New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1425073 = | 52 (0.960) | 6 (0.120) | 5/248 | NT | 9.5% | coding (294/768 nt) | PP_1248 | LysE family transporter |
? | NC_002947 | 1425134 = | 65 (1.260) | coding (233/768 nt) | PP_1248 | LysE family transporter |
CTCAGCAGCATGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATGGT > NC_002947/1424936‑1425219 | cTCAGCAGCATGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCcac < 6:57527/148‑1 (MQ=255) tCAGCAGCATGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAg > 7:217492/1‑149 (MQ=255) cagcaTGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTcg > 4:102539/1‑149 (MQ=255) gcaTGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCACCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTcgcg < 8:202466/149‑1 (MQ=255) aTGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCAc > 5:109355/1‑134 (MQ=255) aTGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCAc < 6:109355/134‑1 (MQ=255) cgcAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCa < 8:217492/148‑1 (MQ=255) ttcagagcactgccttcgcaatgcccaacaggaactcaccatgcttggcgtcaccgactacggcgcattcgtcatcgccttcctcattcttctggccatccccggcccgggcaatttcgccctGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGgc < 2:69622‑M1/26‑1 (MQ=255) gCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCCgggcaa > 8:194931/1‑145 (MQ=255) ccaggtatgccaggtatgCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGgcctgcc > 3:284026/1‑149 (MQ=255) aggtatgccaggtatgcAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCtt > 1:135665/1‑149 (MQ=255) caggtatgcAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCCGGCCTGCCTTGagctcg > 2:11730/1‑143 (MQ=255) caggtatccAGCCCCCGCCCACTGCACCATAGGAAAGGCGGCAGGGGAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTTGTCACCCACTATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCtt < 1:11730/141‑1 (MQ=255) gcAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCCTGATCACCGccaccgg > 1:309493/1‑144 (MQ=255) cAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGc > 7:243959/1‑147 (MQ=255) cAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGc < 8:243959/147‑1 (MQ=255) cAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCg > 8:95677/1‑149 (MQ=255) ccaacaggaactcaccatgcttggcgtcaccgactacggcgcattcgtcatcgccttcctcattcttctggccatccccggcccgggcaatttcgccctGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCgg < 6:92945‑M1/50‑1 (MQ=255) gCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGt > 8:17443/1‑149 (MQ=255) ccACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGa < 3:268556/149‑1 (MQ=255) accatgcttggcgtcaccgactacggcgcattcgtcatcgccttcctcattcttctggccatccccggcccgggcaatttcgccctGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAg > 2:27272‑M1/87‑149 (MQ=255) accatgcttggcgtcaccgactacggcgcaatcgtcatcgccttcctcattcttctggccatccccggcccgggcaatttcgccctGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAg < 1:27272‑M1/63‑1 (MQ=255) ccatgcttggcgtcaccgactacggcgcattcgtcatcgccttcctcattcttctggccatccccggcccgggcaatttcgccctGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAgg > 5:92945‑M1/86‑149 (MQ=255) ccatgcttggcgtcaccgactacggcgcattcgtcatcgccttcctcattcttctggccatccccggcccgggcaatttcgccctGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAgg > 1:69622‑M1/86‑149 (MQ=255) tatGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGaaa < 3:102539/149‑1 (MQ=255) tGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAAtt < 7:17443/149‑1 (MQ=255) gAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTg > 4:56503/1‑149 (MQ=255) aaGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGcc > 6:296442/1‑149 (MQ=255) aGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGccc > 8:66449/1‑149 (MQ=255) 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> 5:5202/1‑149 (MQ=255) gTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCGCCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAg < 5:296442/149‑1 (MQ=255) tGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGa < 3:42855/147‑1 (MQ=255) tGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCAGGGGATGGCCAGAAGAATGa > 4:42855/1‑147 (MQ=255) gACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAgg > 6:350932/1‑149 (MQ=255) acCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGa > 1:139931/1‑149 (MQ=255) acCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGa < 4:284026/149‑1 (MQ=255) ccGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGAt < 6:5202/149‑1 (MQ=255) cGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCagaa < 7:169379/132‑1 (MQ=255) cGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCagaa > 8:169379/1‑132 (MQ=255) cGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGAt > 7:133920/1‑148 (MQ=255) tACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACg > 5:56708/1‑148 (MQ=255) ccGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAAt > 5:229975/1‑149 (MQ=255) cGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATg > 2:326994/1‑149 (MQ=255) ccagccaCAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACg < 1:225981/143‑1 (MQ=255) ccagccaCAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACg > 2:225981/1‑143 (MQ=255) ccagccaCAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATgcg > 6:182551/1‑149 (MQ=255) cagccaCAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATgcgc < 2:139931/149‑1 (MQ=255) agccaCAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGTCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGcc > 7:130289/1‑149 (MQ=255) cacaGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCg > 4:70230/1‑147 (MQ=255) agcagcACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTc < 6:158892/149‑1 (MQ=255) gcagcaCCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCg < 8:133920/149‑1 (MQ=255) agcaCCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGt < 1:326994/149‑1 (MQ=255) cTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGc > 5:313401/1‑149 (MQ=255) ccACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATg < 5:182551/149‑1 (MQ=255) ccACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATg > 5:164935/1‑149 (MQ=255) ccACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATg > 4:70989/1‑149 (MQ=255) ccACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATg < 3:70989/149‑1 (MQ=255) aCGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATGGt < 6:229975/149‑1 (MQ=255) | CTCAGCAGCATGCGCAGGCCCAGGTATGCCAGGTATGCAGCCCCCGCCCACTGCACCATATGAAAGGCGGCAGGGTAGGTGGCCAGCAGGGTGGCGACACCGGCTACCGCCAGCCACAGCAGCACCTGGTCACCCACGATCACGCCACAGGTCGCGGCCAGGCCTGCCTTGAT‑ACCGCCCTTGCCGGTGGCGGTGATCAGGGCGAAATTGCCCGGGCCGGGGATGGCCAGAAGAATGAGGAAGGCGATGACGAATGCGCCGTAGTCGGTGACGCCAAGCATGGT > NC_002947/1424936‑1425219 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |