New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 2432060 | 32 (0.650) | 3 (0.060) | 3/252 | NT | 8.7% | intergenic (‑104/‑69) | PP_2130/uup | lytic transglycosylase/ABC transporter ATP‑binding protein |
? | NC_002947 | = 2432095 | 32 (0.680) | intergenic (‑139/‑34) | PP_2130/uup | lytic transglycosylase/ABC transporter ATP‑binding protein |
CGGGCAGTTGAACCATGGGAAGTGTCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCTGGCAGATCG > NC_002947/2431917‑2432207 | cGGGCAGTTTAACCATGGTAAGTGTCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAGGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGAAGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTg < 7:193011/149‑1 (MQ=255) aGTTGAACCATGGGAAGTGTCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTg > 3:224698/1‑149 (MQ=255) ttGAACCATGGGAAGTGTCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGc > 6:281880/1‑149 (MQ=255) cATGGGAAGTGTCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGc > 3:279210/1‑149 (MQ=255) aGTGGCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGaa < 6:44026/149‑1 (MQ=255) gcggAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCtgacttggccttcgacggcatccgccaggcc > 2:146819‑M1/1‑117 (MQ=255) ggAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGcc < 7:143669/123‑1 (MQ=255) ggAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGcc > 8:143669/1‑123 (MQ=255) gCCAGCACTATTGAAAGCTGTTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAgg < 7:78140‑M2/149‑3 (MQ=255) ccAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAggt > 2:260987‑M2/1‑146 (MQ=255) aCTATTGACAGCTATTTCCTTCGCTTTGCTGTTTGCCGGCAGTGCGTGAAAGCACTCTGCTTGTATCGGCAAATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCtgactttgccttcgacggcatccgccaggccaaccggtaggca < 6:125285‑M1/149‑44 (MQ=255) aCTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAAt < 5:281880/149‑1 (MQ=255) gAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCtgacttggccttcgacggcatccgccaggccaaccggtaggcacctgg < 1:146819‑M1/148‑49 (MQ=255) tATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCAGTCGAAGGCCAAGTCAggta < 4:179098‑M2/133‑5 (MQ=255) ccTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATgg < 4:279210/149‑1 (MQ=255) ccTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATg > 4:95765/1‑148 (MQ=255) ttagctGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGgagagatc > 3:207694/1‑145 (MQ=255) ttagctGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGga < 4:207694/143‑1 (MQ=255) ttagctGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGaa > 1:251096/1‑149 (MQ=255) agctGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACa > 5:297137/1‑149 (MQ=255) gctGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACAt < 8:78140/149‑1 (MQ=255) tGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGa > 6:241914/1‑149 (MQ=255) tttGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGAcc < 6:71230/149‑1 (MQ=255) gTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAAt > 1:59924/1‑149 (MQ=255) ggTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTc < 6:297137/148‑1 (MQ=255) tGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGc > 8:122121/1‑149 (MQ=255) aaaGCACTGTGGTTGTATCGGGATTTTAAGGGCGACCTGATGTCGCCCCGGGCCAACCGGTTCCCCTGGCGGATGGCGTGGAAGGCCAAGTGAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTTCTCAATTTGAGCgc < 6:267896/149‑2 (MQ=255) aGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGAtg > 2:275427/1‑149 (MQ=255) tCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCg > 2:77900/1‑149 (MQ=255) gATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTcc > 5:302436/1‑135 (MQ=255) gATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTcc < 6:302436/135‑1 (MQ=255) gATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGgcgc < 4:224698/149‑1 (MQ=255) ttAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCAt < 7:122121/148‑1 (MQ=255) gACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGACGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCgctgct > 8:223440/1‑149 (MQ=255) gACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCgctgc < 5:241914/148‑1 (MQ=255) ccAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAggtaggcacctggcgacatctggtcgaacttaatatcccgatacaagcacagtgctttcacccactgccggcaaacagctaagctaaggcaatagctttc < 1:146819‑M2/148‑101 (MQ=255) ccAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTc < 2:251096/149‑1 (MQ=255) aGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCt < 1:77900/149‑1 (MQ=255) gTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCTgg < 1:275427/149‑1 (MQ=255) tGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCTGGc < 3:95765/149‑1 (MQ=255) tGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCAAAGTCAggtaggcacctggcgacatctggtcgaacttaatttgccgatacaagcagagtgctttcacgcactgccggcaaacagcaaagcgaaggaaatagctgtcaatagt < 6:125285‑M2/149‑107 (MQ=255) cTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCTgg > 3:164472/1‑145 (MQ=255) tACCtgacttggccttcgactgcatccgccaggccaaccggtaggcacctggcgacatctggtcgaacttaatatcccgatacaagcacagtgctttcacccactgccggcaaacagctaagctaaggcaata < 4:179098‑M1/133‑130 (MQ=255) tACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCTgg > 7:115425/1‑144 (MQ=255) aCCtgacttggccttcgacggcatccgccaggccaaccggtaggcacctggcgacatctggtcgaacttaatatcccgatacaagcacagtgctttcacccactgccggcaaacagctaagctaaggcaatagctttcaatagtgctgg > 2:260987‑M1/1‑3 (MQ=255) cctgacttggccttcgacggcatccgccaggccaaccggtaggcacctggcgacatctggtcgaacttaatatcccgatacaagcacagtgctttcacccactgccggcaaacagctaagctaaggcaacagctttcaatagtgctggc < 7:78140‑M1/149‑148 (MQ=255) | CGGGCAGTTGAACCATGGGAAGTGTCGGCGGAGCCAGCACTATTGAAAGCTATTGCCTTAGCTTAGCTGTTTGCCGGCAGTGGGTGAAAGCACTGTGCTTGTATCGGGATATTAAGTTCGACCAGATGTCGCCAGGTGCCTACCGGTTGGCCTGGCGGATGCCGTCGAAGGCCAAGTCAGGTAGAATGCGCGCCCGATTTATGGAGACGAACATGACCCTGCTCAAATTCAGCGATGTGTCCCTCGCATTCGGCGCCATGCCGCTGCTGGACAAAGTGTCCTGGCAGATCG > NC_002947/2431917‑2432207 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |