| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 2775521 = | 35 (0.720) | 4 (0.090) | 4/244 | NT | 10.1% | intergenic (‑10/‑133) | PP_5521/sotB | hypothetical protein/sugar efflux transporter |
| ? | NC_002947 | 2775581 = | 39 (0.860) | intergenic (‑70/‑73) | PP_5521/sotB | hypothetical protein/sugar efflux transporter | |||||
GTCCCAGCCGTGCGCACGGCCCTGCGCGACGTAGTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCTTGTCTGCGGAGAAGC > NC_002947/2775374‑2775669 | ccgctgcccgttgtgggcggcaggtgtgtgggtatgggtccgttcatgggtggaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgg > 2:263085‑M1/148‑148 (MQ=255) ctgcccgttgtgggcggcaggtgtgtgggtatgggtccgttcatgggtggaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATg > 1:121435‑M1/145‑149 (MQ=255) ctgcccgttgtgggcggcaggtgtgtgggtatgggtccgttcatgggtggaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATg > 6:105429‑M1/145‑149 (MQ=255) ctgcccgttgtgggcggcaggtgtgtgggtatgggtccgttcatgggtggaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATg > 8:33341‑M1/145‑149 (MQ=255) ccAGCCGTGCGCACGGCCCTGCGCGACGTAGTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATg > 3:62637/1‑149 (MQ=255) ccAGCCGTGCGCACGGCCCTGCGCGACGTAGTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATg < 3:56246/149‑1 (MQ=255) cACGGCCCTGCGCGACGTAGTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCt < 8:54569/149‑1 (MQ=255) cggtaggtgtgtgggtatgggtccgttcatgggtggaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgg < 2:93967‑M1/1‑1 (MQ=255) cggtaggtgtgtgggtatgggtccgttcatgggtggaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgg > 1:93967‑M1/131‑131 (MQ=255) cGTAGTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGTGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGtt < 1:187539/149‑1 (MQ=255) gTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGa < 1:104846/149‑1 (MQ=255) tCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑Gccc > 7:44125/1‑137 (MQ=255) tCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑Gccc < 8:44125/137‑1 (MQ=255) gCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGa < 4:260626/139‑1 (MQ=255) gCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGa > 3:260626/1‑139 (MQ=255) gaaaccgcttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTa < 4:127025‑M1/54‑1 (MQ=255) gCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGGGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCa < 6:299966/149‑1 (MQ=255) gATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATg > 1:268218/1‑149 (MQ=255) cttctccgcagacaaggcaacaggtcgcacgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGcc > 3:127025‑M1/89‑149 (MQ=255) tgcctgcTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTc < 6:93766/99‑1 (MQ=255) tgcctgcTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCggg > 3:256409/1‑148 (MQ=255) aacaggtcgctcgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATGGTACTCGTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATaa > 6:243456‑M1/71‑149 (MQ=255) aacaggtcgcccgccagccacccgcttgcagggggccaacgtacgtttttgttatggataggaatgcccgGCATGGTACTCGTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATaa < 5:243456‑M1/79‑1 (MQ=255) ctgctgGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATaa < 4:206876/148‑1 (MQ=255) ttgcttgTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCgg > 8:43173/1‑120 (MQ=255) ttgcttgTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCgg < 7:43173/120‑1 (MQ=255) tgcttgTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGtt > 4:177909/1‑149 (MQ=255) tgcttgTCCATGAGAGGATCCCGCTCATTGTTGCAAACGCCTATCACACAAAGCCCGCATGGTACTCCTTCTCGCT‑GCCCTGCGCATGAGCGGCCCCAGCATCGCGCGTACCATGCCCGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGAACGtt > 8:240763/1‑149 (MQ=255) cttgTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTgg > 7:185467/1‑149 (MQ=255) ttgTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGc > 1:227677/1‑149 (MQ=255) ccATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGccccc > 1:144782/1‑149 (MQ=255) cATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCt < 2:144782/149‑1 (MQ=255) ggCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGtggc > 4:50419/1‑149 (MQ=255) ggCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGtggc > 2:273153/1‑149 (MQ=255) cTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCgg > 7:175745/1‑142 (MQ=255) cTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCgg < 8:175745/142‑1 (MQ=255) cTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGtggctg > 2:204516/1‑149 (MQ=255) gttgCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGt < 8:185467/147‑1 (MQ=255) gCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGAc > 3:31454/1‑149 (MQ=255) acacGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGtggctgg > 3:42319/1‑139 (MQ=255) acacGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGtggctgg < 4:42319/139‑1 (MQ=255) cgcgTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGtt < 2:268218/149‑1 (MQ=255) tCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCtt < 4:31454/148‑1 (MQ=255) acaAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCTGGCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTc > 1:179323/1‑79 (MQ=255) acaAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTc < 2:179323/78‑1 (MQ=255) aaaGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCTTGTCTGCg > 8:114437/1‑149 (MQ=255) aaGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCTTGTCTGCg > 3:150526/1‑148 (MQ=255) aGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGa > 7:83714/1‑129 (MQ=255) aGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGa < 8:83714/129‑1 (MQ=255) gcgcATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCTTGTCTGCGGAGaa < 4:62637/149‑1 (MQ=255) GCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCTTGTCTGCGGAGAAGc < 6:28755‑M1/149‑1 (MQ=255) GCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCAACCTGTTGCCTTGTCTGCGGAGAAGc < 1:16128‑M1/149‑1 (MQ=255) | GTCCCAGCCGTGCGCACGGCCCTGCGCGACGTAGTCGTTGACGGCCTGGGCATAGGCGATGACTGCCTGCTGCCACTGCTGCTGGGGGTCTTGCTTGTCCATGAGCGGATCGGGCTCCTTGTTGCACACGCGTTTCACACAAAGCGCGCATGGTACTCCTTCTGGCT‑GCCCTGCGGTTGTGAGGCCCCAGCTTGGCGCGTACCATGCCGGGCATTCCTATCCATAACAAAAACGTACGTTGGCCCCCTGCAAGCGGGTGGCTGGCGTGCGACCTGTTGCCTTGTCTGCGGAGAAGC > NC_002947/2775374‑2775669 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |