| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 744921 = | NA (NA) | 42 (0.660) | 37/254 | NT | 87.5% | intergenic (‑586/+45) | PP_0636/PP_0637 | cold shock DNA‑binding domain‑containing protein/transposase |
| ? | NC_002947 | 748230 = | 6 (0.090) | coding (283/819 nt) | PP_5449 | hypothetical protein | |||||
TGGTGATGAGGCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGA‑TGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAGC > NC_002947/748082‑748374 | tGGTGATGAGGCAGTGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGA‑TGAAGCGTAACGTTGATGAGc < 2:292773/149‑1 (MQ=255) gacgtggcgcagccacgtcctggagcgactgccgcacgcctcatcggtagcagactacgaagcgctgctgccatggaactgttcgccagagatgccacggtaactttggcttccaccttgtggtaggtggggttcatggatcggttacc > 4:96381‑M2/149‑149 (MQ=255) atgaGGCCGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGCTGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGA‑TGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGt < 6:310711/149‑1 (MQ=255) 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gatgaGCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATg > 2:185122/1‑145 (MQ=255) gatgaGCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAAATAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATg < 1:185122/145‑1 (MQ=255) gttacCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAg > 4:141877‑M2/6‑149 (MQ=255) aGCGAAGTTTGtaagggatccatcatcccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccccaagcccgtg > 4:162405‑M2/1‑11 (MQ=255) gCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccc > 1:391896‑M2/1‑10 (MQ=255) gCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatgatgcgccccgacagcaaagtcgaaaaagtctacctctaccc < 2:391896‑M2/138‑129 (MQ=255) gCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatg < 7:87591‑M2/97‑88 (MQ=255) gCGAAGTTTGtaagggatccatcatccccacattccaaccgtccacctgattcccgatgctgtgctcccgatttctttctggagccagcccgccatg > 8:87591‑M2/1‑10 (MQ=255) cGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCt < 4:13295/141‑1 (MQ=255) cGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCt > 3:13295/1‑141 (MQ=255) | TGGTGATGAGGCAGAGATTTTCGCAGATATTGTCGCATCTGGTATTAAGCCGGTGGGTAAGCTCAGCGTTTCGCAAAAGGATGGGAAGCTCATCCTTGATGATAAAAATAGCTCGTTACGATTGGTGA‑TGAAGCGTAACGTTGATGAGCGAAGTTTGGACTGCCTCAACTGTAAGGTGCTCGGTTTGAGGGCGGATGGTCTTGTCTGGAATTAT‑GATCCGAAAGGGCCGTATGACGTAGATCAGCTACTCAAGGAACAAGCCCGGAAAAGAGAAGAGGCCTTGAATGCTGAGC > NC_002947/748082‑748374 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |