| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 204734 = | 17 (0.240) | 6 (0.090) | 4/256 | NT | 10.2% | coding (10240/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
| ? | NC_002947 | 205438 = | 89 (1.300) | coding (10944/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein | |||||
GAGCCTGGTACCCCAGGCAACCCGGGCGGCAGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACGGCCGACCAGACTTCGGTAGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGACGGTCGC > NC_002947/204587‑204880 | ttgccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtacggcgcgctggtttcgccggccttgatgGt > 8:347768‑M1/148‑149 (MQ=255) ccgcgcagttgcagggtctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtacggcgcgctggtttcgccggccttgatgGTGAc > 7:371866‑M1/145‑149 (MQ=255) ccgcccagttgcaggttctcgaaggtcgcaccagtggcatccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtacggcgcgctggtttcgccggccttgatgGTGAc > 1:96554‑M1/145‑149 (MQ=255) gcaccagtggcgtccaccgccgagttgatacccaggctgatctggccagcgtcgttgtagacgtcatcaccctgagcagcgtgggtgtacggcgcgctggtttcaccggccttgatgGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCAt > 7:70616‑M1/118‑149 (MQ=255) gtccaccgccgagttgatgcccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtacggcgcgctggtttcgccggccttgatgGTGACC‑TGAGCAACAACGCCCAGGTCAcc < 3:241125‑M1/29‑1 (MQ=255) gtccaccgccgagttgatgcccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtacggcgcgctggtttcgccggccttgatgGTGACC‑TGAGCAACAACGCCCAGGTCAcc > 4:241125‑M1/107‑135 (MQ=255) cgagttgatacccaggctgatctggccagcatcgttgtagacgtcatcaccctgcgcagcgtgggtgtacggcgcgctggctcacgacctggtcGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAgcgcgc > 2:260601‑M1/95‑149 (MQ=255) atctggccagcatcgttgtaaacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtatggcgcgctggtctcgccggccttgatgGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCAcc < 3:345472‑M1/30‑1 (MQ=255) atctggccagcatcgttgtaaacgtcatcgccctgcgcagcgtgggtgtatggcgcgctggtctcgccggccttgatgGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCAcc > 4:345472‑M1/79‑108 (MQ=255) aaCCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCAc < 5:101087/149‑1 (MQ=11) aCCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACg < 5:212654/149‑1 (MQ=31) ccAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGt < 6:1238/149‑1 (MQ=32) cAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTc < 8:302062/149‑1 (MQ=32) ccGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTctgc < 6:62056/149‑1 (MQ=35) cGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTctgct < 8:105435/149‑1 (MQ=35) gCTCACGACCTGGTCTTGAACCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGTCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACAGCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGa < 1:325438/149‑1 (MQ=255) gCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTgg < 1:390674/148‑1 (MQ=39) gtCACGACCAGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCCCCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGAt > 6:69838/2‑149 (MQ=255) cTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGAt > 8:353049/1‑149 (MQ=40) tCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATg > 4:55441/1‑149 (MQ=40) tCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATg > 2:325886/1‑149 (MQ=40) aCGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCTGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATTACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATg < 3:151660/147‑1 (MQ=255) aCGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGGTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGt < 3:109650/148‑1 (MQ=255) cGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAg < 2:422976/149‑1 (MQ=255) gACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGa > 3:389519/1‑149 (MQ=255) cTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGACgg < 2:375356/149‑1 (MQ=255) gTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGACGGTc < 6:322862/148‑1 (MQ=255) gTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCACCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGACGGTc < 8:94814/148‑1 (MQ=255) tCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGACGGTCGc < 5:303572/149‑1 (MQ=255) | GAGCCTGGTACCCCAGGCAACCCGGGCGGCAGCAACGAAGGCGACCTGGTCAAGGTCACCATCACGGCCGACCAGACTTCGGTAGCCGAGAACGTCAAACCGACCTTCACTGTTCACGTCAACCAGCCGCTGGCTCACGACCTGGTCGTGACCCTGAGCAACAATGCCCAGGTCACCATCAAGGCCGGTGAAACCAGCGCGCCGTACACCCACGCTGCTCAGGGTGATGACGTCTACAACGACGCTGGCCAGATCAGCCTGGGTATCACGTCTGCTGTGGATGTAGACGGTCGC > NC_002947/204587‑204880 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |