New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 4898669 = | 44 (0.900) | 3 (0.060) | 3/254 | NT | 6.4% | coding (800/924 nt) | PP_4307 | DMT superfamily permease |
? | NC_002947 | 4898693 = | 45 (0.950) | coding (776/924 nt) | PP_4307 | DMT superfamily permease |
CAGGCTGGCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCGGTGTGCACCATACCCA > NC_002947/4898523‑4898816 | cAGGCTGGCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAgcggc < 3:122199/149‑1 (MQ=255) aGGCTGGCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAgcggcg > 5:161573/1‑149 (MQ=255) gCTGGCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGgcgc > 8:6451/1‑148 (MQ=255) gCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGc < 8:208578/149‑1 (MQ=255) gCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGc > 7:208578/1‑149 (MQ=255) cAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCg < 6:161573/149‑1 (MQ=255) ggCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCg > 1:204195/1‑148 (MQ=255) cATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAAc > 1:166821/1‑149 (MQ=255) ttGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCAACCCCCACCCACACTATCCGCGCCAGGCGGTGGCCCAACGCCACCCac > 3:303092/1‑148 (MQ=255) gCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGt < 7:223867/148‑1 (MQ=255) cGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCCCCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGCACGCCACCCAGTcc > 1:124051/1‑149 (MQ=255) cGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCACCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTcc < 4:131013/149‑1 (MQ=255) cacaccggcctgatgtatgtactgttgtacagcgccatccagcgtttgcccacggccttgaccggtgcgctgtcgttcatttactagattgcggcaattctggtggactgggtGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTccac > 1:91348‑M1/114‑148 (MQ=255) ctctTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTccac > 6:210559/1‑146 (MQ=255) cggcctgatgtatgtactgttgtacagcgccatccagcgtttgcccacggccttgaccggtgcgctgtcgttcatttacccgattgcggcaattctggtggactgggtGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGa < 6:250342‑M1/39‑1 (MQ=255) cggcctgatgtatgtactgttgtacagcgccatccagcgtttgcccacggccttgaccggtgcgctgtcgttcatttacccgattgcggcaattctggtggactgggtGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGa > 5:250342‑M1/109‑147 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGaa < 2:166821/146‑1 (MQ=255) cgcgGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTg > 6:243015/1‑149 (MQ=255) cgGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGcc < 6:57118/149‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCAGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCCGGCGGTGCCCGCACGCCACCCCGTCCACCAGAAATGCCg > 4:151248/1‑148 (MQ=255) aaCCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAAt < 5:243015/148‑1 (MQ=255) cccGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCgg > 8:18824/1‑149 (MQ=255) cgcCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTaa < 2:204195/149‑1 (MQ=255) gcCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTaaa < 7:18824/149‑1 (MQ=255) ccGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCg < 3:151248/149‑1 (MQ=255) gAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCgg > 2:292665/1‑148 (MQ=255) gAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAgg > 5:69719/1‑149 (MQ=255) gAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCCGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAgg > 7:10460/1‑149 (MQ=255) caccCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCCCCCCCCGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCCCCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGGCAAGGCCGTggg > 4:302899/1‑149 (MQ=255) caccCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTggg < 1:115614/149‑1 (MQ=255) accCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTggg > 3:107176/1‑148 (MQ=255) tgctgcATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCg > 8:104386/1‑129 (MQ=255) tgctgcATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCg < 7:104386/129‑1 (MQ=255) ctgcATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGc < 6:89328/148‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCCCCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGa > 7:251030/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATgg > 6:62208/1‑149 (MQ=255) ccgccAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGt < 7:6451/147‑1 (MQ=255) ccgccAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTa < 7:231413/148‑1 (MQ=255) ccgccAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTa > 2:296502/1‑148 (MQ=255) ggATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGtaca < 6:69719/149‑1 (MQ=255) gATCAACCCCACCACCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGAGCACCGGTCAAGGCCCTGCGCAAACGCTGTATGGCGCTGTACAACAGtaca > 1:302607/1‑148 (MQ=255) cAACCCCACACCCACCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGAGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCCCACCCGTCAAGCCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGtacatac > 6:114573/1‑148 (MQ=255) accccaccccCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATc < 8:10460/149‑1 (MQ=255) ccccaccccCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAATGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCa < 1:193280/149‑1 (MQ=255) caccccCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTacatacat < 2:71353/144‑1 (MQ=255) caccccCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTacatacat > 1:71353/1‑144 (MQ=255) accccCAGCGACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGcc < 4:303092/149‑1 (MQ=255) ccccAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAAAGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCgg > 1:182112/1‑149 (MQ=255) ccAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCgggt > 7:47630/1‑147 (MQ=255) cACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCGGTGTGCAc > 6:117797/1‑149 (MQ=255) aGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAgg > 7:291373/1‑132 (MQ=255) aGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAgg < 8:291373/132‑1 (MQ=255) gcggcgCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCGGTGTGCACCATAccc < 2:124051/149‑1 (MQ=255) cggcgCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCGGTGTGCACCATACCCa < 4:107176/149‑1 (MQ=255) | CAGGCTGGCAAAAAGCGGCATTCTACCTTGCGGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTACAGGATGCCGCGCCGAGCGGAACCACCACCCCTGCTGCATGCCCGCTGCCGCCAGCAGGATCAACCCCACCCCCAGCCACTGTAGCGGCGCCAGGCGGTGCCCGAACGCCACCCAGTCCACCAGAATTGCCGCAATCGGGTAAATGAACGACAGCGCACCGGTCAAGGCCGTGGGCAAACGCTGGATGGCGCTGTACAACAGTACATACATCAGGCCGGTGTGCACCATACCCA > NC_002947/4898523‑4898816 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |