New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 3052482 | 52 (1.000) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 5.7% | coding (1182/1899 nt) | PP_2664 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
? | NC_002947 | = 3052535 | 49 (0.990) | coding (1235/1899 nt) | PP_2664 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
AGAGCTGCATTTTGTGGGGTGTTCTGCCGTCGTGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGG > NC_002947/3052389‑3052682 | agagCTGCATTTTGTGGGGTGTTCTGCCGTCGTGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTg > 2:5638‑M2/1‑147 (MQ=255) cATTTTGTGGGGTGTTCTGCCGTCGTGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGa < 6:315340/149‑1 (MQ=255) aTTTTGTGGGGTGTTCTGCCGTCGTGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGaa < 3:137657/149‑1 (MQ=255) cgtcgtGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGcggc‑at‑‑cg < 5:13833/149‑1 (MQ=255) cgtcgtGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGcggc‑at‑‑cg > 6:64224/1‑149 (MQ=255) aGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCga < 5:53569/149‑1 (MQ=255) aGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCg > 6:53569/1‑148 (MQ=255) gTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCgaa < 4:294423/149‑1 (MQ=255) tGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCg > 4:144591/1‑146 (MQ=255) aCATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCgaa > 4:95374/1‑146 (MQ=255) aCATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCgaa < 3:95374/146‑1 (MQ=255) cATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCgaag‑aa < 4:40913/148‑1 (MQ=255) tgGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCgaa > 7:80646/1‑134 (MQ=255) tgGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCgaa < 8:80646/134‑1 (MQ=255) tgGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGa > 8:7946/1‑148 (MQ=255) aCGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGt > 1:22385/1‑149 (MQ=255) aTCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCt > 1:233541/1‑149 (MQ=255) tCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTg < 8:114304/149‑1 (MQ=255) tCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTg > 3:298626/1‑149 (MQ=255) tCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTg > 4:40233/1‑149 (MQ=255) cTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTg > 1:156498/1‑147 (MQ=255) cTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGa < 3:144591/149‑1 (MQ=255) aaCCTGCTCAGTAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCaa < 8:152375/149‑1 (MQ=255) aaCCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTc > 4:265831/1‑147 (MQ=255) cTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTgcggatagcattgctgagcaggttgcgcaggatgcgtgccagcatctggatgtcactgagcactacggcagaaca < 6:318585‑M2/149‑76 (MQ=255) cTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCggg < 2:264656/148‑1 (MQ=255) aGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCAGGGTGa > 2:44165/1‑149 (MQ=255) cAATTCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGGTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGAtg < 6:48988/149‑1 (MQ=255) aTGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCTCGTGGTGCTGGGGTGTCGTCGCCTGCGCGGTGGCGTgcggatagcatttctgagcaggttgcgcaggatgcgtgccagcagctggatgtcactgcgcacgacggcagaacaccccacaaaa > 5:318585‑M2/1‑64 (MQ=255) tATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTgcggatagcattgctgagcaggttgcgcaggatgcgtgccagcagctggatgtcactgcgcacgacggcagaacaccccacaaaatg < 5:311567‑M2/147‑88 (MQ=255) tATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCATGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAgc > 2:216362/1‑149 (MQ=255) cGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGcc < 6:239175/148‑1 (MQ=255) gCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCg > 5:124111/1‑149 (MQ=255) cTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCgg < 2:156498/149‑1 (MQ=255) cacCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGa < 5:64224/147‑1 (MQ=255) cacCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGAc < 7:7946/148‑1 (MQ=255) ccAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGCAATGGAGGCATTGCCGAAGTGACAACAGCAAGACATGTTAATGGAGTTGAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCCGAc > 1:101813/1‑147 (MQ=255) ccAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCCCACGGTCCTggtc > 7:268708/1‑147 (MQ=255) cAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGAcc < 6:124111/149‑1 (MQ=255) cAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGAcc > 7:63955/1‑149 (MQ=255) gcgTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTg > 5:256745/1‑149 (MQ=255) tggtgCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGt > 5:300902/1‑149 (MQ=255) gtgCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGTGGTGATGTGCAGCCCACGGTCCTGGTCCGGGCGCTgcacat < 8:268708/149‑6 (MQ=255) tgCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCggg < 8:46328/108‑1 (MQ=255) tgCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCggg > 7:46328/1‑108 (MQ=255) tGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCATGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGc < 1:216362/149‑1 (MQ=255) ggggTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGTTGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGcc > 5:276344/1‑149 (MQ=255) ggTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTg < 6:300902/149‑1 (MQ=255) ggTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTg < 6:256745/149‑1 (MQ=255) gtgtCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTgg < 3:40233/149‑1 (MQ=255) gtgtCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTgg > 1:183962/1‑149 (MQ=255) cgcCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGt < 7:276585/149‑1 (MQ=255) cgcCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGCACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGATCAAGCGGGGTGATTTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGt < 3:307980/149‑1 (MQ=255) gcCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTg < 6:276344/149‑1 (MQ=255) tGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGgag < 2:183962/149‑1 (MQ=255) gTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCgg > 8:45100/1‑149 (MQ=255) | AGAGCTGCATTTTGTGGGGTGTTCTGCCGTCGTGCGCAGTGACATCCAGCTGCTGGCACGCATCCTGCGCAACCTGCTCAGCAATGCTATCCGCTACACCCCCAGCGGGCGCGTGGTGCTGGGGTGTCGGCGCCTGCGCGGTGGCGTGCGGATTGAAGTATGGGACAGCGGC‑AT‑‑CGGCATTGCCGAAG‑AACACCTGCAAGACATGTTCCTGGAGTTCAAGCGGGGTGATGTGCAGCGCCCGGACCAGGACCGTGGGCTGGGTCTGGGCCTGGCAATCGTGGAGAAGATCGCCGG > NC_002947/3052389‑3052682 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |