New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4552519 = | 72 (1.010) | 5 (0.070) | 5/254 | NT | 7.1% | coding (90/522 nt) | rutR | transcriptional regulator, TetR family |
? | NC_002947 | 4552553 = | 63 (0.930) | coding (56/522 nt) | rutR | transcriptional regulator, TetR family |
CATCTCTTCGGCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAGCCCTTCTCGCAAACACCTTTTCCGCCGCTTGCAGGATTTTTTC > NC_002947/4552372‑4552667 | caTCTCTTCGGCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTgca < 5:114847/149‑1 (MQ=255) aatcacaagatcgaaatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatatcgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttc > 3:189899‑M1/149‑149 (MQ=255) tcacaagatcgaaatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatatcgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttCAg < 2:422206‑M1/3‑1 (MQ=255) cgctTCGGCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTgcagca > 1:281789/3‑149 (MQ=255) caagatcgaaatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatattgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttCAGCAc < 6:69050‑M1/6‑1 (MQ=255) ttCGGCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTAGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACcg > 6:226250/1‑149 (MQ=255) aagatcgaaatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatattgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttCAGCAcc > 5:69050‑M1/143‑149 (MQ=255) aagatcgaaatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatatcgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttCAGCAcc > 7:403529‑M1/143‑149 (MQ=255) tCGGCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACcgc > 8:86234/1‑149 (MQ=255) gatcgaaatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatatcgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttCAGCAcc < 3:359608‑M1/7‑1 (MQ=255) cGGCCCTGATCTTCGAGCCCTGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCGCATCTTCGCCCGGAGGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACcgc < 8:400351/148‑1 (MQ=255) gCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACcgcgcg < 8:105175/149‑1 (MQ=255) gCCCAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACcgcgcg > 4:289351/1‑149 (MQ=255) ccAGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCgg > 5:271220/1‑148 (MQ=255) aatccgccgacgcaatatcgaaaaaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatatcgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcattattacttCAGCACCGCGCGGaa < 6:212845‑M1/15‑1 (MQ=255) aGATCTTCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAAc < 1:199127/149‑1 (MQ=255) ttCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGCGTGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACACCt > 1:326127/1‑149 (MQ=255) ttCGAGCCCAGCGGCCGCGAGCGCGAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTc > 2:126586/1‑149 (MQ=255) 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cgcgAGCTCGAATGGCCCATCTTCGACCGGATGTAGC‑CGGTCAGCACCTCACGCGGGTCGTCGTAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCTCACATCCAGCTTGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGaa < 6:114561/149‑1 (MQ=255) aaatcctgcaagcggcggaaaaggtgtttgcgagaagggctacggcgccacctccatgggcgatatcgccgagcaggctgagctgccacgctccaacctgcatttttacttCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGt > 1:89241‑M1/112‑149 (MQ=255) gcgAATGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGtaataa < 4:137818/149‑1 (MQ=255) cgtaTGGCGCATCTTCGCCCGGTTGTAGA‑TTGTCAGCACCACACGCGGGGCGTCGAAGTTCTGGAAGCACTGGGGGTCCTGCTTCCACACATCGAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTTCTGAAGTaataat < 6:438850/146‑1 (MQ=255) aTGGCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCa < 3:289351/149‑1 (MQ=255) gCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAAc < 1:144800/115‑1 (MQ=255) gCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAAc > 2:144800/1‑115 (MQ=255) gCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGt < 3:355042/149‑1 (MQ=255) gCCCATCTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGt > 2:42518/1‑149 (MQ=255) cTTCGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGc > 5:65612/1‑149 (MQ=255) cGCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAg < 6:271220/145‑1 (MQ=255) gCCCGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTg < 3:111606/148‑1 (MQ=255) cccGGATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGc > 3:45104/1‑149 (MQ=255) gATGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCt < 2:400487/149‑1 (MQ=255) aTGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGTAGTTCTCTAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCAGCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTc < 4:45104/149‑1 (MQ=255) tGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGa > 6:115862/1‑136 (MQ=255) tGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGa < 5:115862/136‑1 (MQ=255) tGTAGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCa < 7:100043/149‑1 (MQ=255) aGC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGcc > 3:195669/1‑149 (MQ=255) gC‑TGGTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCt > 4:86162/1‑149 (MQ=255) gTCAGCACCACACGCGGGTCGTCGAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTc < 6:65612/149‑1 (MQ=255) 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gtcgAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCATGCTCGGCGATATAGCCCATGGAgg > 3:56944/1‑149 (MQ=255) tcgAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGt > 8:86960/1‑149 (MQ=255) tcgAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTACTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGt > 3:212673/1‑149 (MQ=255) gAAGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTgg > 7:4233/1‑149 (MQ=255) aaGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATAGCCCATGGAGGTGgc > 7:174040/1‑149 (MQ=255) aGTTCTCGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGgcg < 5:226250/149‑1 (MQ=255) tcGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCg > 5:158081/1‑147 (MQ=255) cGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAg > 7:242507/1‑149 (MQ=255) cGAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAg > 5:417672/1‑149 (MQ=255) gAAGCACAGGGCGTCCTGCTTCCACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTa < 1:126586/147‑1 (MQ=255) 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ccACACATCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAGCCCTTCTCGCAAACACCTTTTc > 7:343907/1‑149 (MQ=255) cacacaTCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAGCCCTTCTCGCAAACACCTTTTcc < 2:281789/149‑1 (MQ=255) acacaTCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAGCCCTTCTCGCAAACACCTTTTccg > 8:247040/1‑149 (MQ=255) acaTCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAGCCCTTCTCGCAAACACCTTTTccgcc > 2:247434/1‑149 (MQ=255) aTCCAGCAGGTCCTGCAGCACCGCGCGGAACAGCTCGTCCTTGGTGCTGAAGTAATAATGCAGGTTGGAGCGTGGCAGCTCAGCCTGCTCGGCGATATCGCCCATGGAGGTGGCGCCGTAGCCCTTCTCGCAAACACCTTTTCcgccgc > 1:422206/1‑149 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |