New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2404685 = | 29 (0.540) | 5 (0.100) | 5/246 | NT | 13.1% | coding (30/240 nt) | PP_2107 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 2404717 = | 39 (0.760) | coding (62/240 nt) | PP_2107 | hypothetical protein |
CAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTGGCCG > NC_002947/2404574‑2404856 | cagGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTgtgt > 1:306900/1‑149 (MQ=255) ccgcagcaccggaatgatcaggccataacgctcgaacaaaggctcgctctcggcgatgtcgaccagctctaccagcaggccatgatcgaccagaggcatcaacacagCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGAt > 4:76867‑M1/108‑149 (MQ=255) aTTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGAt > 6:311613/1‑149 (MQ=255) aTTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGAt < 2:93598/149‑1 (MQ=255) gAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGc < 2:2473/148‑1 (MQ=255) gCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCctc > 4:181100/1‑149 (MQ=255) aggtGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGa < 5:311613/148‑1 (MQ=255) gCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTgg > 4:145740/1‑149 (MQ=255) acgctcgaacaaaggctcgctctcggcgatgtcgaccagctctaccagcaggccatgatcgaccagaggcatcaacacagCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTgg < 4:320882‑M1/50‑1 (MQ=255) acgctcgaacaaaggctcgctctcggcgatgtcgaccagctctaccagcaggccatgatcgaccagaggcatcaacacagCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTgg > 3:320882‑M1/81‑130 (MQ=255) tataaTAGGCTTCTGTGTATGCCAACGCGGTACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCct < 6:182093/129‑1 (MQ=255) tAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTTCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGACACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGCCct > 5:182093/1‑132 (MQ=255) aGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGa > 8:298268/1‑149 (MQ=255) ttCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGAt > 4:300910/1‑101 (MQ=255) ttCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGcc > 1:190927/1‑147 (MQ=255) cTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCga < 6:147800/147‑1 (MQ=255) cccGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGtt < 2:41011/149‑1 (MQ=255) gctgcCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGa > 8:113951/1‑149 (MQ=255) gctgcCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGa > 5:172266/1‑149 (MQ=255) gcCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCa > 5:248931/1‑149 (MQ=255) tGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTc > 2:93326/1‑149 (MQ=255) aaTGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTcc < 7:298268/148‑1 (MQ=255) ccagaggcatcaacacagcctcggccacttcgcagaggtggcagccgaggCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGt > 3:320882‑M2/51‑130 (MQ=255) ccagaggcatcaacacagcctcggccacttcgcagaggtggcagccgaggCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGt < 4:320882‑M2/80‑1 (MQ=255) gTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGTCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGtg > 7:214903/1‑149 (MQ=255) gTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTgg > 6:222410/1‑66 (MQ=255) aaCTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAgagggagc < 8:32320/111‑1 (MQ=255) aaCTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAgagcgagc > 7:32320/1‑111 (MQ=255) aaCTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGtgctg > 7:242054/1‑149 (MQ=255) atcaacacagcctcggccacttcgcagaggtggcagccgaggCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTgcgg > 4:76867‑M2/43‑149 (MQ=255) ttCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTgcggcg > 4:129322/1‑149 (MQ=255) cGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCt > 5:293006/1‑149 (MQ=255) ggCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGGTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCtg > 1:255416/1‑149 (MQ=255) gCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCtgt > 3:79236/1‑149 (MQ=255) cACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCtgtg < 6:248931/149‑1 (MQ=255) cACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCtgtg < 6:172266/149‑1 (MQ=255) CTCGGCTGCCACCTCTGCGTAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACaa > 1:96099‑M1/1‑149 (MQ=255) ctcggccacttcgcagaggtggccgaggCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACgg > 3:311393‑M2/29‑149 (MQ=255) tGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAAc > 4:318775/1‑144 (MQ=255) tGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAAc < 3:318775/144‑1 (MQ=255) gccacttcgcagaggtggccgaggCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTAAGTGCTGCTAATTACCGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGcc > 1:287444‑M2/25‑149 (MQ=255) ccACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGcc < 2:306900/148‑1 (MQ=255) aCCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAg < 3:181100/149‑1 (MQ=255) ctctGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGtt < 3:129322/149‑1 (MQ=255) ctctGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGtt < 7:113951/149‑1 (MQ=255) tctGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGtt > 4:300852/1‑91 (MQ=255) tctGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTg > 7:232789/1‑149 (MQ=255) gAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTg < 3:145740/149‑1 (MQ=255) aaGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTgg < 8:242054/149‑1 (MQ=255) aGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTGGc < 2:190927/149‑1 (MQ=255) gTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTGGcc > 4:298241/1‑149 (MQ=255) tGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTGGCCg > 8:188796/1‑149 (MQ=255) | CAGGATTGAGCCAGGTCAGGTGCAGGGTGGGCGTGGCGCGCCTAGAATAGGCTTCTGTGTATGCCAACCCGGGACCTGCCACATGCTGCCTGAATGTCAACTGTTCGGCACCCTCGGCTGCCACCTCTGCGAAGTGGCCGAGGCTGTGTTGATGCCTCTGGTCGATCATGGCCTGCTGGTAGAGCTGGTCGACATCGCCGAGAGCGAGCCTTTGTTCGAGCGTTATGGCCTGATCATTCCGGTGCTGCGGCGCTGTGACAACGGCGCCGAGTTGCACTGGCCG > NC_002947/2404574‑2404856 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |