATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCgg < 6:159359/149‑1 (MQ=255) gATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCgg > 5:100123/1‑149 (MQ=255) catggcccgcacctgcactcgctggtgcagcaggcgcacttcgtcgacctgacgccggccatGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTg < 4:280100‑M2/72‑1 (MQ=255) catggcccgcacctgcactcgctggtgcagcaggcgcacttcgtcgacctgacgccggccatGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTg > 3:280100‑M2/63‑134 (MQ=255) gTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTa < 2:189760/149‑1 (MQ=255) gTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCAGGGCCTGCCCGGcatag > 5:156871/1‑85 (MQ=255) gTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCAGGGCCTGCCCGGcatag < 6:156871/89‑5 (MQ=255) gacgaAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGa > 7:131506/1‑149 (MQ=255) gaAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACtt > 5:280555/1‑149 (MQ=255) aaGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACttt < 1:331478/149‑1 (MQ=255) tGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGgc < 5:117610/149‑1 (MQ=255) tGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGgc < 1:239130/149‑1 (MQ=255) ccTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTg < 6:280555/149‑1 (MQ=255) ctgctgCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAgg > 4:26799/1‑64 (MQ=255) ctgctgCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAgg < 3:26799/64‑1 (MQ=255) tgcACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGa < 1:225183/70‑1 (MQ=255) tgcACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGa > 2:225183/1‑70 (MQ=255) aCCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCGCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGgcg > 4:195097/1‑149 (MQ=255) gCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGt > 4:314543/1‑149 (MQ=255) aGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGc < 8:311169/149‑1 (MQ=255) cAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTa < 8:214144/116‑1 (MQ=255) cAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCggg > 6:212997/1‑148 (MQ=255) gTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTAcg > 1:88967/1‑149 (MQ=255) gTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTAcg > 8:300849/1‑149 (MQ=255) tGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTAcgc < 8:110844/149‑1 (MQ=255) gggCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGAc > 8:273833/1‑149 (MQ=255) ggccatGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGAc > 5:301782‑M2/7‑148 (MQ=255) ggccatGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGAc > 5:150058‑M2/7‑148 (MQ=255) gccatGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCa < 6:139420‑M2/144‑1 (MQ=255) catGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGc < 3:195097‑M2/146‑1 (MQ=255) tGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTgg > 6:213870‑M2/2‑74 (MQ=255) | TGGAAGGCAACAGCAGGGTGCGGCCCTTTTGATGGTGATGGTGGTGCTGGCAATGCTGGCGGCGGGCATGGCCTGGCTGGTGGAAGATGGCCGGCGTCAGGTCGACGAAGTGCGCCTGCTGCACCAGCGAGTGCAGGTGCGGGCCATGGAGCAGGCCGGCCTGGCCTATGCCGGGCAGGCCCTGCGTGACCCCGCCTGGCGGCTCAGTCCGCTGTTCTGGCAAGCCTTGCGCGGGCAGCCGCTGAACTACGACTTTGGCGCTGGCCAGGCGCAGTTGCGGGTACGCGACCAGC > NC_002947/1190484‑1190776 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |