New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1843013 = | 48 (0.890) | 6 (0.120) | 4/246 | NT | 11.6% | coding (1781/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
? | NC_002947 | 1843050 = | 46 (0.900) | coding (1744/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
CGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCA > NC_002947/1842866‑1843151 | ttgtcgatggccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggttcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTg > 7:184098‑M1/148‑149 (MQ=255) ttgtcgatggccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTg > 8:106306‑M1/148‑149 (MQ=255) ttgtcgatggccacgaactggcgcgccaggcactggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTg > 8:184178‑M1/148‑149 (MQ=255) cTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCgg > 4:125961/1‑149 (MQ=255) tGCGGGGGCAGGTCGGCGTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGc < 2:160450/149‑1 (MQ=255) gggTGCAGGTCGGCTTGGACAGCATATGGCCAAGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGGTGATGAGTATGGCCCAGTTg > 7:213432/1‑139 (MQ=255) gggTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTg < 8:213432/139‑1 (MQ=255) ggTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑a < 6:182123/149‑1 (MQ=255) ggTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGAGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑a < 1:109917/149‑1 (MQ=255) cAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCAc < 1:32645/149‑1 (MQ=255) aGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCAcc > 5:133985/1‑149 (MQ=255) cAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCAcc > 8:50988/1‑147 (MQ=255) cAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCAcc > 3:328062/1‑147 (MQ=255) tggagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttagcggTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAg < 8:64227‑M1/35‑1 (MQ=255) aaCTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAg < 7:170030/149‑1 (MQ=255) gagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagtttgcggTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCa > 7:64227‑M1/113‑149 (MQ=255) gagcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCAGCGAGCa > 2:296034‑M1/113‑149 (MQ=255) cTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCa > 7:29388/1‑149 (MQ=255) cTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCATGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGCCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCa > 7:130621/1‑149 (MQ=255) gcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCAcc < 6:182743‑M1/39‑1 (MQ=255) gcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCAcc > 5:182743‑M1/111‑149 (MQ=255) gcaccagctggaagactgcggcctcagcgtgagcctgttcgcctcctacgaccagttgctgcagggggtgcaggccgccagccaggccggcctgcccttcgagttcgcggTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCAcc > 3:73566‑M1/111‑149 (MQ=255) ggCCGTTGGGCAGGTACAGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAAc > 8:121695/1‑149 (MQ=255) gggttttggCAGGTACGGGTTGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTTGCATTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATTGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCTGTTTGGCACCGAGCACCGCGAACt < 7:50988/142‑1 (MQ=255) gCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGTGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAAc < 7:232747/148‑1 (MQ=255) cGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTc > 5:1951/1‑148 (MQ=255) ttGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGaa < 6:178963/149‑1 (MQ=255) gTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAc > 5:121133/1‑103 (MQ=255) gTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAc < 6:121133/103‑1 (MQ=255) gTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAggc < 4:328062/149‑1 (MQ=255) gtggtACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCct < 3:125961/149‑1 (MQ=255) gtACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCctggc > 5:149110/1‑149 (MQ=255) gCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTg > 5:305877/1‑148 (MQ=255) gCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGc > 7:311290/1‑149 (MQ=255) gtCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTg < 8:29388/149‑1 (MQ=255) cGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTgca > 8:151682/1‑149 (MQ=255) gCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTgcagc > 4:114294/1‑148 (MQ=255) acaGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAAc > 8:149910/1‑149 (MQ=255) caGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACt < 7:121695/149‑1 (MQ=255) aGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTg < 8:130621/149‑1 (MQ=255) aGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTg > 2:120207/1‑149 (MQ=255) tACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTc > 1:156452/1‑147 (MQ=255) tACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTc < 2:156452/147‑1 (MQ=255) tACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGt < 7:151682/149‑1 (MQ=255) aTTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCAcc < 1:233589/125‑1 (MQ=255) aTTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCAcc > 2:233589/1‑125 (MQ=255) aTTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTaggag < 7:53644/149‑1 (MQ=255) gCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGa < 6:305877/149‑1 (MQ=255) cAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGc < 6:2714/146‑1 (MQ=255) cAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGc > 5:2714/1‑146 (MQ=255) tGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAg < 6:133985/149‑1 (MQ=255) ctgATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGACTAGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCCCCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCg > 1:210271/1‑149 (MQ=255) gatgatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAg > 6:142755/1‑149 (MQ=255) gatAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCt > 4:135274/1‑149 (MQ=255) aTGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTcc < 6:149110/148‑1 (MQ=255) ggCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAAc < 5:57852/101‑1 (MQ=255) ggCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAAc > 6:57852/1‑101 (MQ=255) cccAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCa > 1:262210/1‑145 (MQ=255) cccAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCa < 2:262210/145‑1 (MQ=255) | CGCAGCTTGCGGGTGCAGGTCGGCTTGGACAGCAACTGGCCATGGCCGTTGGGCAGGTACGGGTGGTACAGCGCCTGCTCGGTGGTCGGGCACAGCACTACGCATTGGCAGTGGTAACGCTCGAGCTGCTGATGATAATGGCCCAGTTGCTCGGGCGAC‑AGGTTACCCAGGTTGGCACCGAGCACCGCGAACTCGAAGGGCAGGCCGGCCTGGCTGGCGGCCTGCACCCCCTGCAGCAACTGGTCGTAGGAGGCGAACAGGCTCACGCTGAGGCCGCAGTCTTCCA > NC_002947/1842866‑1843151 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |