| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5929521 = | 86 (1.200) | 4 (0.060) | 4/256 | NT | 5.3% | coding (867/1224 nt) | visC | ubiquinone biosynthesis oxidoreductase |
| ? | NC_002947 | 5929590 = | 61 (0.890) | coding (798/1224 nt) | visC | ubiquinone biosynthesis oxidoreductase | |||||
TCAGCACCTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTCATCCATCGCCATC > NC_002947/5929376‑5929662 | ccgttgacccgcgatggccagcaggactggtgctcgatcgtctggtcgaccaccccggagcatgccgagcagttgatggcgatggatgaagcggccttcctgcaggccctggagcgggccttcgaagggcgtctgggcgaggtgcttCa > 6:427274‑M1/148‑149 (MQ=255) gttgacccgcgatggccagcaggactggtgctcgatcgtctggtcgaccaccccggagcatgccgagcagttgatggcgatggatgaagcggccttcctgcaggccctggagcgggccttcgaagggcgtctgggcgaggtgcttCAgg < 7:410074‑M1/4‑1 (MQ=255) gttgacccgcgatggccagcaggactggtgctcgatcgtctggtcgaccaccccggagcatgccgagcagttgatggcgatggatgaagcggccttcctgcaggccctggagcgggccttcgaagggcgtctgggcgaggtgcttCAgg < 5:56066‑M1/4‑1 (MQ=255) ttgacccgcgatggccagcaggactggtgctcgatcgtctggtcgaccaccccggagcatgccgagcagttgatggcgatggatgaagcggccttcctgcaggccctggagcgggccttcgaagggcgtctgggcgaggtgcttCAGGc > 5:374973‑M1/145‑149 (MQ=255) gCACCTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCt < 6:83001/149‑1 (MQ=255) cACCTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCtt < 1:388646/149‑1 (MQ=255) aCCTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTc < 8:203949/149‑1 (MQ=255) ccTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCa > 7:181623/1‑149 (MQ=255) ccTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCa < 3:180914/149‑1 (MQ=255) cTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCa > 8:285413/1‑148 (MQ=255) cTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCAt > 8:310335/1‑149 (MQ=255) tCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATc > 8:99296/1‑148 (MQ=255) tCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATc > 4:214311/1‑148 (MQ=255) acaTCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCAc < 1:74984/149‑1 (MQ=255) caTCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACg > 1:179549/1‑149 (MQ=255) aTCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGAGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACg > 5:14553/1‑148 (MQ=255) aGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGAGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCATCATCCACCTAGCGCtt > 1:93534/1‑149 (MQ=255) gCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TAACACCCTGCCCGGCTAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTg < 7:274847/149‑1 (MQ=255) 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< 7:178394/149‑1 (MQ=255) tcgatcgtctggtcgaccaccccggagcatgccgagcagttgatggcgatggatgaagcggccttcctgcaggccctggagcgggccttcgaagggcgtctgggcgaggtgcttCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCt < 4:109535‑M1/35‑1 (MQ=255) gCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGgcg > 3:361762/1‑147 (MQ=255) cAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAg < 8:181623/149‑1 (MQ=255) aaGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGc > 6:104458/1‑149 (MQ=255) aGCATGGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCg < 6:182773/149‑1 (MQ=255) 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aCCAGCACCTCAGCCAGCACCGCTGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGgcacg < 5:108637/147‑1 (MQ=255) aCCAGCACCTCAGCCAGCACCGCTGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGgcacg > 6:108637/1‑147 (MQ=255) aCCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGgcacgc < 6:390926/148‑1 (MQ=255) cAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGc < 7:398817/123‑1 (MQ=255) cAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGc > 8:398817/1‑123 (MQ=255) cAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGcaca > 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cACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCt > 4:297164/1‑149 (MQ=255) ccgccgCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGa < 2:289543/149‑1 (MQ=255) ccgccgCGGCGAGGAAGCCGAGGT‑‑GCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGa < 2:93534/149‑1 (MQ=255) cgccgcGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGaa < 7:99296/149‑1 (MQ=255) agcagttgatggcgatggatgaagcggccttcctgcaggccctggagcgggcctccgaagggcgtctgggcgaggtgcttCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTg > 4:365490‑M1/81‑149 (MQ=255) 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5:177288/149‑1 (MQ=255) gCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAg > 7:243691/1‑149 (MQ=255) ccAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAgg < 2:342404/149‑1 (MQ=255) aGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGc < 2:184205/149‑1 (MQ=255) gTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGcc > 6:185906/1‑149 (MQ=255) gTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGcc > 8:215643/1‑149 (MQ=255) tGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCt < 3:214311/149‑1 (MQ=255) ggTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTg > 6:428107/1‑148 (MQ=255) gTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCa < 7:310335/149‑1 (MQ=255) gTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCa < 7:178096/149‑1 (MQ=255) gtgtgCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGACGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCg > 1:332912/1‑149 (MQ=255) tgtgCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGaa < 3:368418/143‑1 (MQ=255) tgtgCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGaa > 4:368418/1‑143 (MQ=255) tgCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCtt < 1:16400/149‑1 (MQ=255) tgCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCt < 3:198794/148‑1 (MQ=255) gtagcaTCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCtt > 5:383398/3‑148 (MQ=255) cagcaTCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTca > 4:68981/1‑149 (MQ=255) cagcaTCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTca < 5:79145/149‑1 (MQ=255) agcaTCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTcat < 6:272319/149‑1 (MQ=255) caTCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTcatc > 5:302293/1‑148 (MQ=255) ccGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTCATCCATCGc > 1:52156/1‑149 (MQ=255) cGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTCATCCATCGcc < 3:297164/149‑1 (MQ=255) aTCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTCATCCATCGCCAt < 5:428107/149‑1 (MQ=255) tCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTCATCCATCGCCATc < 6:302293/149‑1 (MQ=255) | TCAGCACCTTCACATCGGCCAGCCTCTCACCGCGCTCGCAAGCATTGACCAGCACCTCAGCCAGCACCGCCGCGTCGAGGAAGCCGAGGT‑‑TCACACCCTGCCCGGCCAGTGGGTGAATGGTGTGTGCAGCATCACCGATCAAGACCAGGCCTTCATCCACGTAGCGCTTGGCGTGTCGCTGGCGCAGCGGCACGCACACCCGTGGGTCGGCCTGAAGCACCTCGCCCAGACGCCCTTCGAAGGCCCGCTCCAGGGCCTGCAGGAAGGCCGCTTCATCCATCGCCATC > NC_002947/5929376‑5929662 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |