New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5201579 = | 37 (0.760) | 4 (0.110) | 4/188 | NT | 18.4% | intergenic (‑65/‑115) | PP_4582/PP_4583 | membrane protein/putative Peptidase |
? | NC_002947 | 5201674 = | 9 (0.260) | intergenic (‑160/‑20) | PP_4582/PP_4583 | membrane protein/putative Peptidase |
GCTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTCCAATCAAGAGACCTTCAATGCCAACCAAGCCCCAACCCCCGATTGCCCAA > NC_002947/5201436‑5201726 | gCTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCt > 7:112011/1‑149 (MQ=255) cctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGc > 6:145024‑M1/145‑148 (MQ=255) ctggtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagttcctg < 1:263755‑M1/6‑5 (MQ=255) cTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAATGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAACGACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCt < 1:180550/149‑1 (MQ=255) cTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCtg > 3:286431/1‑149 (MQ=255) gtaggcgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCtgt > 4:131365‑M1/141‑148 (MQ=255) gAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCtgt < 8:168671/147‑1 (MQ=255) cccACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACACGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGc < 4:189026/149‑1 (MQ=255) cgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttggagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGc > 2:92085‑M1/136‑149 (MQ=255) cgttttcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTgtgccagc > 5:264944‑M1/136‑146 (MQ=255) accaGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCctc > 7:75376/1‑149 (MQ=255) tcagcttgcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCtt < 5:70603‑M1/19‑1 (MQ=255) ggCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑gg < 6:191459/149‑1 (MQ=255) ggCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGCTCTCGGTCATGTTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑gg < 7:162354/149‑1 (MQ=255) gcaggtaagcgagtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggagggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑ggg < 1:87882‑M1/25‑1 (MQ=255) ggcggcTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGc < 4:286431/149‑1 (MQ=255) gagtacctcgggggtgtcgcgctgtggcagccaggcatacgggccgggggccgggtcggcgtgggcaatcgggggttggggcgtggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc > 4:280009‑M1/114‑149 (MQ=255) gcTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCt < 3:20136/149‑1 (MQ=255) gcTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCt < 5:275738/149‑1 (MQ=255) agtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTcc < 6:210135‑M1/37‑1 (MQ=255) agtacctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 5:261618‑M1/36‑1 (MQ=255) cctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑gg > 7:151699‑M1/109‑132 (MQ=255) cctcgggggtgtcgcgctgttgcagccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑gg < 8:151699‑M1/24‑1 (MQ=255) cTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCt < 4:244080/149‑1 (MQ=255) aCAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGc > 1:52338/1‑149 (MQ=255) cAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGc > 6:198590/1‑148 (MQ=255) cGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTgg < 5:198590/149‑1 (MQ=255) gAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACACGCTCCTACCTCGGTGCGATcccgtttg > 7:133560/1‑142 (MQ=255) aGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGc < 8:75376/149‑1 (MQ=255) ggTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACCTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCg < 4:274890/149‑1 (MQ=255) gtgtAGTCGTTCTCGTTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg < 4:262589/149‑1 (MQ=255) gtgtAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCgg < 8:102908/149‑1 (MQ=255) agccaggcatacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggttggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCg > 2:95892‑M1/86‑149 (MQ=255) gtAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCg < 6:59104/126‑1 (MQ=255) gtAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCg > 5:59104/1‑126 (MQ=255) tAGTCTTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGTGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGt < 3:210822/148‑1 (MQ=255) catacgggtcggtggcctggtcggcttgggcaatcgggggtgggggcttggttggcattgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTAc > 5:210135‑M1/79‑149 (MQ=255) gtTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGca > 2:219919/1‑149 (MQ=255) tGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGCGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTAc < 7:129768/127‑1 (MQ=255) tGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGCGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTAc > 8:129768/1‑127 (MQ=255) aGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTTAACCCGCTGCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTAACCGCGAAGAGGGCGGCACCGGGaaag > 3:109078/1‑147 (MQ=38) cAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCt > 4:207352/1‑104 (MQ=255) cAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCt > 4:203352/1‑104 (MQ=255) cAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCt < 3:207352/104‑1 (MQ=255) cAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCt < 3:203352/104‑1 (MQ=255) gaTGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTCCAATCAAGAGAc > 1:223645/1‑149 (MQ=255) gATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTAc > 1:193194/1‑101 (MQ=255) gATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTAc < 2:193194/101‑1 (MQ=255) ac‑acTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc > 5:163129/1‑61 (MQ=255) ac‑acTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTc < 6:163129/61‑1 (MQ=255) attgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCggg > 7:270927‑M1/23‑88 (MQ=255) attgaaggtctcttgattggagTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCggg < 8:270927‑M1/66‑1 (MQ=255) gcAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACTCCAATCAAGAGACCTTGAATGCCAACCAAGCCCCCAcccc > 7:70437/1‑149 (MQ=38) tttGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTCCAATCAAGAGACCTTCAATGCCAACCAAGCCCCAACCCCCGATTGCCCaa > 6:153159/1‑149 (MQ=255) | GCTTGAAGCCCACCAGCAGGCACCCTAAGGCGGCTACTGCGTACAAGCCCCAGGCGAAGGTGTAGTCGTTCTCGGTCATGGTGTTCGTGCAAGCCAGGCAAAGAGATGCCTATGATAAAC‑ACTTTTCCGGGCGCAGACAGTGTTTGCCTGTGCCGGCCTCTTCGC‑GGGTAAACCCGCTCCTACCTCGGTGCGATCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGCAACTCCAATCAAGAGACCTTCAATGCCAACCAAGCCCCAACCCCCGATTGCCCAA > NC_002947/5201436‑5201726 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |