New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2295789 = | 51 (0.800) | 4 (0.070) | 4/234 | NT | 8.5% | intergenic (+35/+98) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
? | NC_002947 | 5594167 = | 39 (0.660) | intergenic (‑114/+31) | PP_4921/thiC | NCS1 family transporter/phosphomethylpyrimidine synthase |
CATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGC > NC_002947/2295644‑2295926 | agtgcgtgagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGc > 8:72192‑M1/147‑149 (MQ=255) gcccatgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCcgc > 1:370195/1‑149 (MQ=255) ccatgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCcgc < 5:335631/147‑1 (MQ=255) ccatgccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCcgc > 6:335631/1‑147 (MQ=255) gagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCcgcg < 8:105825‑M1/8‑1 (MQ=255) gagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCcgcg < 8:55202‑M1/8‑1 (MQ=255) gagtacgctgccaagatcgaggccgtggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCCGCGaa > 2:124998‑M1/140‑149 (MQ=255) ccGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAacac < 6:392763/148‑1 (MQ=255) cGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCg < 1:182330/149‑1 (MQ=255) cGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCg < 4:278895/149‑1 (MQ=255) aCAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGc < 6:422086/149‑1 (MQ=255) cagcaAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCagag < 7:227906/149‑1 (MQ=255) gcaAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGcc > 5:289813/1‑149 (MQ=255) gCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGc > 1:157203/1‑149 (MQ=255) cTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCgg > 8:265590/1‑133 (MQ=255) cTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCgg < 7:265590/133‑1 (MQ=255) ggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCcgc < 8:48241‑M1/7‑1 (MQ=255) ggatgtgacggtcgagcaaggcatgcgtgagcaggccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCcgc > 7:48241‑M1/114‑120 (MQ=255) acccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACcg > 3:282833/1‑149 (MQ=255) ccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGcc < 2:89108/139‑1 (MQ=255) ccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGcc > 1:89108/1‑139 (MQ=255) cacaGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCgg > 5:243280/1‑149 (MQ=255) acaGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGt < 6:243280/149‑1 (MQ=255) cTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCGTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGccc < 4:269180/149‑1 (MQ=255) cGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcg < 4:282833/149‑1 (MQ=255) gTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCa > 3:107985/1‑149 (MQ=255) agagCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGGGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTccc < 7:90466/149‑1 (MQ=255) agCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCcac < 2:353707/149‑1 (MQ=255) gccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgcg < 7:166011‑M1/53‑1 (MQ=255) gccgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcaccttaccctgtgggagcgggctTGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTcgcg > 8:166011‑M1/80‑132 (MQ=255) cgcCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCacac < 2:307554/149‑1 (MQ=255) cgcCAAATTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCacac < 8:172319/149‑1 (MQ=255) gcCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACg > 5:292263/1‑149 (MQ=255) cgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaacctcagctcctttccctgtgggagcgggctTGCCCGCGaa > 7:261007‑M1/78‑87 (MQ=255) cgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcacctcaccctgtgggagcgggctTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg < 6:124007‑M1/54‑1 (MQ=255) cgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcacctcaccctgtgggagcgggctTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 5:124007‑M1/78‑131 (MQ=255) aTGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGATGGGGCCGGGCATGCCCCGCACCCCCGGCAAGGCCGGGCCCTACCCCCCCGTTCCCCGCTTGCCGGGCATCCCCCGGCCCCCCCGGCCCCAtgt > 1:107633/1‑149 (MQ=255) aTGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAtgtg > 1:306082/1‑149 (MQ=255) tGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGGATGCCCACTCCCACAAGGACCCCTGTGc > 8:372759/1‑149 (MQ=255) ggCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCAGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc < 8:301658/138‑1 (MQ=255) ggCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCAGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc > 7:301658/1‑138 (MQ=255) cccTCAGGGGCAAGCACCACCACTGTGCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCTAACACCGGCAGCGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGccc < 2:370195/149‑1 (MQ=37) gAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCGTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGAt < 6:292263/148‑1 (MQ=255) aGTGGCAAGCACCACCAGTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGTTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGAt < 7:372759/147‑1 (MQ=255) aGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGt > 1:265008/1‑149 (MQ=255) gTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGtt < 2:265008/149‑1 (MQ=255) gCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTa < 5:195438/148‑1 (MQ=255) gCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTa > 4:349038/1‑148 (MQ=255) gCAAGAACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTaa < 8:4799/149‑1 (MQ=255) gCACCCCCATTTTTCTGGCTTGTGTGTGGGCCTTG‑TGGGTGCGGGCTTGCCCGCTAAAACCGGCATAGCGGTTGCAATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGAATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAg < 2:157203/149‑1 (MQ=255) gCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGtt > 7:2285/1‑142 (MQ=255) caccacTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCCTGTGCAGCCCGCTGTGTAATCAGCggc > 4:258318/1‑148 (MQ=255) accacTGATCTGGGTTGGGGGAGTGCCTTG‑GGGGCGCGGGCATCCCCGCTAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGAc < 3:196464/149‑1 (MQ=37) aTCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCCCATAGCCGGCCTGCCCGCGCCCCCACGGACCCCAGTGCAGCCCCATGTTTAATCAGCGGACCATGAtt > 6:38934/1‑149 (MQ=37) gtcTTGTTGGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCTAACACCGGCAGAGCCGGTGCAATCCACCGCTGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGcc < 7:149213/146‑1 (MQ=37) ttGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTg > 1:6226/1‑148 (MQ=255) gTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCCCCCGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATAAGCCGACCATGATTTCCTTGAACAGCTCCg > 4:254909/1‑149 (MQ=37) ttG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagc > 1:110264/1‑149 (MQ=255) ttG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagc > 6:394847/1‑149 (MQ=255) tgggggCGCGGGCATGCCCGCTAACACCGGCAGAGCGGGTGCCATCCACGGGGGTGCCCGCTTGGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagc < 5:38934/145‑1 (MQ=38) tgGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAagcca < 4:107985/148‑1 (MQ=255) gggAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCAACCACCCCGACCCCTGTGCAGCCCCATGTTTAATAAGCGGACCATTATTTCCTTGAACACCAACGAagccagc > 4:233906/1‑149 (MQ=25) | CATGCCCATGCCGACAGCAGCAAGGCTTCTGCCACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGC > NC_002947/2295644‑2295926 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |