New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 3005248 = | 50 (0.700) | 5 (0.070) | 5/258 | NT | 9.2% | coding (1829/3621 nt) | PP_2627 | membrane protein |
? | NC_002947 | 3005329 = | 50 (0.730) | coding (1910/3621 nt) | PP_2627 | membrane protein |
GTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGATTTGCCGCAGTACCG > NC_002947/3005106‑3005395 | ttgtttcagccctgcatagacccgctgtggcaacggcaatttgcgcagcgcctgctgcacttcgctgacccgctggcggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctGCAAc > 5:211785‑M1/144‑148 (MQ=255) gatgaGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAgccg > 1:185801/1‑149 (MQ=255) cctgcatagacccgctgtggcaacggcaatttgcgcagcgcctgctgcacttcgctgacccgctggcggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctGCAACAGCCGCCGGcc < 3:52858‑M1/16‑1 (MQ=255) ccTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAAt < 7:284886/149‑1 (MQ=255) catagacccgctgtggcaacggcaatttgcgcagcgcctgctgcacttcgctgacccgctggcggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctg < 7:206427‑M1/1‑1 (MQ=255) catagacccgctgtggcaacggcaatttgcgcagcgcctgctgcacttcgctgacccgctggcggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctg > 8:206427‑M1/130‑130 (MQ=255) cTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATg > 5:233151/1‑149 (MQ=255) tgttgtCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACCTGCCTGGCAGCGAGCAAAAAATGGCGGCCATAAGGGTTTACCGGATGATCCAGGACCGCAACAGCCCCCGGCCCGAATggggg > 1:348501/1‑145 (MQ=255) tgttgtCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGa < 2:185801/148‑1 (MQ=255) gttgtCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAg < 7:133985/148‑1 (MQ=255) tgtCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGTCCAGTGGTTTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCATCAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGa < 7:147242/148‑1 (MQ=255) cTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTg > 6:43034/1‑148 (MQ=255) aacggcaatttgcgcagcgcctgctgcacttcgctgacccgctggcggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGAt < 6:130016‑M1/37‑1 (MQ=255) aaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATg > 6:387306/1‑149 (MQ=255) aaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATg > 8:299225/1‑149 (MQ=255) aaCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGGGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTgg < 5:268139/146‑1 (MQ=255) aCGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACAGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATgg > 3:154708/1‑149 (MQ=255) tttCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGTAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGccc < 7:74585/149‑1 (MQ=255) ttGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGACGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGt > 7:70985/1‑147 (MQ=255) ccGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTg < 7:299225/149‑1 (MQ=255) cGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTgg > 8:209180/1‑149 (MQ=255) gtgtGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑Ct > 8:306358/1‑149 (MQ=255) aTCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGc > 4:308944/1‑147 (MQ=255) gttGCCAGGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACCGCCGCGGGCCCGAATGGGTCGAGGACTTGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑ggg < 5:43034/147‑1 (MQ=255) gATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑ggg < 6:324800/149‑1 (MQ=255) gATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑gg < 4:154708/148‑1 (MQ=255) cATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCTCCTGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑Gt > 7:281213/1‑149 (MQ=255) cATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑Gt < 5:418927/149‑1 (MQ=255) cATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑Gt > 8:54826/1‑149 (MQ=255) aTGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑Gtt > 5:272302/1‑149 (MQ=255) gcggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGc > 4:52858‑M1/69‑149 (MQ=255) cggtactggggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcaggagggcacgctGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGGCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCa > 5:12531‑M1/68‑149 (MQ=255) ggtactgcggcaaatcggtatcggcataggccaaggcgtatttcaggtgctgcatgaggtcacgctGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAg > 5:130016‑M1/67‑149 (MQ=255) gcagcaCC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCg > 8:72017/1‑149 (MQ=255) agcaCC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTg < 2:348501/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATg < 6:272302/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATg < 7:72017/149‑1 (MQ=255) cAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATgcagc < 8:70985/149‑1 (MQ=255) aGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCAGGGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCt > 4:378825/1‑149 (MQ=255) aGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCt > 3:113844/1‑148 (MQ=255) aacaaATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGaaa > 6:66331/1‑149 (MQ=255) aacaaATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGaaa > 5:202188/1‑149 (MQ=255) aaaTGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATAc < 8:281213/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTgg < 7:306358/149‑1 (MQ=255) cgcgCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTgg > 7:16576/1‑149 (MQ=255) aGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGc < 5:387306/149‑1 (MQ=255) ggTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGCCCTCATGCAGCACATGCAATACGCCTTGGCCAATGcc > 6:304370/1‑148 (MQ=255) ggTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGcc > 4:80965/1‑148 (MQ=255) tttACCGGATGGTCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGa > 7:78219/1‑148 (MQ=255) tACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATa < 1:171447/148‑1 (MQ=255) aCCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATAcc > 3:156046/1‑149 (MQ=255) cGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGa < 3:80965/149‑1 (MQ=255) gatgatCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTCGGGGGGGA‑GAGGCATGGGTGAAGCGGGACCACATGAAGCACCTGAAATAAGCCGTGGCCGATGCGGCTAcc > 1:141839/1‑148 (MQ=255) tCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGaaa > 5:264652/1‑116 (MQ=255) tCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGaaa < 6:264652/116‑1 (MQ=255) tCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGAttt > 2:34704/1‑145 (MQ=255) tCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGAttt < 1:34704/145‑1 (MQ=255) aGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGATTTGCCGCAg > 6:146916/1‑149 (MQ=255) cGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGATTTGCCGCAGTACCg > 5:342721/1‑149 (MQ=255) | GTTGATGAGGCGTACCTCAGCTTGTTGTCTAAACGTTTCTTGCCGGCCTTGGCCAGTGGTGTGATCGATGCCATGAACGCAGCACC‑ACCTGGCAGCGAGCAACAAATGGCCGCGCTCAGGGTTTACCGGATGATCGAGGACCGCAACAGCCGCCGGCCCGAATGGGTCGAGGACTGGATGGCCCGTCAGTGGCAACGGGCCTTTC‑CTGGCCA‑GGGGCA‑‑GTTGCAGCGTGACCTCATGCAGCACCTGAAATACGCCTTGGCCTATGCCGATACCGATTTGCCGCAGTACCG > NC_002947/3005106‑3005395 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |