New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2359480 = | 35 (0.650) | 4 (0.080) | 3/246 | NT | 10.2% | coding (438/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2359529 = | 37 (0.720) | coding (487/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
CAGCAGGATGACCTTCCGCATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTG > NC_002947/2359333‑2359617 | gtcatcgaccacaccctgggtgttggcggttggcgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattgg > 2:302186‑M1/148‑149 (MQ=255) caccagGATGACCTTCCGCATCGGCTTGTCCGCTCATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGCTGGAGGCGCCAAACGTGGAGGTGGTCGTGCAGCAAGTGGACTACTGGCGCATTCCCGACCTGCTggcgg > 6:203137/4‑149 (MQ=255) tcatcgaccacaccctgggtgttggcggttggcgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggc > 5:143438‑M1/147‑149 (MQ=255) agcagGATGACCTTCCGCATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTggcggc > 5:257684/1‑149 (MQ=255) atcgaccacaccctgggtgttggcggttggcgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggcgg > 2:236035‑M1/145‑149 (MQ=255) tGACCTTCCGCATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGAc < 1:274501/149‑1 (MQ=255) gACCTTCCGCATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACg > 8:319711/1‑149 (MQ=255) ccGCATCGGCTTGTCGGATGATGGCGCGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCGGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGGGGTGGTGGGCGTGCCGCAGGGGGACTCCTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACg < 5:203137/148‑1 (MQ=255) gCATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTg > 3:258106/1‑149 (MQ=255) cATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTgg < 2:144741/149‑1 (MQ=255) gCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTAt > 3:216645/1‑148 (MQ=255) cTTGTCCGATGATTTCGAGTCGGTCCTGCTGCTGCCGCTGTTGAGTGGGCTGCGGTTGGAGGCGACAAAGGTGGTGGTGGTCTTTCATCATCTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTTTCGTCGGGCTAAGTGACGGTGTGTAt < 6:276588/147‑1 (MQ=255) cTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCa < 5:63346/149‑1 (MQ=255) cgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggcggg > 1:49781‑M1/115‑120 (MQ=255) cgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggcggg < 2:49781‑M1/6‑1 (MQ=255) cgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggc < 4:148768‑M1/3‑1 (MQ=255) cgaaacctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggc > 3:148768‑M1/115‑117 (MQ=255) atgTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAg < 1:57541/149‑1 (MQ=255) tgTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGcggcgg < 8:239572/116‑1 (MQ=255) tgTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGcggcgg > 7:239572/1‑116 (MQ=255) acctggacatgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAggg < 7:63951‑M1/39‑1 (MQ=255) tCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGcggcgg > 6:180264/1‑114 (MQ=255) tCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGcggcgg < 5:180264/114‑1 (MQ=255) tCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGc < 4:258106/149‑1 (MQ=255) tgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggc > 1:197209‑M1/102‑104 (MQ=255) tgcggacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattggc < 2:197209‑M1/3‑1 (MQ=255) gacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt > 8:63951‑M1/98‑149 (MQ=255) ccgcagcgccgcTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt > 4:158608/7‑149 (MQ=255) cgcTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACg > 1:306738/1‑148 (MQ=255) aaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt > 2:91188‑M1/88‑139 (MQ=255) aaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt < 1:91188‑M1/52‑1 (MQ=255) ttGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAg < 7:319711/147‑1 (MQ=255) ttGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGt > 3:219099/1‑149 (MQ=255) cGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCATACCAAGGGCCTGCCCGCGAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCt < 5:342871/149‑1 (MQ=255) cGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCAccc < 6:257684/148‑1 (MQ=255) tGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCaa < 5:54161/149‑1 (MQ=255) cGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGc > 3:155918/1‑149 (MQ=255) tggtggtggTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCgg < 3:158608/149‑1 (MQ=255) ggtCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGc > 1:220038/1‑106 (MQ=255) ggtCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGc < 2:220038/106‑1 (MQ=255) cagcaTGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCAGGCCGACAAGTCCa < 7:291845/148‑1 (MQ=255) tgGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCAcgccg > 1:74652/1‑149 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGt > 4:157752/1‑114 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGt < 3:157752/114‑1 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCttt > 2:257837/1‑146 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCttt < 1:257837/146‑1 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTc < 4:155918/147‑1 (MQ=255) gcgcATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTg > 4:107383/1‑148 (MQ=255) tCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTa < 5:221601/106‑1 (MQ=255) tCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTa > 6:221601/1‑106 (MQ=255) cGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGa > 7:156055/1‑142 (MQ=255) cGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGa < 8:156055/142‑1 (MQ=255) cGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGttt > 3:184890/1‑149 (MQ=255) gACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTg < 4:216645/149‑1 (MQ=255) | CAGCAGGATGACCTTCCGCATCGGCTTGTCCGATGATGTCGAGTCGGGCCTGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTTTG > NC_002947/2359333‑2359617 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |