New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5606005 = | 44 (0.850) | 4 (0.080) | 4/258 | NT | 7.4% | coding (2134/2196 nt) | cyaB | cyclolysin secretion/processing ATP‑binding protein CyaB |
? | NC_002947 | 5606040 = | 58 (1.150) | coding (2099/2196 nt) | cyaB | cyclolysin secretion/processing ATP‑binding protein CyaB |
CGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTCTGCTGGATGATCC > NC_002947/5605859‑5606151 | cGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCcagca < 7:135953/149‑1 (MQ=255) ggggCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCcagcag > 8:212423/1‑149 (MQ=255) ggggCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCcag > 5:246134/1‑146 (MQ=255) ggggCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCcag < 6:246134/146‑1 (MQ=255) ggggCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCGTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGAGACCGcagcag > 8:208534/1‑149 (MQ=255) gTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCtcat > 8:66468/1‑148 (MQ=255) aTGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGa < 1:223199/149‑1 (MQ=255) aTGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGa < 8:148571/149‑1 (MQ=255) aTGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCAGTACTCCCCGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGGCCTTGAACGCCACTCTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGa < 8:277288/149‑1 (MQ=255) tCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCga < 2:301683/148‑1 (MQ=255) cGCCATGCCGTACTCCACGCAACCCGGTAGCTCTCTGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGTCGGCCACGAGCTGCAGTTGATGCATGTAGGCATATGTGCCCTGTGTATAATCCAGCAGCTCATCATTAGTCC‑‑CTTGCTCgat < 4:10575/148‑1 (MQ=255) cATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATc > 5:158529/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGcc > 2:174034/1‑149 (MQ=255) ccGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGcc < 3:71915/149‑1 (MQ=255) cGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCAt > 2:264598/1‑149 (MQ=255) tCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGAc > 7:257706/1‑148 (MQ=255) aacatggcgcggatttgcgcgcagcgcacggtcatcatcattgcccatcggctttcggcagtacgccatgccgaccgcatcgtggtcatggagcgtggGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGccc > 2:284379‑M1/99‑135 (MQ=255) aacatggcgcggatttgcgcgcagcgcacggtcatcatcattgcccatcggctttcggcagtacgccatgccgaccgcatcgtggtcatggagcgtggGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGccc < 1:284379‑M1/37‑1 (MQ=255) cGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGa > 6:270354/1‑144 (MQ=255) cGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGa < 5:270354/144‑1 (MQ=255) gcTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGTGGt > 5:101620/1‑149 (MQ=255) gcTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGt > 1:70607/1‑149 (MQ=255) tCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCg > 2:157418/1‑149 (MQ=255) cAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCAt < 3:34875/149‑1 (MQ=255) ggTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGc < 1:174034/149‑1 (MQ=255) ggTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGc < 7:66468/149‑1 (MQ=255) cgcagcgcacggtcatcatcattgcccatcggctttcggcagtacgccatgccgaccgcatcgtggtcatggagcgtggGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGc < 8:133104‑M1/35‑1 (MQ=255) cgcagcgcacggtcatcatcattgcccatcggctttcggcagtacgccatgccgaccgcatcgtggtcatggagcgtggGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGc > 7:133104‑M1/80‑114 (MQ=255) tCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCg < 5:69219/148‑1 (MQ=255) gCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAATCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGa > 4:99484/1‑148 (MQ=255) cacaCTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAg < 6:158529/149‑1 (MQ=255) acacTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGc > 6:127022/1‑149 (MQ=255) acacTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGc > 5:115960/1‑149 (MQ=255) tCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGAt > 5:81246/1‑149 (MQ=255) aTACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGACGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATgg < 8:257706/149‑1 (MQ=255) tACGGCGGCCCCGAGCTGCCGTTTATGCAGGTAGGCATAGGGGCCCTGTGGATAACCCACCACCTCATAATTTGTCCCTCTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATg < 1:264598/149‑1 (MQ=255) tACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATggg < 5:127022/149‑1 (MQ=255) ggcggcCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCaa < 6:81246/149‑1 (MQ=255) ccccGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAatgat > 5:199077/1‑148 (MQ=255) cGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAatgatgatg < 1:157418/149‑1 (MQ=255) gAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAAtgatgatga < 2:70607/149‑1 (MQ=255) tGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGCCCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATTACCGt > 4:237773/1‑149 (MQ=255) gTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGtgcgc > 3:143701/1‑149 (MQ=255) aTGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATggg > 5:313392/1‑125 (MQ=255) aTGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATggg < 6:313392/125‑1 (MQ=255) cAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTgcgcg < 6:115960/148‑1 (MQ=255) gTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATACCCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCaaa > 4:101627/1‑149 (MQ=255) gTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCaaa < 7:212423/149‑1 (MQ=255) gTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGAGCGCTGCGCGCaaa > 6:318030/1‑149 (MQ=255) gTAGGCATAGGGGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCGACGCTCCCTGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCaaa < 7:208534/149‑1 (MQ=255) aGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCgcgc > 7:221305/1‑148 (MQ=255) tGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATg < 5:318030/149‑1 (MQ=255) gATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTctgctg > 1:33938/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCcgc < 5:180536/128‑1 (MQ=255) ccAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCcgc > 6:180536/1‑128 (MQ=255) ccAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTCTGCTGGATGATc > 3:268374/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTCTGCTGGATGATc > 6:211510/1‑149 (MQ=255) ccAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTCTGCTGGATGATc > 3:263943/1‑149 (MQ=255) cagcagCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGCCCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTCTGCTGGATGATcc > 6:314526/1‑149 (MQ=255) | CGGGGCCGTCCATGCTCCGGCGCTTTCGCCATGCCGTCCTCCACGCATCCCGGTAGCGCTCGGCAAGGTCCTTGAACGCCACACTCATACGGCGGCCCCGAGCTGCAGTTGATGCAGGTAGGCATAGGTGCCCTGTGGATAACCCAGCAGCTCATCATGAGTCC‑‑CTTGCTCGATGATCTGCCCACGCTCCATGACCACGATGCGGTCGGCATGGCGTACTGCCGAAAGCCGATGGGCAATGATGATGACCGTGCGCTGCGCGCAAATCCGCGCCATGTTCTGCTGGATGATCC > NC_002947/5605859‑5606151 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |