New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4031302 = | 54 (1.040) | 4 (0.080) | 4/254 | NT | 7.3% | coding (965/1770 nt) | PP_3554 | acyl‑CoA dehydrogenase family protein |
? | NC_002947 | 4031336 = | 50 (1.010) | coding (999/1770 nt) | PP_3554 | acyl‑CoA dehydrogenase family protein |
TGCCATCGGTTACCTGGTGGGCGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACGTTGGCCAG > NC_002947/4031156‑4031447 | cagcgtcttcggcatagcgtgccacgtccagttgctggccaacgtagacggcgaacgcccgacctgcttcggtgagggtgcgcatggtcagcagcatgcgccgaacatcaccatggtggatgatcgggtcggccgccttgtcgtgtGcc < 3:207269‑M1/3‑1 (MQ=255) gCCATCGGTTACCTGGTGGGTGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCt > 1:178878/1‑149 (MQ=255) aTCGGTTACCTGGTGGGCGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTg > 6:114923/1‑147 (MQ=255) ggTTACCTGGTGGGCGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCaga < 7:13520/148‑1 (MQ=255) gtggGCGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGc > 4:289479/1‑149 (MQ=255) gggCGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCg > 7:223255/1‑148 (MQ=255) cAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAgg < 6:110506/149‑1 (MQ=255) cAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAgg < 3:82954/149‑1 (MQ=255) cAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAgg < 2:178878/149‑1 (MQ=255) ctggccaacgtagacggcgaacgcccgacctgcttcggtgagggtgcgcatggtcagcagcatgcgccgaacatcaccatggtggatgatcgggtcggccgccttgtcgtgtGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGcaca > 3:94977‑M1/113‑149 (MQ=255) gCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCcgc < 1:45129/125‑1 (MQ=255) gCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCcgc > 2:45129/1‑125 (MQ=255) gccaacgtagacggcgaacgcccgacctgcttcggtgagggtgcgcatggtcagcagcatgcgccgaacatcaccatggtggatgatcgggtcggccgccttgtcgtgtGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCacac > 4:318195‑M1/110‑147 (MQ=255) cTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGa > 5:167727/1‑149 (MQ=255) tAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGa > 6:278944/1‑148 (MQ=255) aaCAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGAc > 2:276807/1‑148 (MQ=255) aCAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACaa < 8:223255/149‑1 (MQ=255) aGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGAAGGCACCCGACACgg > 8:78379/1‑149 (MQ=255) aGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGACGAAGACTCCTACCAGAGAGCCGCGCGATATCCCAACGCGCGCCTGCACACCCGCGCAGCGACATGCACGCTCGCTCACGACAAgg > 4:207231/1‑149 (MQ=255) gtagacggcgaacgcccgacctgcttcggtgagggtgcgcatggtcagcagcatgcgccgaacatcaccatggtggatgatcgggtcggccgccttgtcgtgtGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTAGCCCGCAGGcac > 8:243612‑M1/104‑139 (MQ=255) gtagacggcgaacgcccgacctgcttcggtgagggtgcgcatggtcagcagcatgcgccgaacatcaccatggtggatgatcgggtcggccgccttgtcgtgtGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTAGCCCGCAGGcac < 7:243612‑M1/36‑1 (MQ=255) gATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAg < 3:36802/145‑1 (MQ=255) gATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAg > 4:36802/1‑145 (MQ=255) ttCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGATGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGa > 8:264998/1‑149 (MQ=255) aCCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGAcc < 4:278221/148‑1 (MQ=255) ccATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGAccc > 5:251551/1‑148 (MQ=255) gatgaACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGatca > 2:325937/1‑149 (MQ=255) aCGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCAt > 5:123289/1‑149 (MQ=255) cGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATccacca < 4:214047/147‑1 (MQ=255) gAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATTATCCACCATgg < 6:251551/149‑1 (MQ=255) gcCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGAt < 1:276807/149‑1 (MQ=255) tCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGtt < 6:167727/147‑1 (MQ=255) ccATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATTGTGATGTTCg < 5:114923/148‑1 (MQ=255) aTCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTg > 6:83829/1‑139 (MQ=255) aTCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTg < 5:83829/139‑1 (MQ=255) cGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCa > 4:87463/1‑149 (MQ=255) ggCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCa < 1:325937/148‑1 (MQ=255) ggCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCAt > 1:37223/1‑149 (MQ=255) gCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCAtg > 5:146481/1‑149 (MQ=255) cAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGGCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATgctgct < 5:206297/149‑1 (MQ=255) aGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATg > 2:275720/1‑126 (MQ=255) aTCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATgg > 5:49278/1‑122 (MQ=255) aTCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATgg < 6:49278/122‑1 (MQ=255) aTCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCAt < 7:78379/149‑1 (MQ=255) tgCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCAccc < 2:37223/149‑1 (MQ=255) cGAAGCCTCCAACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGATCCCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGCCCCGCAGGCACACGACAAAGCGCCCGACCCGATCATCCACCATGGTTAAGTTCGGCCCATGCTGCTTACCATGCGCACCCTCa > 8:155358/1‑149 (MQ=255) gAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCAc > 2:226922/1‑149 (MQ=255) tcctACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAg > 7:288779/1‑148 (MQ=255) tcctACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAg > 6:164579/1‑148 (MQ=255) tcctACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAg > 5:36422/1‑148 (MQ=255) ccAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGt < 6:123289/148‑1 (MQ=255) ccAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTc < 3:289479/149‑1 (MQ=255) agagCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCgg > 1:219813/1‑149 (MQ=255) gagCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCggg > 6:211016/1‑149 (MQ=255) agCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGc < 7:155358/149‑1 (MQ=255) cgccCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGCCCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCg > 4:207269/1‑149 (MQ=255) gATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCa < 7:213565/46‑1 (MQ=255) gATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCa > 8:213565/1‑46 (MQ=255) tGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTAc < 5:211016/148‑1 (MQ=255) tGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACg < 3:87463/149‑1 (MQ=255) aaCGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACGTTgg < 1:226922/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACGTTGGCCAg > 4:151837/1‑148 (MQ=255) cgcCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACGTTg < 2:212995/142‑1 (MQ=255) cgcCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACGTTg > 1:212995/1‑142 (MQ=255) | TGCCATCGGTTACCTGGTGGGCGAGCCGAACAAGGGCCTAACAGCGATGTTCACCATGATGAACTACGAGCGCCTTTCCATCGGCATACAGGGCATCGGTTGTGCCGAAGCCTCCTACCAGAGCGCCGCCCGATATGCCAACGAGCGCCTGCAGAGCCGCGCAGCGACTGGCCCGCAGGCACACGACAAGGCGGCCGACCCGATCATCCACCATGGTGATGTTCGGCGCATGCTGCTGACCATGCGCACCCTCACCGAAGCAGGTCGGGCGTTCGCCGTCTACGTTGGCCAG > NC_002947/4031156‑4031447 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |