| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 4780240 = | 77 (1.420) | 6 (0.120) | 5/246 | NT | 7.8% | coding (7074/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase |
| ? | NC_002947 | 4780277 = | 69 (1.350) | coding (7037/7887 nt) | pvdJ | non‑ribosomal peptide synthetase | |||||
GTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAGTTC > NC_002947/4780132‑4780425 | gTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCg < 3:134520/149‑1 (MQ=255)gTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCg < 6:221978/149‑1 (MQ=255) gtggcgctgtaccgcgtgcgtgatgacgcaagctccgtgcacctgccgatcggtgccgcgaccgagcacaaccgcctgcatgtgctcaacgacctgctcgaaccgatGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAt > 1:122833‑M1/108‑146 (MQ=255) gtggcgctgtaccgcgtgcgtgatgacgcaagctccgtgcacctgccgatcggtgccgcgaccgagcacaaccgcctgcatgtgctcaacgacctgctcgaaccgatGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCAt < 2:122833‑M1/39‑1 (MQ=255) gCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGtt > 4:259449/1‑149 (MQ=255) cACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTc > 2:163731/1‑148 (MQ=255) cTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAg < 2:60762/149‑1 (MQ=255) cTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGACGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACAGCGCCCGACACCTACGCAGGCC‑‑‑‑‑‑AAATGCAACTAGCCGGTGGCCCGGGACTGCATCGGTTCTAg > 4:100884/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGt > 5:89493/1‑149 (MQ=255) aGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGtt < 2:108022/149‑1 (MQ=255) ggCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTg < 3:259449/149‑1 (MQ=255) cgcTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAg > 6:206221/1‑149 (MQ=255) atgacgcaagctccgtgcacctgccgatcggtgccgcgaccgagcacaaccgcctgcatgtgctcaacgacctgctcgaaccgatGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTc > 7:155735‑M1/86‑130 (MQ=255) atgacgcaagctccgtgcacctgccgatcggtgccgcgaccgagcacaaccgcctgcatgtgctcaacgacctgctcgaaccgatGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTc < 8:155735‑M1/45‑1 (MQ=255) aCCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGa < 1:322954/131‑1 (MQ=255) aCCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGa < 1:317853/131‑1 (MQ=255) aCCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGa > 2:317853/1‑131 (MQ=255) aCCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGa > 2:322954/1‑131 (MQ=255) aCCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGCGCACAt > 5:239874/1‑149 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tGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTtg > 7:124986/1‑149 (MQ=255) gCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGtt < 2:5819/146‑1 (MQ=255) gCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGtt > 1:5819/1‑146 (MQ=255) gCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTtgt < 5:51427/148‑1 (MQ=255) gAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCt < 5:303870/149‑1 (MQ=255) 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gaaccgatgccggcccgggccaccggcgagttgcatgtggccggcATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGtcat < 8:155735‑M2/85‑1 (MQ=255) CGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGtcatca < 8:13591‑M1/122‑1 (MQ=255) CGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGtcatca > 7:13591‑M1/1‑122 (MQ=255) CGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACgtcgtc > 2:171811‑M1/1‑148 (MQ=255) CGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACgtcgtc < 1:171811‑M1/148‑1 (MQ=255) CGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGtcgtcg > 6:112423‑M1/1‑149 (MQ=255) GGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGtcgtcg < 4:333372‑M1/148‑1 (MQ=255) atgccggcccgggccaccggcgagttgcatgtggccggcATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCAc < 2:122833‑M2/107‑1 (MQ=255) atgccggcccgggccaccggcgagttgcatgtggccggcATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCAc > 1:122833‑M2/40‑146 (MQ=255) gCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGaa > 8:148646/1‑143 (MQ=255) gCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGaa < 7:148646/143‑1 (MQ=255) aaCTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTccgc < 1:278287/149‑1 (MQ=255) aCTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTccgcc < 8:17117/149‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCgg < 8:22699/147‑1 (MQ=255) gCCGGTGGCCCGGGCCGGCAGCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCggg < 4:196808/148‑1 (MQ=255) cGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCg < 2:108332/149‑1 (MQ=255) ccGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGt > 2:183141/1‑149 (MQ=255) cGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGtt < 3:333372/149‑1 (MQ=255) gggCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTg < 7:193683/149‑1 (MQ=255) aTCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAGTTc > 6:99048/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAGTTc < 2:92019/149‑1 (MQ=255) | GTCGCCACTGCGGTACAGGCGCTCACCCGGGCGGCTGGCGAACGGATCGGGGACAAAGCTCAATGCCGTGCGCACCGGATCCCCAAGGTAACCGCGCCCGACACCTACGCCGGCC‑‑‑‑‑‑ACATGCAACTCGCCGGTGGCCCGGGCCGGCATCGGTTCGAGCAGGTCGTTGAGCACATGCAGGCGGTTGTGCTCGGTCGCGGCACCGATCGGCAGGTGCACGGAGCTTGCGTCATCACGCACGCGGTACAGCGCCACGTCGTCGGAACACTCCGCCGGGCCGTAGGCGTTGACCAGTTC > NC_002947/4780132‑4780425 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |