| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1419549 | 25 (0.460) | 17 (0.320) | 15/254 | NT | 43.4% | intergenic (‑38/+98) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | NC_002947 | = 1419636 | 20 (0.380) | intergenic (‑125/+11) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACT > NC_002947/1419401‑1419696 | cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C < 3:76733‑M1/149‑1 (MQ=255)cTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C < 2:249659‑M1/149‑1 (MQ=255) ccaccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCtt < 2:333330‑M1/5‑1 (MQ=255) caccgcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTc < 7:103569‑M1/6‑1 (MQ=255) aTGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgg < 3:227806‑M1/149‑11 (MQ=255) gCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggc < 2:114298‑M1/149‑13 (MQ=255) gcccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCgg > 3:259956‑M1/140‑149 (MQ=255) cccacagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCggg > 1:333330‑M1/139‑149 (MQ=255) gggTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacg > 3:18381‑M1/1‑134 (MQ=255) ggtagatgcGGAACTCAGTGTTAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCATGCCGACTGTTGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGAATCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgctggcacgcc < 6:350438‑M1/145‑18 (MQ=255) acagctcgatcgtgatgcaggccgtgatccatgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCAc < 2:177495‑M1/14‑1 (MQ=255) aTGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctc < 4:18381‑M1/149‑23 (MQ=255) cgcaacagCGGGTTCGGGTGGTTTTCGCCTTGGAAGAAGCTGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctccc < 2:293777‑M1/145‑25 (MQ=255) ggAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctccca > 6:235627‑M1/1‑123 (MQ=255) tgcaggccgtgatccatgaaatggaaggggtacagtggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAgg > 8:302369‑M1/121‑149 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCTGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg < 6:19397/140‑1 (MQ=255) gttTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACtgtg > 5:19397/1‑140 (MQ=255) atgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCAc < 6:312641‑M1/14‑1 (MQ=255) atgaaatggaagcggtacaggggctggtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCAc > 5:312641‑M1/106‑119 (MQ=255) gTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgca > 1:205819‑M1/1‑93 (MQ=255) tAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacag > 7:96666‑M1/1‑91 (MQ=255) caaGCAGGTCTTGCAGACTGTGGT‑GGTTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 4:241078/148‑1 (MQ=255) aGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCATGGATTATGGGTTGCCTGGGCTGCC‑C‑AATTCGCCGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTTCAGTGAGTGACGGCTGTGGTGAcc > 2:85498/1‑147 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCCCGCCCCCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGGCGGCGGTGGGGACCCtg > 6:180943/1‑149 (MQ=255) ggTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTGTTTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGATG‑G‑CATCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCATTGCGTGACGGCTGTGGTGCCCAtgtg > 1:85747/1‑149 (MQ=38) ggTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgg < 8:96666‑M1/149‑67 (MQ=255) tCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtggga < 5:235627‑M1/149‑69 (MQ=255) gtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTTTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAg > 1:225878‑M1/80‑148 (MQ=255) gtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc > 1:177495‑M1/80‑149 (MQ=255) gtcgagtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGc > 1:97989‑M1/80‑149 (MQ=255) ccGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgggagcgg < 2:107695‑M1/148‑73 (MQ=255) cGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGTCAG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtggga < 5:11363‑M1/143‑69 (MQ=255) cGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGTCAG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtggga > 6:11363‑M1/1‑75 (MQ=255) aCTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacagggtcaccacagccgtcacgcactgcacagtacctgtgggagcgggcgt < 2:205819‑M1/149‑77 (MQ=255) gtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa > 1:205394‑M1/75‑142 (MQ=255) gtcggcgttgatgcagttgcagatgcggtcgcatttacccacagagcctcacaccttgcattagcaggtcaggcC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGa < 2:205394‑M1/68‑1 (MQ=255) ttCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGGGCGGGTCGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAagc > 4:190808/1‑148 (MQ=37) gtgttgtCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGTTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCAGCGAAGAGGCCTGa > 5:343129/1‑149 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg < 4:46594/119‑1 (MQ=255) tgttgtCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCtgtg > 3:46594/1‑119 (MQ=255) gttgtCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc < 7:295013/127‑1 (MQ=255) gttgtCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGc > 8:295013/1‑127 (MQ=255) ttgtCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCAAGCCCGCGACCACCGGTACTGTGGAGTGCGTGACGGGGGGGGTGCCGCGGTGGGTGCGGGCGTG‑GCCGGGGAGAGCCCTGACCt > 8:314121/1‑149 (MQ=255) ggTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTACCACAGGTACGGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGGGACCCAGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCAGCTaa > 2:101317/1‑149 (MQ=38) gCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacaggt > 5:39382‑M1/1‑42 (MQ=255) gCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑Cctcttcgcgggcacgcccgctcccacaggt < 6:39382‑M1/72‑31 (MQ=255) cATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGGTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGCCCTGCTAATGGAAg > 5:100958/1‑149 (MQ=37) ttg‑tttCCCTGCATGCGGGGTTGCCTGGGCGG‑GCC‑TCTTCCCGGCCACGCCCGCGCCCACCGCTACTGGGCAGTGCGGCACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 3:251279/148‑1 (MQ=255) tcttttCCGTGGATTCTGGTTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCTGGCAGGCCCGCTCCCACTGGTACTGTGCTGTGCTTGAGGGGTGTGGTTACCCTGTGGGAGGGGGCTTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGa < 6:318991/145‑1 (MQ=255) g‑ttcCCCTGTATTCTGGGTGGCCGGGGCGG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACCGGTCCTGTGCAGGGCGGGACGGCTGTGGTGACCCGGTGGGAGCGGGGGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAgg < 6:100958/148‑1 (MQ=25) ttCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGGAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCGTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGGAAGGTGTGa > 5:318991/1‑144 (MQ=37) tCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTAGCCGGCACCCCCCCTCCCAAACGTAAAGTGCACTTCGTGAAGGCTGTGGTTAACCAGTTGGAGCGGGCCTT‑GCCCCCAAAAAGCCAGACCAGCGAATGAAAAGTGTGAAGcgat > 4:80873/1‑146 (MQ=255) gATTCTGGGGTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGGGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 5:180943/147‑1 (MQ=37) gATGCTGGGTTGCCTGGGCGG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGGGGTTACCCTGGGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTgg < 1:101317/147‑1 (MQ=37) ttCTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTa > 1:235406/1‑148 (MQ=255) tGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTTCTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGGG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCGGCTAATGCAAGGTGTGTGGCTCTGTGGGTAAATg > 5:315798/1‑149 (MQ=37) tGGGGTGCGTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCGCGCTCCCAGTGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGTCCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAAt < 1:85498/149‑1 (MQ=255) cC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACt < 8:103569‑M1/148‑1 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTTTTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGT‑GGGTTCTGTTGTGTTGTCGGTGGGCATTGTTTTG‑TTTCCCTGGATTCTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTG‑CCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCATCTGCAACT > NC_002947/1419401‑1419696 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |