New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 219916 = | 59 (1.130) | 3 (0.060) | 3/258 | NT | 5.3% | coding (25422/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
? | NC_002947 | 219947 = | 49 (0.970) | coding (25453/26049 nt) | PP_0168 | putative surface adhesion protein |
GGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTGGCAATGGCAATGACA > NC_002947/219805‑220091 | gccgtccttggcaccggagatatcgaactcggtgtagtgctcggtgatgtactggtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtaCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGtt > 4:149483‑M1/112‑148 (MQ=255) gCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTg > 7:123242/1‑148 (MQ=255) ccAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca < 7:30300/149‑1 (MQ=255) ccAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTCATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca < 1:267243/149‑1 (MQ=255) cAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca < 8:182570/148‑1 (MQ=255) cAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca > 7:182570/1‑148 (MQ=255) cAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca > 3:135841/1‑148 (MQ=255) aaGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGcaca < 8:192678/149‑1 (MQ=255) gATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGtt < 1:189412/139‑1 (MQ=255) gATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGtt > 2:189412/1‑139 (MQ=255) tctcGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCg > 2:30802/1‑149 (MQ=255) ctaggTCAATCCGAAGCAACGGTGCCAGGTTCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCg < 8:123618/145‑1 (MQ=255) ggTCACTCCGAAGCCACGGTGCAAGGTGCCGACACCATTGATATTGGTATCGTCAACGACATCATCTTCGGTGACGTGATCACCCTCAACGGTTTCGTAAGCGAGGGCTACCAGGCACTGCATACGTACTTTGCACAGAAGAGCGgtg < 1:86708/148‑1 (MQ=255) ggTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGgtgt < 3:187403/149‑1 (MQ=255) ggTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGgt < 1:17366/147‑1 (MQ=255) gTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGtt < 7:220374/149‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGacgtacgt > 3:68008/1‑125 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGacgtacgt < 4:68008/125‑1 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGt > 3:4032/1‑149 (MQ=255) tCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGt > 6:91795/1‑149 (MQ=255) cGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGt < 4:135841/147‑1 (MQ=255) cGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCg > 2:235056/1‑149 (MQ=255) aaGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGt < 8:123242/149‑1 (MQ=255) gCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca < 6:291634/123‑1 (MQ=255) gCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGca > 5:291634/1‑123 (MQ=255) cAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCt < 1:30802/149‑1 (MQ=255) ccAGGTCCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCTCT‑Ac < 6:260465/149‑1 (MQ=255) gctcggtgatgtactggtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtaCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACagaa < 2:320839‑M1/45‑1 (MQ=255) gctcggtgatgtactggtgaacattgctggtagtgacagcaccgacttcaacaccgctcttctgtgcaacgtaCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACagaa > 1:320839‑M1/74‑118 (MQ=255) ccGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAAt < 1:169261/149‑1 (MQ=255) ccGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAAt > 8:160792/1‑149 (MQ=255) aGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACa > 4:157240/1‑148 (MQ=255) gTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCAcc < 3:312371/149‑1 (MQ=255) aCGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGa < 6:128962/148‑1 (MQ=255) aCGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGa < 5:91795/148‑1 (MQ=255) aaCGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACt > 6:54830/1‑148 (MQ=255) aaCGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTa > 8:8148/1‑149 (MQ=255) aCATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACAcc < 7:134659/149‑1 (MQ=255) catcatCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCaa < 1:158009/117‑1 (MQ=255) catcatCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCaa > 2:158009/1‑117 (MQ=255) atcatcTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGa < 7:8148/149‑1 (MQ=255) cGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACTAACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGa < 1:235056/148‑1 (MQ=255) ggTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGata < 7:160792/148‑1 (MQ=255) cTGATCACCCTCAACGGCGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCACTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCgg > 6:234549/1‑149 (MQ=255) agcACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGGACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCTGTGCTTTCATT‑TTTTTTTTTTTTGATAAGTAGATCACCGAGATCTACACCGAGTTCGATATCTCCGGt < 4:285364/145‑1 (MQ=255) aTCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGc > 2:74643/1‑149 (MQ=255) ttctgtgcaacgtacgtctgcagggcctggtagccctcgctgacgTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGc > 1:320839‑M2/46‑118 (MQ=255) ttctgtgcaacgtacgtctgcagggcctggtagccctcgctgacgTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGc < 2:320839‑M2/73‑1 (MQ=255) tCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGAc > 5:56285/1‑149 (MQ=255) aaCGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACgg < 3:157240/149‑1 (MQ=255) aacgtacgtctgcagggcctggtagccctcgctgacgTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGc > 4:149483‑M2/38‑148 (MQ=255) gtgtCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAAt < 5:54830/149‑1 (MQ=255) gtgtCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGGCGGTGCTGTCACT‑AGCAGCAATGTTCTCGAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGTTATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAAt < 7:128381/149‑1 (MQ=255) tcgtcAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGa > 6:13554/1‑148 (MQ=255) TCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ATTAGAATTTTTGATAAGTAGATCACCGAGAACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATc > 4:4032‑M1/1‑149 (MQ=255) TCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATc < 7:2853‑M1/149‑1 (MQ=255) cGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGt > 7:242888/1‑149 (MQ=255) tACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGtgg > 2:111026/1‑149 (MQ=255) cccTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGtggcaatgg > 2:243732/1‑148 (MQ=255) cTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCg < 5:165478/91‑1 (MQ=255) cTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCg > 6:165478/1‑91 (MQ=255) tGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGtggcaatggcgag > 8:56235/1‑146 (MQ=255) aGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTGGCAATGGCAATGAc < 5:13554/149‑1 (MQ=255) acgTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTGGCAATGGCAATGACa > 7:279755‑M2/4‑148 (MQ=255) | GGCCAAGGCGATTCTCGGTCACTCCGAAGCAACGGTGCCAGGTGCCGACACCATTGATAGTGGTAACGGCAACGACATCATCTTCGGTGACCTGATCACCCTCAACGGTGTCGTCAGCGAGGGCTACCAGGCCCTGCAGACGTACGTTGCACAGAAGAGCGGTGTTGAAGTCGGTGCTGTCACT‑ACCAGCAATGTTCACCAGTACATCACCGAGCACTACACCGAGTTCGATATCTCCGGTGCCAAGGACGGCAATGACATCCTGTCGGGTGGCAATGGCAATGACA > NC_002947/219805‑220091 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |