New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 1144390 = | 74 (1.030) | 8 (0.120) | 8/250 | NT | 9.8% | coding (296/414 nt) | PP_1004 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 1144443 = | 79 (1.180) | coding (243/414 nt) | PP_1004 | hypothetical protein |
GTGCCGCGCTGGCGGCCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACT > NC_002947/1144243‑1144538 | gtgCCGCGCTGGCGGCCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGaaa < 1:239931/149‑1 (MQ=255) gcttgccgaccaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccAAg > 8:119251‑M1/147‑149 (MQ=255) ccGCGCTGGCGGCCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGt > 7:266826/1‑149 (MQ=255) ccGCGCTGGCGGCCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGt > 7:236051/1‑149 (MQ=255) cgcgCTGGCGGCCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTc < 2:399768/149‑1 (MQ=255) ccgaccaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccAAGGTCAg < 3:172347‑M1/8‑1 (MQ=255) ccgaccaccgagttcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccAAGGTCAg > 6:103147‑M1/142‑149 (MQ=255) tGGCGGCCAACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTCTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑At > 5:289242/1‑149 (MQ=255) tGGCGGAGTTCGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑At < 1:369371/149‑1 (MQ=255) ggcCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAgg > 6:242933/1‑149 (MQ=255) tcatcctgctggccgcctgggccgccacacgcagttcaccgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCcgcg < 7:118748‑M1/21‑1 (MQ=255) cTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGca > 6:393330/1‑148 (MQ=255) ttGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGca < 2:76788/147‑1 (MQ=255) ttGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGca > 1:76788/1‑147 (MQ=255) gTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCcg < 6:261837/141‑1 (MQ=255) gTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCcg > 5:261837/1‑141 (MQ=255) ttCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCAGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCAcagcag > 7:275079/1‑148 (MQ=255) tCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACagcagc < 8:266826/148‑1 (MQ=255) 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accgcgcctgtcggcatggctggagaaccaccggctgttcgggccaattctgcataactggcgcaacggcaaggtgatccagcgccgggccAAGGGCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGccc > 5:366940‑M1/92‑149 (MQ=255) gggcaggCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCg < 6:216108/149‑1 (MQ=255) caggcaTGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGgcg > 5:66277/1‑149 (MQ=255) caggcaTGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCGGACCTTGGCCCGgcg < 3:57666/149‑1 (MQ=255) aggcaTGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGACAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCg < 3:62970/145‑1 (MQ=255) aggcaTGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGACAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCg > 4:62970/1‑145 (MQ=255) caTGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTgg < 8:135667/149‑1 (MQ=255) aTGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGa < 4:79966/149‑1 (MQ=255) gTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGAt > 4:182026/1‑148 (MQ=255) ttCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATc < 2:155729/148‑1 (MQ=255) 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ccAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTtc > 2:105499/1‑149 (MQ=255) cAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTtct > 1:250782/1‑149 (MQ=255) aGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTtctc > 4:426687/1‑149 (MQ=255) gAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTtctc > 7:307356/1‑147 (MQ=255) gAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCa < 3:182026/149‑1 (MQ=255) aaTACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACATCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCTCTGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCa < 1:326467/149‑1 (MQ=255) aaTACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCAAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAg > 1:295953/1‑149 (MQ=255) tACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCGGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGcc < 3:195280/149‑1 (MQ=255) tcgCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATg > 8:219362/3‑149 (MQ=255) cGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATg > 5:32186/1‑149 (MQ=255) cGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCACGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATg > 6:269553/1‑149 (MQ=255) ggCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGc < 6:66277/149‑1 (MQ=255) tGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAg > 4:171969/1‑149 (MQ=255) aTGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAgg < 2:225982/148‑1 (MQ=255) aGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTg > 1:22618/1‑148 (MQ=255) gAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGaa > 6:199415/1‑149 (MQ=255) AAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACt > 3:426687‑M1/1‑149 (MQ=255) | GTGCCGCGCTGGCGGCCTACGCCTTGTATTCAGGGCTGCTGAGCTTGTGACGGGGCAGGGCAGGCATGTTCCGGGCGTGACCAGATCCACAGGTTGCCCAGGGTCATGCCGGCGATTGCCAGGAATACCGGCCAGTGATGTTCCAGAAAGGTCAGC‑‑‑‑‑‑ATCAGGCCCGCGCACAGCAGCATGCTGATGGTTGCGCTGACCTTGGCCCGGCGCTGGATCACCT‑TGCCGTTGCGCCAGTTATGCAGAATTGGCCCGAACAGCCGGTGGTTCTCCAGCCATGCCGACAGGCGCGGTGAACT > NC_002947/1144243‑1144538 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |