New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 5605866 | 58 (1.010) | 4 (0.070) | 4/266 | 5.3 | 7.7% | coding (81/1419 nt) | PP_4926 | HlyD family secretion protein |
? | NC_002947 | = 5605950 | 41 (0.760) | coding (2189/2196 nt) | cyaB | cyclolysin secretion/processing ATP‑binding protein CyaB | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GTTTCCTGCAAGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAA > NC_002947/5605804‑5606097 | gTTTCCTGCAAGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATAcgg < 5:90537/147‑1 (MQ=255) ttCCTGCAAGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTAAAGGGCCGTCCATGCTACCGCGCTTTCTCAATGCCGTCCTCCACGCATACCGGTAGCGCTCGGCAACGTACTTGAACGCCACACTCATAcggctg > 1:90242/1‑146 (MQ=255) cAAGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTAGGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCg < 2:278717/147‑1 (MQ=255) cAAGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGa < 7:258920/148‑1 (MQ=255) aatgtcAGTGCCGCAGGTAAATAGGCCATTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTACATGCTCCGGCGCTTTCGCCATTCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTTAACGCCACACTCATACGGCTGCCCCg < 6:238022/141‑1 (MQ=255) aaGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGAGGCCCCGa > 5:139092/1‑147 (MQ=255) cGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGAt > 4:106392/1‑148 (MQ=255) cGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGCCAAGGTCGTTGAACGCCTCACTCATGCGGCTGCCCCGAGCTGCAGTTGAt > 2:101043/1‑148 (MQ=255) cAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGc < 2:113435/148‑1 (MQ=255) gCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATa < 8:64100/148‑1 (MQ=255) aGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGt > 3:9850/1‑148 (MQ=255) tcgGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTCATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCtg < 7:75488/148‑1 (MQ=255) cgGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCtg < 6:271082/147‑1 (MQ=255) tACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACTCTCATACTGCGGCCCCTAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCca < 4:117855/148‑1 (MQ=255) gCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCt > 3:302312/1‑148 (MQ=255) cGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCtca > 4:153682/1‑148 (MQ=255) tGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCGCGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGa < 1:55229/148‑1 (MQ=255) cTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGt > 2:149229/1‑148 (MQ=255) cTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGt < 7:14143/148‑1 (MQ=255) ccGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTcc > 3:162118/1‑148 (MQ=255) cGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTcc < 4:302312/147‑1 (MQ=255) cGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTc < 1:160635/146‑1 (MQ=255) cgcTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTg < 1:149229/148‑1 (MQ=255) cTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCt < 3:153682/148‑1 (MQ=255) tttCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCt < 6:139092/147‑1 (MQ=255) ttCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCt > 5:240817/1‑146 (MQ=255) cGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAgg < 4:122726/102‑1 (MQ=255) cGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAgg > 3:122726/1‑102 (MQ=255) cGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCg < 6:285345/146‑1 (MQ=255) ccATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCTGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCgatga < 2:90242/148‑1 (MQ=255) cATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATACCCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCgatga > 5:62819/1‑147 (MQ=255) cGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGcc > 4:106561/1‑148 (MQ=255) ctccACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACg > 4:298838/1‑148 (MQ=255) aCGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTc > 2:129620/1‑147 (MQ=255) ggCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCg > 5:113564/1‑147 (MQ=255) aaGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCAt < 3:106561/148‑1 (MQ=255) tGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCCCGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTAc > 5:221781/1‑147 (MQ=255) cGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGcc > 4:256093/1‑147 (MQ=255) acacTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAg < 3:106392/148‑1 (MQ=255) aaaatCATACGGCGGCCCCGAGCTGAAGTTTATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAAACCAGCAGCTCATAATGAGTACCTTGCTCCATGATCTCCAAACGCTCCATCACCAACATGCGGTCGGCATGCCGTACTGCAGAAAg > 2:273560/5‑148 (MQ=255) cacTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGc > 3:47818/1‑148 (MQ=255) cATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGa > 6:118368/1‑147 (MQ=255) cggcggCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCTCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATgg < 2:167003/146‑1 (MQ=255) cggcggCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCTCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATgg > 1:167003/1‑146 (MQ=255) gcggcCCCGAGCTGCAGTTGATGAAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATCATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCaa > 7:199173/1‑148 (MQ=255) | GTTTCCTGCAAGGACAGTGCCGCAGGTAAAAAGGCCAGTTCGTCGGGGTCACGTACGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCCCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAA > NC_002947/5605804‑5606097 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |