New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4704987 = | 42 (0.660) | 4 (0.070) | 4/244 | NT | 9.7% | coding (177/1695 nt) | kdpA | potassium‑transporting ATPase subunit A |
? | NC_002947 | 4705011 = | 34 (0.550) | coding (153/1695 nt) | kdpA | potassium‑transporting ATPase subunit A |
GAACGCCAGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGC > NC_002947/4704843‑4705133 | gAACGCCAGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTCGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCctggc > 3:116036/1‑149 (MQ=255) aaCGCCAGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGACGCCAGTTCTGCTCctcgct > 3:45438/1‑149 (MQ=255) cGCCAGTGACCAATCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTCAGTGGCACGTAGCCCTGCAACAGCACCAAGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGACACG‑GTGTATAGCCGCCACTACTGCTCctggctgg > 5:314727/1‑149 (MQ=255) ccAGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCg < 7:109433/149‑1 (MQ=255) cAGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCgg > 7:191491/1‑148 (MQ=255) aGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGtt < 5:366003/149‑1 (MQ=255) gACCATTCCTGGCAAGGCAGCTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGTGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCACGTAGAACGCCAACAGGGCAAGG‑GATTATTGCCGACAGATATGCACCTTGCTGGCCTTca > 4:82581/1‑148 (MQ=255) cATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACAcc > 2:374358/1‑149 (MQ=255) gCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGcc > 1:135183/1‑149 (MQ=255) caggcaggTTCTGAGGGTTGAGGGGCAGGGAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAACC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCCACAGGGCCAGGTGTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCg < 1:102077/149‑1 (MQ=255) aggTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACa < 2:285752/149‑1 (MQ=255) gAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGc > 2:69596/1‑149 (MQ=255) aGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCt < 7:78252/149‑1 (MQ=255) gTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGc > 4:59127/1‑121 (MQ=255) gTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGc < 3:59127/121‑1 (MQ=255) cccTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAgg < 1:69596/149‑1 (MQ=255) cccTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAgg < 8:365620/149‑1 (MQ=255) agcagcACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGc > 6:87939/1‑147 (MQ=255) gAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGc < 8:71888/149‑1 (MQ=255) gcagcagGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCTCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACTCTGGCCTTcc < 3:208823/149‑1 (MQ=255) gcagcagGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTcc < 2:135183/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGCTTCTACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTc < 1:346588/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCa > 2:277003/1‑149 (MQ=255) ggaaggccagcgtacctagctgacccctgtgctggggccggtcgagcagggctgttaccggCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCa > 1:140348‑M1/62‑84 (MQ=255) ggaaggccagcgtacctagctgacccctgtgctggggccggtcgagcagggctgttaccggCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCa < 2:140348‑M1/23‑1 (MQ=255) ggAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGAc < 6:213267/148‑1 (MQ=255) ggAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGAc > 5:213267/1‑148 (MQ=255) gAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCt > 1:309040/1‑149 (MQ=255) c‑‑cGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTgta < 5:87939/149‑1 (MQ=255) c‑‑cGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTg > 7:263069/1‑147 (MQ=255) cagcgtacctggctgacccctgtgctggggccggtcgagcagggctgttaccggCTGGCTGGCGTTCACACCCGcc < 5:404878‑M1/22‑1 (MQ=255) cagcgtacctggctgacccctgtgctggggccggtcgagcagggctgttaccggCTGGCTGGCGTTCACACCCGcc > 6:404878‑M1/55‑76 (MQ=255) gACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTgtag > 3:267050/1‑148 (MQ=255) aaCGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGcc < 1:277003/148‑1 (MQ=255) cAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGc > 8:104018/1‑148 (MQ=255) aaCAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCa < 4:267050/149‑1 (MQ=255) aCAGGGCTAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAg < 2:309040/149‑1 (MQ=255) cAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCg < 4:116036/149‑1 (MQ=255) gg‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGc < 8:301236/145‑1 (MQ=255) gg‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGc > 7:301236/1‑145 (MQ=255) g‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCgg > 7:101063/1‑147 (MQ=255) g‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCgg > 3:179026/1‑147 (MQ=255) g‑gTGTATTGCCGCCAGTTCAGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGTGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTa < 3:82581/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTagcag > 2:318515/1‑148 (MQ=255) ccgccAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGa > 3:267631/1‑149 (MQ=255) ttCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACaaa < 4:179026/149‑1 (MQ=255) cTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAg < 1:374358/148‑1 (MQ=255) ccTGGCTGGCGATCACAACCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCCGCCCCACCACAGGGGTCAGCCAGGAACGCAGGCCTACCATGACCTAGTAGAAGAACCGCCCAAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAAtcc > 6:25637/1‑146 (MQ=255) | GAACGCCAGTGACCATTCCTGGCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGC > NC_002947/4704843‑4705133 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |