New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3694376 | 49 (0.770) | 4 (0.070) | 4/240 | NT | 8.2% | coding (1792/2502 nt) | ligD | DNA ligase D |
? | NC_002947 | = 3694424 | 43 (0.710) | coding (1744/2502 nt) | ligD | DNA ligase D |
GCGCGATTGATGACCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGC > NC_002947/3694276‑3694563 | gcgcGATTGATGACCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCtt < 4:130182/149‑1 (MQ=255) gcgcGATTGATGACCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCtt > 1:70543/1‑149 (MQ=255) gcgaGATTGATGACCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCtt > 8:355996/1‑149 (MQ=255) gatgaCCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCtgtg > 7:195702/1‑149 (MQ=255) atgaCCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCtgtg < 6:260889/148‑1 (MQ=255) atgaCCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCtgtg < 8:195702/148‑1 (MQ=255) cATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTAGAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAG‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGa < 1:69827/149‑1 (MQ=255) cTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCAc < 5:178533/149‑1 (MQ=255) cTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACGAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGc < 2:70543/149‑1 (MQ=255) tGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCt > 2:327939/1‑149 (MQ=255) gccggccTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCACTCGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCt < 1:67405/148‑1 (MQ=255) cctTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTaa < 7:355996/149‑1 (MQ=255) cctTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTaa < 1:363757/149‑1 (MQ=255) gtatgtGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGGGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCgg < 7:68221/144‑1 (MQ=255) tAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATcc > 3:393302/1‑121 (MQ=255) tAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATcc < 4:393302/121‑1 (MQ=255) tATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTca > 8:131182/1‑149 (MQ=255) aggTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGGCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTcac < 3:324832/147‑1 (MQ=255) tGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTcaca > 6:207046/1‑149 (MQ=255) tGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTcaca > 7:200398/1‑149 (MQ=255) tACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACAcc > 3:97611/1‑149 (MQ=255) tACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACAAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACAcc > 5:403530/1‑149 (MQ=255) gTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCgtg < 4:97611/149‑1 (MQ=255) cccGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTggg < 1:4543/149‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTc < 5:179056/123‑1 (MQ=255) cgcgTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTc > 6:179056/1‑123 (MQ=255) gaagaaCAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTgagctgttcttccagaaaaacgcgggccaactgtacatacccaacgtactcagctacgaaaaggccgaggccggccaggcagcgatggt < 1:289775‑M2/149‑90 (MQ=255) aagaaCAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTc > 5:280497/1‑149 (MQ=255) aaCAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAACTACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCgg < 1:112367/149‑1 (MQ=255) aCAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCgggg > 8:86894/1‑149 (MQ=255) cAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTgagctgttcttccagaaaaacgcgggccaactgtacatacccaacgtactcagctacgaaaaggccgaggccg > 8:200753‑M2/1‑54 (MQ=255) cAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTgagctgttcttccagaaaaacgcgggccaactgtacatacccaacgtactcagctacgaaaaggccgaggccg < 7:200753‑M2/127‑74 (MQ=255) cAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGgggt > 1:209972/1‑149 (MQ=255) aGCTCGCCGGCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCTAAGCCCC‑CGGGCCGGGCATGCGCTGTGGCAGGATCCACTGGGTGATGCCACCGAAA‑TACTCGGCCACTTCGAGCTAGGACAGACCCGTGGAGGGCTCGAGGACCCCCTCGgggtg > 8:228300/1‑149 (MQ=255) gCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGgggtgg < 7:131182/149‑1 (MQ=255) cTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGAcc > 6:299315/1‑136 (MQ=255) cTCGCCGCCCAGGCCCTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGAcc < 5:299315/136‑1 (MQ=255) cgccCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGc < 8:200398/149‑1 (MQ=255) ggggCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAg < 5:207046/149‑1 (MQ=255) gggCGCGCACAAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAgg < 6:403530/149‑1 (MQ=255) ggCGCGCACCAATGCCCC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGAGGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGAGTTGGCGCTTGGTCACACCCGGGGTGGGGTCGATGACCCGGGCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGt < 7:228300/149‑1 (MQ=255) gcgcgcACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGtt < 7:86894/149‑1 (MQ=255) gcgcACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTtct > 4:167280/1‑149 (MQ=255) gcACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTgagctgttcttccagaaaaacgcgggccaactgtacatacccaacgtactcagctacgaaaaggccgaggccggccaggcagcgatggtcatcaatcgcgccgatacgctgctgggtgcggtgc > 2:289775‑M2/1‑25 (MQ=255) cAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCa > 2:401595/1‑122 (MQ=255) cAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCa < 1:401595/122‑1 (MQ=255) gCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCtt > 1:157783/1‑149 (MQ=255) ccAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGTCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTAGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACTCATTg > 8:309977/1‑149 (MQ=255) ccAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTg < 7:13916/149‑1 (MQ=255) aC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTtct > 3:238256/1‑136 (MQ=255) aC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTtct < 4:238256/136‑1 (MQ=255) aC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGc < 2:209972/149‑1 (MQ=255) ggCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGc > 4:374138/1‑149 (MQ=255) | GCGCGATTGATGACCATCGCTGCCTGGCCGGCCTCGGCCTTTTCGTAGCTGAGTACGTTGGGTATGTACAGTTGGCCCGCGTTTTTCTGGAAGAACAGCTCGCCGCCCAGGCCGTCCGGGGCGCGCACCAATGCCAC‑CGGGCGGTGCTTGAGCTGTGGCAGGATCCACTGGCTGATGCCAGCGTAA‑TACTCGGCGACTTCGCGCTTGGTCACACCCGTGGTGGGGTCGATGACCCGGTCGGGGTGGGTCAGCCGCAGTTCACCCAGGTTCTCAGACGCCTTGGCCTGC > NC_002947/3694276‑3694563 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |