New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3027462 = | 51 (0.800) | 4 (0.070) | 3/238 | NT | 7.9% | coding (827/1491 nt) | PP_2642 | GntR family transcriptional regulator |
? | NC_002947 | 3027540 = | 46 (0.770) | coding (905/1491 nt) | PP_2642 | GntR family transcriptional regulator |
CCCCCTGCCTGGGAGATCTTCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTATCTGCCTTTGGCCAGCGACCGC > NC_002947/3027314‑3027604 | cccccTGCCTGGGAGATCTTCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGTCCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTccc < 4:335331/149‑1 (MQ=255) cccccTGCCTGGGAGATCTTCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTccc > 4:240841/1‑149 (MQ=255) cccccTGCCTGGGAGATCTTCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTccc < 6:161761/149‑1 (MQ=255) accggtgccacgatatagctgcaacgaaacgtgctgcccaaaggcttggacagtgagccaatgtaaatcacgtgccgctgctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttc > 1:364817‑M1/149‑149 (MQ=255) cccTGCCTGGGAGATCTTCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGa < 7:86866/149‑1 (MQ=255) tgccacgatatagctgcaacgaaacgtgctgcccaaaggcttggacagtgagccaatgtaaatcacgtgccgctgctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtgttattcgtagtcgtaatcctcttCGACCa > 1:24957‑M1/144‑149 (MQ=255) ccacgatatagctgcaacgaaacgtgctgcccaaaggcttggacagtgagccaatgtaaatcacgtgccgctgctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttCGACCAc > 1:220800‑M1/142‑148 (MQ=255) cacgatatagctgcaacgaaacgtgctgcccaaaggcttggacagtgagccaatgtaaatcacgtgccgctgctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttCGACCACg < 2:367169‑M1/8‑1 (MQ=255) ttCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGc > 8:375390/1‑148 (MQ=255) ccGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGc < 8:229439/146‑1 (MQ=255) cTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGgcg > 2:27668/1‑149 (MQ=255) ccGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCaa > 2:69644/1‑148 (MQ=255) ccGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACAACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCaa > 1:386462/1‑148 (MQ=255) cGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCaa > 3:180635/1‑147 (MQ=255) gCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAg < 1:210998/149‑1 (MQ=255) gCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAg < 4:180635/149‑1 (MQ=255) caaaggcttggacagtgagccaatgtaaatcacgtgccgctgctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAgc < 1:365841‑M1/39‑1 (MQ=255) cTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAgct < 2:213050/149‑1 (MQ=255) ggTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAgctgc > 3:10126/1‑149 (MQ=255) gTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAgctgc < 4:10126/148‑1 (MQ=255) ccGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAg > 6:129991/1‑149 (MQ=255) caatgtaaatcacgtgccgctgctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAg < 8:50254‑M1/59‑1 (MQ=255) ccATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTgg > 8:292185/1‑140 (MQ=255) ccATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTgg < 7:292185/140‑1 (MQ=255) cATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCa < 5:129991/149‑1 (MQ=255) gggTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTg > 3:329183/1‑149 (MQ=255) gTCGACCAGCTCGATGCCCTGGGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGGACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGGCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTg < 8:328569/147‑1 (MQ=255) gACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCttt < 6:22279/138‑1 (MQ=255) gACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCttt > 5:22279/1‑138 (MQ=255) gACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCg > 6:368169/1‑148 (MQ=255) ctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAag > 7:50254‑M1/69‑149 (MQ=255) ctggcggtcgctggccaaaggcagatagggccgcccggcaaagtggtattcgtagtcgtaatcctcttCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAag > 2:365841‑M1/69‑149 (MQ=255) cAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCAGGCCTTTTGCGTGGTCGAaga < 1:24443/149‑1 (MQ=255) cTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGa > 7:191911/1‑149 (MQ=255) aTGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTAc < 7:375390/149‑1 (MQ=255) cTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTa > 5:206623/1‑149 (MQ=255) cTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCAGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGa < 5:272025/146‑1 (MQ=255) cTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCAGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGa > 6:272025/1‑146 (MQ=255) tgCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACg < 5:327536/148‑1 (MQ=255) ccGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGaa < 8:223732/148‑1 (MQ=255) cacaAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACtt > 5:184651/1‑149 (MQ=255) caAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTGTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCAcatag > 2:95860/1‑145 (MQ=255) gCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGaa < 6:152724/115‑1 (MQ=255) gCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGaa > 5:152724/1‑115 (MQ=255) cGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGggc < 1:27668/148‑1 (MQ=255) gatgatGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGggcggc > 3:60827/1‑149 (MQ=255) gatgatGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGggcggc > 5:296865/1‑149 (MQ=255) gatgTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGccc > 5:172097/1‑148 (MQ=255) tgTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTAt < 6:296865/149‑1 (MQ=255) tgTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTAt > 7:301281/1‑149 (MQ=255) aCATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACTGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAgct > 1:270954/1‑64 (MQ=255) aCATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACTGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAgct < 2:270954/64‑1 (MQ=255) aaCGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCAc < 6:359630/124‑1 (MQ=255) aaCGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCAc > 5:359630/1‑124 (MQ=255) gCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTATCTGCCTTTgg > 6:74955/1‑149 (MQ=255) gCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTATCTGCCTTTgg > 1:316465/1‑149 (MQ=255) cccATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTATCTGCCTTTGGc > 2:86995/1‑148 (MQ=255) ccATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGTAGCTGGCGAGCCAGCATGCATTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGAATACGAATACCACTTTGCCGGTCGGCCCTATCTGCCTTTGGc > 3:240259/1‑147 (MQ=255) cATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCggg > 4:157556/1‑126 (MQ=255) cATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCggg < 3:157556/126‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAag < 2:65150/90‑1 (MQ=255) aCCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAag > 1:65150/1‑90 (MQ=255) aGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTATCTGCCTTTGGCCAGCGACCGc < 6:206623/149‑1 (MQ=255) | CCCCCTGCCTGGGAGATCTTCCGTCAGCTGGGTGCCCGCCTGGTGACCGTGGAGCTGGACCATGAGGGTTGCCGGGTCGACCAGCTCGATGCCCTGTGCCGGCAGCACAAGGTGCGGATGATGTACATAACGCCCCATCACCAGTTCCCGACCACGGTCAGCCTGCCAGCCGGGCGCAGGCAACAGCTGCTGGAGCTGGCGCGCCAGCATGCCTTTTGCGTGGTCGAAGAGGATTACGACTACGAATACCACTTTGCCGGGCGGCCCTATCTGCCTTTGGCCAGCGACCGC > NC_002947/3027314‑3027604 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |