New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4704987 = | 42 (0.660) | 4 (0.070) | 4/244 | NT | 9.7% | coding (177/1695 nt) | kdpA | potassium‑transporting ATPase subunit A |
? | NC_002947 | 4705011 = | 34 (0.550) | coding (153/1695 nt) | kdpA | potassium‑transporting ATPase subunit A |
GCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAATCGTAACTG > NC_002947/4704864‑4705158 | gCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGcc > 1:135183/1‑149 (MQ=255) caggcaggTTCTGAGGGTTGAGGGGCAGGGAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAACC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCCACAGGGCCAGGTGTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCg < 1:102077/149‑1 (MQ=255) aggTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACa < 2:285752/149‑1 (MQ=255) gAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGc > 2:69596/1‑149 (MQ=255) aGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCt < 7:78252/149‑1 (MQ=255) cccTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAgg < 8:365620/149‑1 (MQ=255) cccTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAgg < 1:69596/149‑1 (MQ=255) agcagcACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGc > 6:87939/1‑147 (MQ=255) gAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGc < 8:71888/149‑1 (MQ=255) gcagcagGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCTCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACTCTGGCCTTcc < 3:208823/149‑1 (MQ=255) gcagcagGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTcc < 2:135183/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGCTTCTACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTc < 1:346588/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCa > 2:277003/1‑149 (MQ=255) ggAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGAc < 6:213267/148‑1 (MQ=255) ggAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGAc > 5:213267/1‑148 (MQ=255) gAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCt > 1:309040/1‑149 (MQ=255) c‑‑cGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTgta < 5:87939/149‑1 (MQ=255) c‑‑cGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTg > 7:263069/1‑147 (MQ=255) gACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTgtag > 3:267050/1‑148 (MQ=255) aaCGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGcc < 1:277003/148‑1 (MQ=255) cAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGc > 8:104018/1‑148 (MQ=255) aaCAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCa < 4:267050/149‑1 (MQ=255) aCAGGGCTAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAg < 2:309040/149‑1 (MQ=255) cAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCg < 4:116036/149‑1 (MQ=255) gg‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGc < 8:301236/145‑1 (MQ=255) gg‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGc > 7:301236/1‑145 (MQ=255) g‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCgg > 3:179026/1‑147 (MQ=255) g‑gTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCgg > 7:101063/1‑147 (MQ=255) g‑gTGTATTGCCGCCAGTTCAGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGTGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTa < 3:82581/149‑1 (MQ=255) aTTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTagcag > 2:318515/1‑148 (MQ=255) ccgccAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGa > 3:267631/1‑149 (MQ=255) ttCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACaaa < 4:179026/149‑1 (MQ=255) cTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAg < 1:374358/148‑1 (MQ=255) ccTGGCTGGCGATCACAACCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑CGCCCCACCACAGGGGTCAGCCAGGAACGCAGGCCTACCATGACCTAGTAGAAGAACCGCCCAAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAAtcc > 6:25637/1‑146 (MQ=255) tggcgggtgtgaacgccagccagCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCTAGGTACGCTGGCCTTcc > 1:140348‑M2/24‑84 (MQ=255) tggcgggtgtgaacgccagccagCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCTAGGTACGCTGGCCTTcc < 2:140348‑M2/61‑1 (MQ=255) ggcgtttgTTCACACCAGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGTGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAag < 4:132023/142‑1 (MQ=255) ggcgggtgtgaacgccagccagCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTg < 5:404878‑M2/54‑1 (MQ=255) ggcgggtgtgaacgccagccagCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTg > 6:404878‑M2/23‑76 (MQ=255) cGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAg < 8:263069/149‑1 (MQ=255) cacCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGaaa > 1:156011/1‑149 (MQ=255) acCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCaa < 2:77947/135‑1 (MQ=255) acCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCaa > 1:77947/1‑135 (MQ=255) acCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGaaa > 2:57866/1‑148 (MQ=255) acCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAAt > 3:103454/1‑149 (MQ=255) acCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCAGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAAt > 8:69303/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACCGGGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAATc > 1:42243/1‑149 (MQ=255) ccGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAATCg > 2:296565/1‑149 (MQ=255) ccGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAATCGTAACtg > 6:377243/1‑148 (MQ=255) | GCCAGGCAGGTTCTGAGGGTTGAGTGGCAGGTAGCCCTGCAACAGCAGCACGGCGAACAGCAGCAGGAAGC‑‑CGACCAGGTTGAACGCCAACAGGGCCAGG‑GTGTATTGCCGCCAGTTCTGCTCCTGGCTGGCGTTCACACCCGCCAGCCGGTAACAGCCCTGCTCGACC‑GGCCCCAGCACAGGGGTCAGCCAGGTACGCTGGCCTTCCATGACCTTGTAGTAGAACCGCCCGAGCCAGGGTGCCGGTAGCAGCACGATGACAAAGAATGCCAAGAGCAAGGCGAAATCGTAACTG > NC_002947/4704864‑4705158 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |