New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1485867 | 47 (0.960) | 3 (0.070) | 3/244 | NT | 6.6% | coding (756/1098 nt) | yhdY | amino acid ABC transporter permease |
? | NC_002947 | = 1485897 | 41 (0.900) | coding (786/1098 nt) | yhdY | amino acid ABC transporter permease |
GCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAACACCTTCATTGCCCTGTTCAAGG > NC_002947/1485719‑1486012 | gCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGC < 5:188579‑M1/149‑1 (MQ=255) cGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAg > 4:151891/1‑149 (MQ=255) cTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGc < 3:151891/149‑1 (MQ=255) aTCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAg > 1:116753/1‑144 (MQ=255) aTCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAg < 2:116753/144‑1 (MQ=255) tCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATc < 3:73957/149‑1 (MQ=255) ccGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATccc > 6:121321/1‑148 (MQ=255) tACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGGCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAg > 4:237244/1‑149 (MQ=255) cTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAgg < 5:21759/148‑1 (MQ=255) cTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAgg < 6:26763/148‑1 (MQ=255) ggTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAgccg < 3:298223‑M2/149‑5 (MQ=255) aTGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTCCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCttcgtactggcccttggggatggcctgcaggccgccg < 1:177960‑M1/148‑38 (MQ=255) gctgcCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGa < 4:64946/138‑1 (MQ=255) gctgcCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGa > 3:64946/1‑138 (MQ=255) gcCGTTGTTCCTGCCAGAAGGGATGAGCTTCGACTAGCTGCTGCGGGCGATGATGGGTGTGATCCTTTTCCAGTCGGCGTACATCGCGGAGGTGGTGCGCGGCGTCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCa < 7:33765/129‑1 (MQ=255) cGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATg > 3:59992/1‑149 (MQ=255) ttgttCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATggg < 4:85554/149‑1 (MQ=255) tgttCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGc > 1:86298/1‑149 (MQ=255) cTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAg > 5:18720/1‑114 (MQ=255) cTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAg < 6:18720/114‑1 (MQ=255) tGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCttcgtactggcccttggggatggcctgcaggccgcc < 8:127023‑M1/131‑37 (MQ=255) tGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCttcgtactggcccttggggatggcctgcaggccgcc > 7:127023‑M1/1‑95 (MQ=255) tGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGc > 5:282641/1‑149 (MQ=255) ccAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTa > 6:14443/1‑149 (MQ=255) aGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACt > 1:201456/1‑149 (MQ=255) cATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCt < 8:276181/149‑1 (MQ=255) gACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCACAAGGGCCAGTACGAAg > 7:202307‑M2/1‑105 (MQ=255) gACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCACAAGGGCCAGTACGAAg < 8:202307‑M2/106‑2 (MQ=255) aCAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTg < 5:121321/149‑1 (MQ=255) aGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTg < 4:59992/149‑1 (MQ=255) tgctgcGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGt < 2:236354/145‑1 (MQ=255) tgctgcGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGt > 1:236354/1‑145 (MQ=255) tgcGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTg < 2:93456/149‑1 (MQ=255) cGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGcc < 4:209186/149‑1 (MQ=255) cGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGc < 5:14443/148‑1 (MQ=255) gggCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCg < 6:282641/149‑1 (MQ=255) tCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCt > 3:140950/1‑148 (MQ=255) gtgtGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACTTCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCt < 6:58966/145‑1 (MQ=255) gtgtGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACTTCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCt > 5:58966/1‑145 (MQ=255) gtgtGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAg > 4:94504/1‑149 (MQ=255) aTCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTtgt < 5:145607/149‑1 (MQ=255) aTCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTtg < 3:237244/148‑1 (MQ=255) tCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCATGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTtgt > 7:23554/1‑148 (MQ=255) cAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCTGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCg < 4:298223/148‑1 (MQ=255) cAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCgg > 8:139607/1‑149 (MQ=255) cAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCATGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCg < 8:23554/148‑1 (MQ=255) aGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTg < 7:156960/87‑1 (MQ=255) aGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTg > 8:156960/1‑87 (MQ=255) tCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCAt > 2:50118/1‑149 (MQ=255) cGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTc < 3:94504/149‑1 (MQ=255) aTCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAacac > 4:43047/1‑149 (MQ=255) gtgCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAACACCTTCATTGCCCt > 1:113876/1‑149 (MQ=255) cgcgGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAACACCTTCATTGCCCTGtt < 4:140950/149‑1 (MQ=255) gggatggcCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAACACCTTCATTGCCCTGtt > 3:190555/6‑148 (MQ=255) cggcggCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAgccgccgcgcaccacctcggcgatgtacgccgactgggacaggatcacaccgatcatcgcccgcagcagcttgtcgaagctcatgccttctggcaggaacaacggcagcat < 1:177960‑M2/148‑112 (MQ=255) ggcggcCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAgccgccgcgcaccacctcggcgatgtacgccgactggaacaggatcacaccgatcatcgcccgcagcagcttgtcgaagctcatgccttctggca < 8:127023‑M2/131‑96 (MQ=255) ggcggcCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAgccgccgcgcaccacctcggcgatgtacgccgactggaacaggatcacaccgatcatcgcccgcagcagcttgtcgaagctcatgccttctggca > 7:127023‑M2/1‑36 (MQ=255) ggcggcCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAACACCTTCATTGCCCTGTTCaa < 2:113876/149‑1 (MQ=255) cggcttcgtactggcccttggggatggcctgcaggccgccgcgcaccacctcggcgatgtacgccgactggaacaggatcacaccgatcatcgcccgcagcagcttgtcgaagctcatgccttctggcaggaacaacggcagcatcacc < 3:298223‑M1/149‑146 (MQ=255) cttcgtactggcccttgtggatggcctgcaggccgccgcgcaccacctcggcgatgtacgccgactggaacaggatcacaccgatcatcgcccgcagcagcttgtc > 7:202307‑M1/1‑1 (MQ=255) cttcgtactggcccttgtggatggcctgcaggccgccgcgcaccacctcggcgatgtacgccgactggaacaggatcacaccgatcatcgcccgcagcagcttgtc < 8:202307‑M1/106‑106 (MQ=255) | GCGTACCGCTGATCACCGTACTGTTCATGTCGTCGGTGATGCTGCCGTTGTTCCTGCCAGAAGGCATGAGCTTCGACAAGCTGCTGCGGGCGATGATCGGTGTGATCCTGTTCCAGTCGGCGTACATCGCCGAGGTGGTGCGCGGCGGCCTGCAGGCCATCCCCAAGGGCCAGTACGAAGCCGCCGCGGCCATGGGCCTTGGCTACTGGCGCTCGATGGGGCTGGTGATCTTGCCGCAGGCGCTGAAGCTTGTGATCCCCGGCATCGTCAACACCTTCATTGCCCTGTTCAAGG > NC_002947/1485719‑1486012 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |