New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 2505327 = | 43 (0.670) | 3 (0.050) | 3/240 | NT | 7.5% | coding (1114/1146 nt) | yliI | aldose sugar dehydrogenase |
? | NC_002947 | 2505368 = | 33 (0.550) | intergenic (+9/‑33) | yliI/PP_2199 | aldose sugar dehydrogenase/hypothetical protein |
CTGGCCACGCAGGAATTGATCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGACCCTGCCCAG > NC_002947/2505180‑2505472 | aagggactggaagcaggcttgcaaggcctcgacgacgcgggcctgggcagggtcagcaacgtagccccgagtgctcagggcttgctggtagagggtttgggggtcgagggccatgccgcattctacccgactgtcaccctcggtgcagg > 4:16110‑M1/148‑149 (MQ=255) gggactggaagcaggcttgcaaggcctcgacgacgcgggcctgggcagggtcagcaacgtagccccgagtgctcagggcttgctggtagagggtttgggggtcgagggccatgccgcattctacccgactgtcaccctcggtgcaGgcg < 7:7300‑M1/4‑1 (MQ=255) gggactggaagcaggcttgcaaggcctcgacgacgcgggcctgggcagggtcagcaacgtagccccgagtgctcagggcttgctggtagagggtttgggggtcgagggccatgccgcattctacccgactgtcaccctcggtgcaGgcg < 5:3894‑M1/4‑1 (MQ=255) gCAGGAATTGATCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTAc < 3:122162/149‑1 (MQ=255) cAGGAATTGATCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACt < 6:51941/149‑1 (MQ=255) aGGAATTGATCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTc < 2:199893/149‑1 (MQ=255) gATCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGCTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCg > 5:44504/1‑149 (MQ=255) aTCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCg < 5:160378/148‑1 (MQ=255) tCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGc < 5:111459/149‑1 (MQ=255) cTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑gg < 1:315959/149‑1 (MQ=255) cTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGAATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑gg > 6:159133/1‑149 (MQ=255) gCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGGGGGTCCAGATGGTCACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGc < 4:303984/147‑1 (MQ=255) cAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGa < 6:257065/149‑1 (MQ=255) aaCTGGATGGCGACAAGGTGGTGTACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATg < 2:289001/120‑1 (MQ=255) aaCTGGATGGCGACAAGGTGGTGTACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATg > 1:289001/1‑120 (MQ=255) aaCTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGAATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGAc < 5:159133/149‑1 (MQ=255) aaCTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTACTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGAc > 2:167568/1‑149 (MQ=255) aTGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGAcgc > 4:117489/1‑149 (MQ=255) ggCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGAcgcgc > 3:153754/1‑149 (MQ=255) cgggcctgggcagggtcagcaacgtagccccgagtgctcagggcttgctggtagagggtttgggggtcgagggccatgccgcattctacccgactgtcaccctcggtgcaGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGAcgcgcg > 8:7300‑M1/111‑149 (MQ=255) gggcctgggcagggtcagcaacgtagccccgagtgctcagggcttgctggtagagggtttgggggtcgagggccatgccgcattctacccgactgtcaccctcggtgcaGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACgcgcgc > 7:101483‑M1/110‑149 (MQ=255) gACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGcc > 4:271707/1‑149 (MQ=255) gACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGcc > 2:218916/1‑149 (MQ=255) gcctgggcagggtcagcaacgtagccccgagtgctcagggcgtgctggtagcgggtttggggggcgagggccatgccgcattctcaccgactgtcaccctcggtgcaGGCGCGCTACTCAAGGGCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCt > 7:269160‑M1/108‑149 (MQ=255) gCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAggg < 6:134003/149‑1 (MQ=255) cACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAggg < 3:271707/148‑1 (MQ=255) cACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGGGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCTGGGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAggg < 1:218916/149‑1 (MQ=255) aCGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCATCGAGGGt > 4:184618/1‑148 (MQ=255) gAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGa > 8:292649/1‑148 (MQ=255) aaGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACa < 5:212739/149‑1 (MQ=255) cGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCgg < 3:117489/149‑1 (MQ=255) gTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGt > 7:86710/1‑138 (MQ=255) gTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGt < 8:86710/138‑1 (MQ=255) gTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCg < 7:292649/149‑1 (MQ=255) gTATCCGTGATGTGCGGCTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGAcc < 6:44504/149‑1 (MQ=255) gTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCaaa > 6:33884/1‑149 (MQ=255) tGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAAc > 5:359501/1‑149 (MQ=255) tGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAAc < 6:359501/149‑1 (MQ=255) tGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAAc < 4:153754/149‑1 (MQ=255) gggCCAGATGGTTACCTTTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCaa < 8:122755/149‑1 (MQ=255) gggCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCa < 1:167568/148‑1 (MQ=255) cTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCATCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCgg < 3:184618/149‑1 (MQ=255) cTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGATGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCgg > 6:118626/1‑149 (MQ=255) gtatgtaCTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCgggg > 7:121117/1‑149 (MQ=255) tGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTg > 5:244039/1‑149 (MQ=255) ccGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTg < 5:33884/149‑1 (MQ=255) cGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGa > 7:130171/1‑149 (MQ=255) cGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGa < 8:121117/149‑1 (MQ=255) cGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGa > 5:45772/1‑149 (MQ=255) cGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGa > 5:51765/1‑149 (MQ=255) aaGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGa < 2:354283/61‑1 (MQ=255) ggATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGa > 5:100417/1‑118 (MQ=255) ggATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGa < 6:100417/118‑1 (MQ=255) gATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGACCCTGCCCAg > 3:303858/1‑149 (MQ=255) | CTGGCCACGCAGGAATTGATCCGCTTGCAACTGGATGGCGACAAGGTGGTGCACGAAGAGCGGTTGCTCGGTGACCTGAAGGCGCGTATCCGTGATGTGCGGGTGGGGCCAGATGGTTACCTGTATGTACTGACCGATGACAAGGATGGCGCGCTACTCAAGGTCGGCCT‑GGCCGACTGACGCGCGCCTGCACCGAGGGTGACAGTCGGGTAGAATGCGGCATGGCCCTCGACCCCCAAACCCTCTACCAGCAAGCCCTGAGCACTCGGGGCTACGTTGCTGACCCTGCCCAG > NC_002947/2505180‑2505472 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |