New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 939586 | 43 (0.880) | 3 (0.060) | 3/248 | NT | 6.5% | coding (6036/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
? | NC_002947 | = 939632 | 45 (0.970) | coding (5990/18933 nt) | PP_0806 | surface adhesion protein |
GATCAAGGCCAGCTCGGTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCGGGGCTTCCGGTGGCGTG > NC_002947/939442‑939733 | gATCAAGGCCAGCTCGGTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAgg > 1:62093/1‑149 (MQ=255) tCGGTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGaa < 1:180391/134‑1 (MQ=255) tCGGTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGaa > 2:180391/1‑134 (MQ=255) gTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTg > 2:3458/1‑135 (MQ=255) gTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTg < 1:3458/135‑1 (MQ=255) gCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTg < 8:148762/149‑1 (MQ=255) gggggCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCtgtg < 5:199814/148‑1 (MQ=255) ggggCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCtgtt > 6:199814/1‑146 (MQ=255) ggTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTg > 6:137615/1‑149 (MQ=255) gTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGc > 5:91723/1‑149 (MQ=255) cTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCt > 3:77361/1‑149 (MQ=255) gcgtggcgACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGt > 2:219556/1‑124 (MQ=255) gcgtggcgACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGt < 1:219556/124‑1 (MQ=255) gcgtggcgACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGc > 2:62093‑M2/1‑147 (MQ=255) gcgACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGcaggcaccgtagttgccacaggcacggtcaacccggatggcaccttcgccatc < 5:207067‑M1/149‑54 (MQ=255) gACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATcgc < 5:309038/149‑1 (MQ=255) aCCGAGCCGGGTTGCCAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATcgcg < 1:118856/149‑1 (MQ=255) gggTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGaa > 6:141861/1‑149 (MQ=255) gCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCt < 5:141861/148‑1 (MQ=255) gagaCATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGcaggcaccgtagttgccacaggcacggtcaacccggatggcaccttcgcc > 6:173419‑M1/1‑78 (MQ=255) gagaCATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGcaggcaccgtagttgccacaggcacggtcaacccggatggcaccttcgcc < 5:173419‑M1/128‑51 (MQ=255) gagaCATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTgg > 7:53340/1‑148 (MQ=255) aTTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGCGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCtgt < 4:91463/102‑1 (MQ=255) aTTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGAGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCtgt > 3:91463/1‑102 (MQ=255) ccGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGCGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCtt > 5:157666/1‑148 (MQ=255) ccGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGCGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTc < 6:157666/149‑1 (MQ=255) gtaGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCt > 4:201755/3‑134 (MQ=255) gtaGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCt < 3:201755/132‑1 (MQ=255) ggTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTg > 2:50772/1‑121 (MQ=255) tCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTc < 5:11552/143‑1 (MQ=255) tCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTc > 6:11552/1‑143 (MQ=255) cACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAgctggc > 1:43748/1‑149 (MQ=255) ggTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCcggcgg < 6:91723/149‑1 (MQ=255) ggTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGGGCCTGCGCCAGCGCCCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCcggcgg > 1:254043/1‑149 (MQ=255) tGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGtt > 7:273119/1‑148 (MQ=255) ccATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGtt < 6:309772/146‑1 (MQ=255) ccATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGtt > 5:309772/1‑146 (MQ=255) ccATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGa > 6:54711/1‑148 (MQ=255) gggTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCgg < 2:43748/149‑1 (MQ=255) ggTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCggg < 8:53340/149‑1 (MQ=255) gTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGt > 7:40333/1‑140 (MQ=255) gTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGt < 8:40333/140‑1 (MQ=255) gTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCgggg > 1:57380/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCGGGGc > 6:258901/1‑149 (MQ=255) ttCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCGGGGc < 5:18935/149‑1 (MQ=255) cAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCGGGGCtt > 2:66030/1‑149 (MQ=255) ggTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCggg > 7:189984/1‑142 (MQ=255) ggTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCggg < 8:189984/142‑1 (MQ=255) tGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCAGCAGGTTGGTCGGGGCTTCCGGt > 5:300722/1‑149 (MQ=255) gATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGcgccatcaccttgaacccggccatcaccgatggcagtaccctgcaagtgaccctgaccgacgctgccggcaatgtctcgcaacccggctcggtcgc < 5:207067‑M2/149‑97 (MQ=255) aTGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGTCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCGGGGCTTCCGGTgg > 6:258706/1‑149 (MQ=255) ggCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGcgccatcaccttgaacccggccatcaccgatggcagtaccctgcaagtgaccctgaccgacgctgccggcaatgtctc > 6:173419‑M2/1‑50 (MQ=255) ggCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGcgccatcaccttgaacccggccatcaccgatggcagtaccctgcaagtgaccctgaccgacgctgccggcaatgtctc < 5:173419‑M2/128‑79 (MQ=255) gcaggcaccgtagttgccacaggcacggtcaacccggatggcaccttcgccatcaccttgaacccggccatcaccgatggcagtaccctgcaagtgaccctgaccgacgctgccggcaatgtctcgcaacccggctcggtcgccacgc > 2:62093‑M1/1‑1 (MQ=255) | GATCAAGGCCAGCTCGGTTGGCTGCGTGGGGGCCAGCAGGTCTGGCGTGGCGACCGAGCCGGGTTGCGAGACATTGCCGGCAGCGTCGGTCAGGGTCACTTGCAGGGTACTGCCATCGGTGATGGCCGGGTTCAAGGTGATGGCGAAGGTGCCATCCGGGTTGACCGTGCCTGTGGCAACTACGGTGCCTGCGCCATCGCGCACTTGAACGCTGGTACCGGCTTCACCGCGACCGGTCAGCTGGCTGCCGGCGGGGTTGATCACCAGGTTGGTCGGGGCTTCCGGTGGCGTG > NC_002947/939442‑939733 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |