New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2359480 = | 35 (0.650) | 4 (0.080) | 3/246 | NT | 10.2% | coding (438/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 2359529 = | 37 (0.720) | coding (487/924 nt) | PP_2074 | LysR family transcriptional regulator |
TGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGAC > NC_002947/2359383‑2359675 | gacgttggcaaaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt > 8:63951‑M1/98‑149 (MQ=255) ccgcagcgccgcTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt > 4:158608/7‑149 (MQ=255) cgcTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACg > 1:306738/1‑148 (MQ=255) aaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt > 2:91188‑M1/88‑139 (MQ=255) aaactcatccagtgaaagcggcgtgctggacttgtcggcccgcactaccctggcttgcagggtgcgtagcaccttgcgtttggcattGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAAt < 1:91188‑M1/52‑1 (MQ=255) ttGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAg < 7:319711/147‑1 (MQ=255) ttGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGt > 3:219099/1‑149 (MQ=255) cGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCATACCAAGGGCCTGCCCGCGAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCt < 5:342871/149‑1 (MQ=255) cGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCAccc < 6:257684/148‑1 (MQ=255) tGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCaa < 5:54161/149‑1 (MQ=255) cGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGc > 3:155918/1‑149 (MQ=255) tggtggtggTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCgg < 3:158608/149‑1 (MQ=255) ggtCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGc < 2:220038/106‑1 (MQ=255) ggtCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGc > 1:220038/1‑106 (MQ=255) cagcaTGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCAGGCCGACAAGTCCa < 7:291845/148‑1 (MQ=255) tgGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCAcgccg > 1:74652/1‑149 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGt > 4:157752/1‑114 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGt < 3:157752/114‑1 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCttt > 2:257837/1‑146 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCttt < 1:257837/146‑1 (MQ=255) ctGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTc < 4:155918/147‑1 (MQ=255) gcgcATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTg > 4:107383/1‑148 (MQ=255) tCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTa > 6:221601/1‑106 (MQ=255) tCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTa < 5:221601/106‑1 (MQ=255) cGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGa > 7:156055/1‑142 (MQ=255) cGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGa < 8:156055/142‑1 (MQ=255) cGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGtt‑t > 3:184890/1‑149 (MQ=255) gACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTg < 4:216645/149‑1 (MQ=255) attggcgggcaggcccttggtctggctgatacccaccgtcacgtcgcccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGtt‑t < 1:91188‑M2/87‑1 (MQ=255) attggcgggcaggcccttggtctggctgatacccaccgtcacgtcgcccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGtt‑t > 2:91188‑M2/53‑139 (MQ=255) attggcgggcaggcccttggtctggctgatacccaccgtcacgtcgcccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTc > 8:63951‑M2/53‑149 (MQ=255) ggagggcgACGTGACCGTAGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCg > 8:118737/4‑148 (MQ=255) cccttggtctggctgatacccaccgtcacgtcgcccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGt < 7:63951‑M2/110‑1 (MQ=255) aCGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGttt < 7:118737/148‑1 (MQ=255) gTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgc > 3:295516/1‑148 (MQ=255) gTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgc > 1:138733/1‑148 (MQ=255) ggTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgccaac > 2:85334/1‑149 (MQ=255) ggTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgccaa < 3:107383/148‑1 (MQ=255) tCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgccaaccgcc < 4:169668/149‑1 (MQ=255) tCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcgccaaccgc > 7:122840/1‑148 (MQ=255) cAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAacac < 4:184890/149‑1 (MQ=255) ccAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCGGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAg > 4:29809/1‑149 (MQ=255) aGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGGCCGCATGTCCAGGGTTCGCCCACCGCCAACACCCAgggg > 8:57479/1‑148 (MQ=255) aGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGGAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGgt < 7:57479/149‑1 (MQ=255) gggCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGgtg < 4:295516/149‑1 (MQ=255) gCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTTATTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGgtgt < 1:85334/149‑1 (MQ=255) cTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGt > 5:309873/1‑149 (MQ=255) cccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcg < 2:49781‑M2/114‑1 (MQ=255) cccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcg > 1:49781‑M2/7‑120 (MQ=255) ccgccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGAt > 2:236035‑M2/6‑149 (MQ=255) gccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCa > 1:197209‑M2/4‑104 (MQ=255) gccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCa < 2:197209‑M2/101‑1 (MQ=255) gccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcg < 4:148768‑M2/114‑1 (MQ=255) gccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTcg > 3:148768‑M2/4‑117 (MQ=255) gccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGa > 5:143438‑M2/4‑149 (MQ=255) ccAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGAc > 2:302186‑M2/3‑149 (MQ=255) | TGCTGCCGCCGCTGTTGCGGGCGCTGCGGGTGGAGGCGCCAAACGTGGTGGTGGTCGTGCAGCATGTGGACTACTGGCGCATTCCGGACCTGCTGGCGGCGGGCGACGTGACGGTGGGTATCAGCCAGACCAAGGGCCTGCCCGCCAATGCCAAACGCAAGGTGCTACGCACCCTGCAAGCCAGGGTAGTGCGGGCCGACAAGTCCAGCACGCCGCTTTCACTGGATGAGTT‑TTGCCAACGTCCGCATGTCCAGGTTTCGCCAACCGCCAACACCCAGGGTGTGGTCGATGAC > NC_002947/2359383‑2359675 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |