New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5331205 | 41 (0.760) | 3 (0.060) | 3/238 | NT | 6.7% | coding (356/1173 nt) | PP_4692 | aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase |
? | NC_002947 | = 5331229 | 46 (0.930) | coding (332/1173 nt) | PP_4692 | aspartate/tyrosine/aromatic aminotransferase |
CGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGCCTCACGCAGTGCCGGCAGAC > NC_002947/5331059‑5331352 | cGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAg > 6:7463/1‑149 (MQ=255) cGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGc > 7:247841/1‑149 (MQ=255) gtgtCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCtt < 7:244478/149‑1 (MQ=255) cTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCg > 4:190674/1‑149 (MQ=255) cTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGAAAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCg > 6:320021/1‑149 (MQ=255) cAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTccac < 2:132035/149‑1 (MQ=255) aGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAAGCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACcag > 5:297898/1‑148 (MQ=255) aaCCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgc < 1:40254‑M2/149‑7 (MQ=255) aCCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgct > 7:247727‑M2/1‑142 (MQ=255) aCCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgct < 7:121282‑M2/149‑8 (MQ=255) ccAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctg < 6:173440‑M1/149‑33 (MQ=255) ccAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgctg < 8:279303‑M2/149‑9 (MQ=255) aGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgctggc < 5:283586‑M2/149‑11 (MQ=255) ggCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCcag > 4:152777/1‑147 (MQ=255) aTAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCg > 5:251492/1‑148 (MQ=255) aTAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCg < 2:40254/148‑1 (MQ=255) aGTTGAGATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCGCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGTAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCGAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCGAGCAGCAGCGCGCCGGa < 6:223298/148‑1 (MQ=255) tCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCa > 7:177129/1‑149 (MQ=255) acaTCCTGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCAcc < 2:279085/149‑1 (MQ=255) aTCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCgg < 2:308760/149‑1 (MQ=255) tCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCggg < 8:247841/149‑1 (MQ=255) cGGGCCCACCGGTACCTATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCgggg < 7:117269/148‑1 (MQ=255) ggCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCTACGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCggggg > 1:31650/1‑148 (MQ=255) ccACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGTTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGtaat > 1:42877/1‑148 (MQ=255) cGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGa < 8:121282/149‑1 (MQ=255) ggTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGAt < 8:177129/149‑1 (MQ=255) ggTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGAt < 7:279303/149‑1 (MQ=255) aCCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGAt > 2:63387/1‑146 (MQ=255) aCCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGAt < 1:63387/146‑1 (MQ=255) aaTTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggcc > 4:4143‑M1/1‑70 (MQ=255) aaTTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggcc < 3:4143‑M1/105‑36 (MQ=255) ggCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGt < 5:320021/149‑1 (MQ=255) cccGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGCTCCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCcagcagca < 1:216594/105‑1 (MQ=255) cccGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCcagcagca > 2:216594/1‑104 (MQ=255) gACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAgg < 2:31650/148‑1 (MQ=255) aGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATa < 6:297898/149‑1 (MQ=255) ggCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAg < 6:251492/149‑1 (MQ=255) gAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGcc > 4:21987/1‑149 (MQ=255) aaGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGccc < 3:152777/149‑1 (MQ=255) gTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCa > 6:195970/1‑148 (MQ=255) gTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCAt < 6:283586/149‑1 (MQ=255) cACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTc < 1:79075/113‑1 (MQ=255) cACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTc > 2:79075/1‑113 (MQ=255) aCGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGc > 6:132775/1‑148 (MQ=255) gggTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTc < 6:175040/104‑1 (MQ=255) gggTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTc > 5:175040/1‑104 (MQ=255) tAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGc > 4:293043/1‑149 (MQ=255) tAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGc > 4:301471/1‑149 (MQ=255) ccGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGCCTCa > 8:42860/1‑149 (MQ=255) ggCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaatt > 4:4143‑M2/1‑35 (MQ=255) ggCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaatt < 3:4143‑M2/105‑71 (MQ=255) gCCAGCAGCCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaattggtaccggtgggcccggatgtgaactatcagctgactgccgacct < 5:283586‑M1/149‑140 (MQ=255) cagcagCCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaattggtaccggtgggcccggatgtgaactatcagctgactgccgacctgg < 8:279303‑M1/149‑142 (MQ=255) cagcagCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaattggtaccggtgggcccggatgtgaactatcagctgactgccgacctgg < 6:173440‑M2/149‑118 (MQ=255) agcagcCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaattggtaccggtgggcccggatgtgaactatcagctgactgccgacctggt > 7:247727‑M1/1‑7 (MQ=255) agcagcCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaattggtaccggtgggcccggatgtgaactatcagctgactgccgacctggt < 7:121282‑M1/149‑143 (MQ=255) agcagcCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGCCTCACGCAGTGCCgg > 7:257054/1‑149 (MQ=255) gcagcCtgctggtggacccgggcaagcactggctgctggccgatccgggttacccgtgcaatcgccacttcctgcgcctggtcgagggcggggcccaattggtaccggtgggcccggatgtgaactatcagctgactgccgacctggtt < 1:40254‑M1/149‑144 (MQ=255) gcagcCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGCCTCACGCAGTGCCgg > 2:277649/1‑148 (MQ=255) cagcCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAgg > 8:100309/1‑100 (MQ=255) cagcCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAgg < 7:100309/100‑1 (MQ=255) ccAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGCCTCACGCAGTGCCGGCAGAc < 5:132775/149‑1 (MQ=255) | CGACGGTGTCCTTGTCCCAGTAGCGCTCAACCAGGTCGGCAGTCAGCTGATAGTTCACATCCGGGCCCACCGGTACCAATTGGGCCCCGCCCT‑CGACCAGGCGCAGGAAGTGGCGATTGCACGGGTAACCCGGATCGGCCAGCAGCCAGTGCTTGC‑CCGGGTCCACCAGCAGGCTGCTGGCCAGCAGCAGCGCGCCGGAGCCACCGGGGGTAATAAGGATGCGTTCCGGGTCGATGTTCAGGCCATAGCGCTGCCCATAAAAACCGGCAATTGCCTCACGCAGTGCCGGCAGAC > NC_002947/5331059‑5331352 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |