New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4601529 = | 55 (0.960) | 3 (0.060) | 3/266 | 5.7 | 5.4% | coding (363/633 nt) | PP_4073 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | 4601591 = | 54 (1.000) | coding (301/633 nt) | PP_4073 | hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TGATCTGCTCGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCTCGGGCGCCCGCCCCGTCTC > NC_002947/4601384‑4601675 | tGATCTGCTCGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAg > 2:10886/1‑148 (MQ=255) tCTGCTCGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGGTGGGCGGTGACCAGTTg > 8:150132/1‑148 (MQ=255) cTGCTCGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTg > 3:70691/1‑147 (MQ=255) gCTCGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGTGCGGTGCCCAGTTGaaa > 4:56884/1‑148 (MQ=255) cGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCt > 3:99333/1‑148 (MQ=255) aTACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGAcc < 7:196099/135‑1 (MQ=255) aTACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGAcc > 8:196099/1‑135 (MQ=255) cccGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCgaga < 4:125059/148‑1 (MQ=255) cccGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCgaga < 4:313894/148‑1 (MQ=255) cGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGAt > 6:242848/1‑147 (MQ=255) ggCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGTGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGGTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATg < 5:90284/147‑1 (MQ=255) aGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTc < 5:187064/147‑1 (MQ=255) ggCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGAcc < 4:292898/125‑1 (MQ=255) ggCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGAcc > 3:292898/1‑125 (MQ=255) gCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCtga < 1:313155/148‑1 (MQ=255) cGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTgatgat > 3:32534/1‑148 (MQ=255) gAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTgatgat < 4:47551/147‑1 (MQ=255) ggCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAgg < 1:10886/147‑1 (MQ=255) ccGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGggt > 3:177341/1‑148 (MQ=255) cGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGggtg > 3:124207/1‑148 (MQ=255) ttttCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGggtgcg > 3:140422/1‑148 (MQ=255) ttCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCGTCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGggtgcgg > 5:103887/1‑147 (MQ=255) cATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCa < 4:70691/148‑1 (MQ=255) cTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGa < 1:157216/148‑1 (MQ=255) ttGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTACCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑C‑CCTTGGGCGGTGACAAGTTCCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTg > 7:62497/1‑146 (MQ=255) aCGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGTCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAAt > 1:250344/1‑148 (MQ=255) aCGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGACAGAGGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGc > 1:262923/1‑147 (MQ=255) tACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGc < 5:97146/141‑1 (MQ=255) tACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAAACCCACATGCACTCGTCTCGCATCGAC‑G‑GGTTGCTCGATTACAAGATGAAACCTCCAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGATAGTGGTGCGATGCAA‑CTCAAGAAATCGc > 6:97146/1‑141 (MQ=255) aCAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCa < 6:279661/147‑1 (MQ=255) cAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCag < 4:99333/147‑1 (MQ=255) tAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGACGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGATGCAgaga > 7:207194/1‑147 (MQ=255) cgcCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAACCTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCa < 1:19713/148‑1 (MQ=255) cgcCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATc < 6:31001/146‑1 (MQ=255) gcCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCACGTGCAGAGATCAgg < 4:140422/148‑1 (MQ=255) ccGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGc > 2:72293/1‑148 (MQ=255) cccTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCct > 3:76154/1‑148 (MQ=255) ccTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCctt < 2:157718/148‑1 (MQ=255) ctctCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCcttc < 1:72293/148‑1 (MQ=255) aaCCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCag < 4:124207/148‑1 (MQ=255) aCCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGTGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCATTCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCag < 5:281629/147‑1 (MQ=255) cGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGc > 4:104345/1‑148 (MQ=255) ccTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAg > 3:432/1‑148 (MQ=255) tGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCACTCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGc > 3:258243/1‑148 (MQ=255) cACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCg > 4:271727/1‑147 (MQ=255) cGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCAGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAAc > 5:140977/1‑147 (MQ=255) cgggCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACAAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGGAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCa < 4:69139/146‑1 (MQ=255) cTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTGGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCa < 3:56884/148‑1 (MQ=255) gCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGt < 1:21741/148‑1 (MQ=255) g‑ggTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCt < 2:1758/143‑1 (MQ=255) g‑ggTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCt > 1:1758/1‑143 (MQ=255) ggTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCTCGGgcg < 3:104345/148‑1 (MQ=255) ttGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCTCGGgcgc > 5:139151/1‑147 (MQ=255) cGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGG‑TCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCTCGGGCGCCCGcccc > 4:318606/1‑148 (MQ=255) ccAGTTGCAACCTCGAGACGTTCTGCACGCAGCTGATGATCCGGTAGGGGTGCGGTGAAA‑CTGAAGCAATCGCAGATGCAGAGATCATGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAAACTCAAGTCCTCGGGCGCCCGCCCCGtctc < 8:207194/148‑1 (MQ=255) | TGATCTGCTCGATACCCGGCAGGCCTCTGCCGGCGTCGAGCACTTGGCCGTTTTCCATCACTTGCCACGGTGTGGGTACAGTAGCGCCCCGCTCCCCTCTCAACCGCACCTGCACTCGGCTGGCATCGAC‑G‑GGTTGGGCGGTGACCAGTTGCAACCTCGAGATGTTCTGCACGCAGCTGATGATCAGGTAGGGGTGCGGTGCAA‑CTGAAGCAATCGCAGGTGCAGAGATCAGGAGCCCGCCTTCTTCAGAGCGGAGGCGAAACCTCAAGTCCTCGGGCGCCCGCCCCGTCTC > NC_002947/4601384‑4601675 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |