New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 945056 | 59 (1.090) | 3 (0.060) | 3/250 | NT | 5.3% | coding (566/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
? | NC_002947 | = 945116 | 50 (0.960) | coding (506/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
AAGGTTTTCGCTGTTGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGCCCAAGTTGG > NC_002947/944968‑945261 | aaGGTTTTCGCTGTTGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCAt < 8:254474/149‑1 (MQ=255) aaGGTTTTCGCTGTTGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCAt > 3:1812/1‑149 (MQ=255) aaGGTTTTCGCTGTTGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCATGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCAt > 3:297564/1‑149 (MQ=255) aGGTTTTCGCTGTTGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATc > 4:33675‑M2/1‑148 (MQ=255) ttGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACcag > 1:9188/1‑149 (MQ=255) aTCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACcagcag > 2:167741/1‑149 (MQ=255) cggcgCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAgg < 4:165922/145‑1 (MQ=255) cggcgCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGt < 4:201214/146‑1 (MQ=255) cggcgCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGt < 5:146604/146‑1 (MQ=255) caacttCAACGTGACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGCCGATCg > 5:141350/5‑149 (MQ=255) cATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGgt < 1:167741/149‑1 (MQ=255) cATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGgt < 4:291476/149‑1 (MQ=255) aaCGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGc > 6:82511/1‑149 (MQ=255) aaCGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCAGATCAGGTTGCCGGCGGAGTCGCGCATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGCCGCAACCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGc > 2:178477/1‑149 (MQ=255) cACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCTCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACGAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGt < 4:1812/148‑1 (MQ=255) cACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTg > 7:54727/1‑149 (MQ=255) gTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCAGGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTgcgc < 7:310937/149‑1 (MQ=255) gTTGAAGTTGACGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCAGGTCAGACGCAAGCCATCCGTCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTgcgc < 1:178477/149‑1 (MQ=255) gAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTg < 8:54727/148‑1 (MQ=255) gTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑AGTGCGCTGgtgt < 8:255225/149‑1 (MQ=255) ttGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTg < 3:203550/144‑1 (MQ=255) ttGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTg > 4:203550/1‑144 (MQ=255) ccGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCggg < 6:116903/149‑1 (MQ=255) ccGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGCCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCggg < 6:141350/149‑1 (MQ=255) gCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCgg > 4:224322/1‑148 (MQ=255) aCCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTg < 2:289911/133‑1 (MQ=255) aCCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTg > 1:289911/1‑133 (MQ=255) aCCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAAc < 2:9188/149‑1 (MQ=255) aCCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAAc < 7:97690/149‑1 (MQ=255) aCTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGAAGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGAC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAAccgcc > 8:147898/1‑149 (MQ=255) cTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAAccgccg < 5:254893/149‑1 (MQ=255) tgCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCTTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCgctg < 4:297564/149‑1 (MQ=255) tgCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCgctg > 3:96015/1‑149 (MQ=255) aTCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGcc < 6:172900/149‑1 (MQ=255) aTCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGc > 2:58515/1‑148 (MQ=255) aTCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGc < 1:58515/148‑1 (MQ=255) ggTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATccggcaacctgatcggcagcggcacagtgggtgccgacggcaacttcaacgtgacgttgaatgcgccgcagatcaacagc < 2:82187‑M2/149‑81 (MQ=255) ggTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCa > 3:130484/1‑149 (MQ=255) gTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATccggcaacctgatcggcagcggcacagtgggtgccgacggcaacttcaacgtgacgttgaatgc > 7:46785‑M2/1‑68 (MQ=255) gTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATccggcaacctgatcggcagcggcacagtgggtgccgacggcaacttcaacgtgacgttgaatgc < 8:46785‑M2/132‑65 (MQ=255) gCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCCAGGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCAtt < 1:86170/148‑1 (MQ=255) gTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTgcgc > 2:201806/1‑149 (MQ=255) ttCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAAccgccg > 5:312656/1‑108 (MQ=255) ttCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAAccgccg < 6:312656/108‑1 (MQ=255) tCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGt > 5:330783/1‑80 (MQ=255) tCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGt < 6:330783/80‑1 (MQ=255) ccGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCcgccc < 5:82511/149‑1 (MQ=255) gtgCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCcgcccacgcc > 5:198653/1‑149 (MQ=255) gCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCcgcccacgccca > 3:186754/1‑149 (MQ=255) cTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCcagca < 6:198653/147‑1 (MQ=255) cGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGGTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGc < 1:201806/147‑1 (MQ=255) ccACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAg > 4:93535/1‑149 (MQ=255) cGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACAAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCACGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGccc > 2:173052/1‑149 (MQ=255) aGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGc > 4:303754/1‑149 (MQ=255) aGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGc < 4:186754/149‑1 (MQ=255) aCGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGccc < 3:93535/149‑1 (MQ=255) aCGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGcc > 3:20180/1‑148 (MQ=255) ccATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGCCCAAGTtgg < 4:130484/149‑1 (MQ=255) | AAGGTTTTCGCTGTTGATCTGCGGCGCATTCAACGTCACGTTGAAGTTGCCGTCGGCACCCACTGTGCCGCTGCCGATCAGGTTGCCGGCGGCGTCGCGGATGTTCACCGTGGTGCCTGCTTCGCCACGGCCGGTCAGACGCAAGCCATCCGGCGAAACCAGCAGGTCGATCGGTGTGGCC‑GGTGCGCTGGTGTCGGGGTCGGAACCGCCGCTGCTGCCCCCGCCTCCATTGTCCGCCGCTGCTGCTGCGCCGCCCACGCCCAGCAGGCTGAGCCCGGCAATCGCCCAAGTTGG > NC_002947/944968‑945261 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |