New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2986678 = | 32 (0.590) | 5 (0.100) | 3/242 | NT | 13.4% | coding (1721/2991 nt) | PP_2612 | membrane protein |
? | NC_002947 | 2986778 = | 35 (0.700) | coding (1621/2991 nt) | PP_2612 | membrane protein |
TTCAAATACCGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCTGGCGCCGAACAAG > NC_002947/2986636‑2986920 | ttCAAATACCGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCACAGGCCAtggct > 6:51649/1‑146 (MQ=255) ttCAAATACCGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCACAGGCCAtggct < 5:51649/146‑1 (MQ=255) gctcaagcgcctgcgcgggcagacccgatgggatgccagtcATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAATCCCAGGGCTTTCTCGGCATTAGCCTCACGCGCTGCCAACTGCACCTGTCGCCGCAGGCCATGACTGGCa < 5:262721‑M1/108‑1 (MQ=255) ctcaagcgcctgcgcgggcagacccgatgggatgccagtcATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAATCCCAGGGCTTTCTCGGCATTAGCCTCACGCGCTGCCAACTGCACCTGTCGCCGCAGGCCATGACTGGCAt > 6:262721‑M1/41‑149 (MQ=255) cAAATACCGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCa < 3:283385/148‑1 (MQ=255) aTACCGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATcc > 3:88925/1‑148 (MQ=255) cGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCg < 4:149861/149‑1 (MQ=255) cTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCAtggct > 8:15183/1‑135 (MQ=255) cTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCAtggct < 7:15183/135‑1 (MQ=255) cACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCt < 7:145890/149‑1 (MQ=255) ctGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCcgc > 5:124226/1‑149 (MQ=255) atgccagtcatggcctgcggcgacaggtgcagttggcagcgcgtgaggctaatgccgagaaagccctgggattgctggcggcgcgctatcgaatcaccgagcaggccatGACTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGGCGCTTGAg > 6:262721‑M2/110‑149 (MQ=255) tgccagtcatggcctgcggcgacaggtgcagttggcagcgcgtgaggctaatgccgagaaagccctgggattgctggcggcgcgctatcgaatcaccgagcaggccatGACTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGGCGCTTGAGc < 5:262721‑M2/41‑1 (MQ=255) gTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGcaccac > 4:270888/1‑149 (MQ=255) tAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACg < 1:158744/149‑1 (MQ=255) tAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACg > 1:127192/1‑149 (MQ=255) tggcctgcggcggcaggtgcagttggcagcgcgggaggcgaatgccgagaaagcgctggggttgctggcggcgcgctatcgaatcaccgagcaggccatGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGCGCACCACGGTa > 3:185375‑M2/100‑149 (MQ=255) gcctgcggcggcaggtgcagttggcagcgcgggaggcgaatgccgagaaagcgctggggttgctggcggcgcgctatcgaatcaccgagcaggccatGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTAtt > 5:329291‑M2/98‑149 (MQ=255) gATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGt < 6:124226/148‑1 (MQ=255) tAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAg < 3:270888/149‑1 (MQ=255) gccgccAGCAACCCCAGCGGGTTCTCTGCATTCGCCTCCGGGGCTGCCAACTGCCCATGCCGACGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATGGGGTCTGCCCGCGCAGTCTCTGGATCACCACTGTATTGACCGTCTGGGCGGTGAGTTCGGt < 2:203697/149‑1 (MQ=255) gccgccAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGt < 3:323914/149‑1 (MQ=255) cgccAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCa > 8:169892/1‑101 (MQ=255) cgccAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCa < 7:169892/101‑1 (MQ=255) cgccAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGa > 5:112611/1‑149 (MQ=255) cgcgggaggcgaatgccgagaaagcgctggggttgctggcggcgcgctatcgaatcaccgagcaggccatGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGat < 6:329291‑M2/79‑1 (MQ=255) gCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATcc > 3:112330/1‑149 (MQ=255) ccccAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTg < 8:10983/139‑1 (MQ=255) ccccAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTg > 7:10983/1‑139 (MQ=255) cccAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGGCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCAt < 4:88925/149‑1 (MQ=255) cAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCgg < 1:248119/134‑1 (MQ=255) cAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCgg > 2:248119/1‑134 (MQ=255) cAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATgg > 3:192233/1‑149 (MQ=255) cgcTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCg < 1:160168/149‑1 (MQ=255) ctcGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGa < 3:175363/128‑1 (MQ=255) ctcGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGa > 4:175363/1‑128 (MQ=255) tcGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGc > 5:137185/1‑148 (MQ=255) tcGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGc > 6:251160/1‑148 (MQ=255) ggCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGAc < 2:279670/149‑1 (MQ=255) gCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAg > 5:94886/1‑149 (MQ=255) ccTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGCCCGGCGAGc > 7:290358/1‑149 (MQ=255) gcgcTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTc > 5:298711/1‑148 (MQ=255) aCTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTg < 4:192233/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCt < 6:112611/149‑1 (MQ=255) aCCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCt > 4:243482/1‑149 (MQ=255) cTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCTgg > 5:94478/1‑149 (MQ=255) gccgcAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCTGGCGcc > 4:40167/1‑148 (MQ=255) ggccatGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCTGGCGCCGAACAAg < 3:243482‑M2/143‑1 (MQ=255) | TTCAAATACCGCTGCACCTCCTGGCTAAAGGGATTTTCCGTAATGGCCTGCTCGGTGATTCGATAGCGCGCCGCCAGCAACCCCAGCGCTTTCTCGGCATTCGCCTCCCGCGCTGCCAACTGCACCTGCCGCCGCAGGCCATGGCTGGCATCCCATCGGGTCTGCCCGCGCAGTCGCTTGAGCACCACGGTATTGACCGACTGGGCGGTGAGGTCGGTGATATCCGCCATGGCCGGGAAGCGACCGGCGAGCCCTTCGATCACGTTGTCGCTGGCGCCGAACAAG > NC_002947/2986636‑2986920 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |