New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 346908 | 33 (0.630) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 7.9% | coding (938/2247 nt) | PP_0287 | hypothetical protein |
? | NC_002947 | = 346932 | 38 (0.760) | coding (914/2247 nt) | PP_0287 | hypothetical protein |
CAGGTCTTCCAGGGCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGGCGGCGAAG > NC_002947/346763‑347054 | cAGGTCTTCCAGGGCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGgc < 5:85351/149‑1 (MQ=255) aGGTCTTCCATGGCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGTTTCACCATCTTCAGCTTTTCGTAGGCCGCGTTTCGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACa < 1:104832/149‑1 (MQ=255) ggTCTTCCAGGGCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGgcc‑g > 1:245229/1‑149 (MQ=255) gggCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGc > 4:295485/1‑149 (MQ=255) ggCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCt > 2:308981/1‑149 (MQ=255) gtgtGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCCCGCCGCTCAGCTGGGGTGCCTtgtc > 1:3093‑M2/1‑145 (MQ=255) tgCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAaggcaccccagctgagcggcggcctgtccatc < 5:133809‑M1/149‑33 (MQ=255) cccAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAaggcaccccagctgagcggcggcctgtccatcgc > 1:283265‑M1/1‑115 (MQ=255) cccAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATc < 1:70526/149‑1 (MQ=255) cagcagGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAaggcaccccagctgagcggcggcctgtccatcgccc < 2:283265‑M1/149‑37 (MQ=255) agcagGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACg < 4:97073/149‑1 (MQ=255) gcagGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGc < 5:232311/149‑1 (MQ=255) cagGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACg > 8:109745/1‑147 (MQ=255) gCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGt > 6:102915/1‑149 (MQ=255) cGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGtt < 2:245229/149‑1 (MQ=255) gTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGa > 6:240316/1‑135 (MQ=255) gTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGa < 5:240316/135‑1 (MQ=255) gTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAg < 5:102915/149‑1 (MQ=255) aCCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCt > 3:249725/1‑148 (MQ=255) ctccagctTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCAcc > 5:132476/1‑147 (MQ=255) cagctTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAgg < 2:113852/148‑1 (MQ=255) cagctTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGGCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAgg < 6:197366/148‑1 (MQ=255) cGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGACCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAgt > 2:175043/1‑149 (MQ=255) aaGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAgttg > 3:242481/1‑149 (MQ=255) ggcggc‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAgttggt < 1:190019/149‑1 (MQ=255) gcggc‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAgttggtt < 4:242481/149‑1 (MQ=255) gc‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGc > 5:226795/1‑149 (MQ=255) gggTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCga < 4:138802/149‑1 (MQ=255) gTCGTTGGGGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCgaga < 6:226795/149‑1 (MQ=255) gtggCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCATATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCa < 1:249075/148‑1 (MQ=255) gCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCAt > 1:320413/1‑149 (MQ=255) gggTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCAt > 5:309184/1‑147 (MQ=255) gggTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGa < 4:171274/149‑1 (MQ=255) aTGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACAtt < 2:320413/149‑1 (MQ=255) aTGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACAtt > 2:199839/1‑149 (MQ=255) tGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTg > 3:155998/1‑149 (MQ=255) cTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGc > 7:70809/1‑140 (MQ=255) cTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGc < 8:70809/140‑1 (MQ=255) cAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTggcggc < 7:109745/148‑1 (MQ=255) tGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTg > 6:45017/1‑149 (MQ=255) gggCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTtgtccatcgcccagttcaacctgcgcgccttccttgaaagcattggccacccgctgccggccaccaacgacccggccgccttcgccaagctggagctggtgactcgcctgctg < 2:283265‑M2/149‑114 (MQ=255) gCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTtgtccatcgcccagttcaacctgcgcgccttccttgaaagcattggccacccgctgccggccaccaacgacccggccgccttcgccaagctggagctggtgactcgcctgctggg > 1:283265‑M2/1‑34 (MQ=255) gATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTtgtccatcgcccagttcaacctgcgcgccttccttgaaagcattggccacccgctgccggccaccaacgacccggccgccttcgccaagctggagctggtgactcgcctgctgggca < 5:133809‑M2/149‑118 (MQ=255) gACAaggcaccccagctgagcggcgggcctgtccatcgcccagttcaacctgcgcgccttccttgaaagcattggccacccgctgccggccaccaacgacccggccgccttcgccaagctggagctggtgactcgcctgctgggcacac > 1:3093‑M1/1‑4 (MQ=255) gACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGgcggcg > 4:93501/1‑147 (MQ=255) gACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGGCGGCGaa < 3:295485/149‑1 (MQ=255) gACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGGCGGCGaa < 6:132476/149‑1 (MQ=255) aCAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGGCGGCGAAg > 2:87196/1‑149 (MQ=255) aCAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGGCGGCGAAg > 7:20060/1‑149 (MQ=255) | CAGGTCTTCCAGGGCCAGGCTGCTGGGTGTGCCCAGCAGGCGAGTCACCAGCTCCAGCTTGGCGAAGGCGGC‑‑‑‑CGGGTCGTTGGTGGCCGGCAGCGGGTGGCCAATGCTTTCAAGGAAGGCGCGCAGGTTGAACTGGGCGATGGACAGGCC‑GCCGCTCAGCTGGGGTGCCTTGTCCAGATCACGCAGGTTCAGCTCACCGAGGGCGCGCAGTTGGTTGGCCGAGACTTTCAGGCCGTTCCATGAGGCGACATTGGCGGCCAGGTCGACCAGCAGTTGGCCTTGGGCGGCGAAG > NC_002947/346763‑347054 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |