| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 5787981 | 53 (1.020) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 5.5% | coding (788/900 nt) | ynfL | DNA‑binding transcriptional regulator |
| ? | NC_002947 | = 5788004 | 53 (1.070) | coding (765/900 nt) | ynfL | DNA‑binding transcriptional regulator | |||||
ACCGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATTGT > NC_002947/5787862‑5788148 | aCCGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTtcgat > 6:131778‑M2/1‑143 (MQ=255) cGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgcg > 7:261961/1‑149 (MQ=255) aTCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgcgcatg > 8:232417/1‑149 (MQ=255) gaccgaccACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAac > 2:88268/1‑149 (MQ=255) accgagcACCTGGCCTGTCAACAACTGGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTTCACCATCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAacg < 2:36778/149‑1 (MQ=255) accgaccACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAacg < 5:307320/149‑1 (MQ=255) cgaccACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAacgac < 2:108099/149‑1 (MQ=255) cgaccACCTACCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAacgac > 6:47897/1‑149 (MQ=255) accaccTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGc > 7:34521/1‑149 (MQ=255) ccTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCgg > 8:298622/1‑148 (MQ=255) tCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGa > 1:141762/1‑148 (MQ=255) aacaacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGaa > 1:41685/1‑128 (MQ=255) aacaacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGaa < 2:41685/128‑1 (MQ=255) aacaacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTAGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCATCGATGAGCATGAGCTGGAACGACGACGGCAACACCGacac > 7:281349/1‑149 (MQ=255) aacTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACAcccc > 6:284188/1‑149 (MQ=255) acTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACAccccc < 1:284832/149‑1 (MQ=255) tCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAAAACCGACACCCCCAg > 2:51549/1‑149 (MQ=255) gCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGccc > 5:40480/1‑149 (MQ=255) aaTGCCTTGGCCAGGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCAACGACCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCccgc < 2:156954/149‑1 (MQ=255) aTGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCGACACCGACACCCCCAGCCccgcc > 5:44748/1‑149 (MQ=255) ccTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTTATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCgag > 8:1649/1‑149 (MQ=255) gCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCa < 7:232417/148‑1 (MQ=255) ccATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAgg > 4:143333/1‑149 (MQ=255) cATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGc > 1:11900/1‑149 (MQ=255) cATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGc < 5:284188/149‑1 (MQ=255) gAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCgatgat < 5:47897/149‑1 (MQ=255) aCGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCg < 3:143333/149‑1 (MQ=255) tCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGatgatg > 1:298956/1‑138 (MQ=255) tCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGatgatg < 2:298956/138‑1 (MQ=255) gcgcTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTc < 1:88268/147‑1 (MQ=255) cgcTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTcccc < 1:51549/149‑1 (MQ=255) gccgCACCAGACACACCGCCTTCAGCGCCTCTTCATCGAGCACGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCGGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCt < 8:281349/146‑1 (MQ=255) gcTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCt > 1:50606/1‑149 (MQ=255) cACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGAAAGGTGCGCTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACCCCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGAGCATGGTCATCGCTTCCCCGGCct > 3:265316/1‑149 (MQ=255) ccAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCctct > 6:306203/1‑149 (MQ=255) cAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCtt > 3:45063/1‑149 (MQ=255) gCCACACCGCCGTTATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTgc < 7:1649/149‑1 (MQ=255) gCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTgc < 7:292740/149‑1 (MQ=255) gCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTgc < 7:298622/149‑1 (MQ=255) gCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTgc < 4:45063/149‑1 (MQ=255) gCCACACCGCCGTCATCGACTCTTCAACCAGCAAGGTCCGGTACACCACCCCTTCGATGCGAATGAGCTGGAACGAAGCAGGCAACACAGACACACCCAGCCCCGCCGACACCAGGCCGATGATGGACATAGCTTCCCCTGCATCttcc > 8:101124/1‑147 (MQ=255) ccACACCGCCGTCATCGCCTATTCATCGAGAAAGGTGCGGTACACAACACCTTCGATGCGAATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCACGCCGAGAACAGGCCGATGATGTTAATAGCTTCCCCTGCCTCTTgc > 4:250089/1‑148 (MQ=255) acacCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGatgcgc > 8:205988/1‑59 (MQ=255) acCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCaaa < 8:34521/149‑1 (MQ=255) ccgccgTCATCGCCTCTTCATCGAGCATGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCaaaa < 4:39195/149‑1 (MQ=255) tCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATggggg < 2:11900/149‑1 (MQ=255) aTCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGGACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCACTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCt > 3:87125/1‑149 (MQ=255) gCCTCTTCATCGAGCAATGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGa < 3:250089/148‑1 (MQ=255) ctctTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACGCCTtcgatgaagaggcgatgacggcggtgtggctggtgcagcgcgagcgtggtcattcggtcatggccaaggcatttgccgagttgttgacagggcaggtggtcggtcaggcgtgatg < 1:26837‑M2/149‑116 (MQ=255) ctTCATCGAGCAAGGTGTGGTACACCACCCCTtcgatgaagaggcgatgacggcggtgtggctggtgcagcgcgagcgtggtcattcggtcatggccaaggcatttgccgagttgttgacagggcaggtggtc < 6:80747‑M2/133‑102 (MQ=255) ctTCATCGAGCAAGGTGTGGTACACCACCCCTtcgatgaagaggcgatgacggcggtgtggctggtgcagcgcgagcgtggtcattcggtcatggccaaggcatttgccgagttgttgacagggcaggtggtc > 5:80747‑M2/1‑32 (MQ=255) cATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCg < 8:261961/147‑1 (MQ=255) gAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGcc < 5:306203/149‑1 (MQ=255) gCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGt > 6:312823/1‑149 (MQ=255) gTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCGGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCATAATTGGGTCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCa < 1:305348/149‑1 (MQ=255) gTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCa < 2:141762/149‑1 (MQ=255) accaccCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCaa > 5:156546/1‑149 (MQ=255) accaccCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCaa > 4:303592/1‑149 (MQ=255) ccaccCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTC‑TGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAAtt > 5:281244/1‑149 (MQ=255) ccccTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCGACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATtgt < 6:44748/149‑1 (MQ=255) | ACCGGCATCACGCCTGACCGACCACCTGCCCTGTCAACAACTCGGCAAATGCCTTGGCCATGACCGAATGACCACGCTCGCGCTGCACCAGCCACACCGCCGTCATCGCCTCTTCATCGAGCAAGGTGCGGTACACCACCCCTTCGATGCGCATGCGCTGGAACGACGCCGGCAACACCGACACCCCCAGCCCCGCCGAGACCAGGCCGATGATGGTCATCGCTTCCCCTGCCTCTTGCGCAAAATGGGGGCTGAAACCCGCATGCCGTGCCAGGCTCAGCAATTGT > NC_002947/5787862‑5788148 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |