New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | 5281862 = | 48 (0.980) | 5 (0.110) | 5/248 | NT | 9.8% | coding (479/720 nt) | pcaH | protocatechuate 3,4‑dioxygenase subunit beta |
? | NC_002947 | 5281910 = | 47 (1.020) | coding (431/720 nt) | pcaH | protocatechuate 3,4‑dioxygenase subunit beta |
GAGCTTGGCGATCAACTGCTGCACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAGGTAGCGATCGTTCTT > NC_002947/5281714‑5282007 | gAGCTTGGCGATCAACTGCTGCACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATgcg > 3:167858/1‑149 (MQ=255) gAGCTTGGCGATCAACTGCTGCACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATgcg > 1:263493/1‑149 (MQ=255) gCGATCAACTGCTGCACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGgcg > 8:180379/1‑149 (MQ=255) ggtggagatgtggcaagccaacgccggcggccgctatcgccacaagaacgatcgctacctggcgcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcttccgcaccatcaaGCCGGgc > 8:239301‑M1/142‑148 (MQ=255) aTCAACTGCTGCACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCa < 5:147796/149‑1 (MQ=255) cACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGGAGATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCggg > 1:218573/1‑149 (MQ=255) cACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGc > 4:11601/1‑149 (MQ=255) ggTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCAt > 5:91905/1‑149 (MQ=255) gTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATg < 7:159791/149‑1 (MQ=255) gctatcgccacaagaacgatcgctacctggcgcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcttccgcaccatcaaGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACg < 3:227968‑M1/40‑1 (MQ=255) gACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTCGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCt > 7:201103/1‑149 (MQ=255) acaagaacgatcgctacctggcgcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcctccgcaccatcaaGCCGGgc < 3:9842‑M1/7‑1 (MQ=255) acaagaacgatcgctacctggcgcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcctccgcaccatcaaGCCGGgc > 4:9842‑M1/101‑107 (MQ=255) aTCGGGCACATGGG‑GCTCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGAGCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGAt < 8:283029/149‑1 (MQ=255) tCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATg < 2:263493/149‑1 (MQ=255) tCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATg < 7:21197/149‑1 (MQ=255) gaacgatcgctacctggcgcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcttccgcaccatcaaGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGAt > 6:969‑M1/97‑149 (MQ=255) ggCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTg > 6:295106/1‑149 (MQ=255) acgatcgctacctggcgcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcttccgcaccatcaaGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATgg > 4:227968‑M1/95‑149 (MQ=255) gCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGc > 3:150091/1‑149 (MQ=255) acaTCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCg > 1:278337/1‑148 (MQ=255) caTCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCAt > 1:107662/1‑121 (MQ=255) caTCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCAt < 2:107662/121‑1 (MQ=255) tCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAg > 5:199657/1‑149 (MQ=255) g‑gATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTg < 5:295106/149‑1 (MQ=255) aTCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTa < 2:278337/149‑1 (MQ=255) tCAGCGGGTCACCTTCGAACTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTaa < 7:91729/149‑1 (MQ=255) aGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGAt < 3:80640/131‑1 (MQ=255) aGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGAt > 4:80640/1‑131 (MQ=255) aGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTaa > 6:6181/1‑147 (MQ=255) gcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcttccgcaccatcaaGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCt > 8:184813‑M1/79‑127 (MQ=255) gcccctggacccgaacttcggtggtgttgggcggtgtctgaccgaccgtgacggctattacagcttccgcaccatcaaGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCt < 7:184813‑M1/49‑1 (MQ=255) ttCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCAcggt > 1:110497/1‑149 (MQ=255) ttCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCAcggt > 7:235548/1‑149 (MQ=255) agAATTACAACTGTGTGATCATCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCTAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCAcggtc < 8:235548/147‑1 (MQ=255) gAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCAcggtcgg < 4:150091/149‑1 (MQ=255) aaGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGCTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAAAAGCCGTCAcggtcggt > 7:124474/1‑149 (MQ=255) cTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGccc < 2:106862/100‑1 (MQ=255) cTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGccc > 1:106862/1‑100 (MQ=255) tGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGTGGGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACAcc > 1:67463/1‑149 (MQ=255) aTCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCaa < 2:62013/148‑1 (MQ=255) aGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAacac > 3:66288/1‑148 (MQ=255) gatcgatGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCg > 4:25292/1‑149 (MQ=255) atcgatGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCgg < 2:110497/149‑1 (MQ=255) tcgatGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCggg < 4:167858/149‑1 (MQ=255) tGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGacac > 7:113749/1‑121 (MQ=255) tGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGacac < 8:113749/121‑1 (MQ=255) tGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTc > 1:25125/1‑147 (MQ=255) gATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGgcgc > 1:291647/1‑147 (MQ=255) gATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGgcgc > 6:215834/1‑147 (MQ=255) gATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGcc > 1:73760/1‑148 (MQ=255) gATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGcc < 2:73760/148‑1 (MQ=255) aTGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCa < 4:66288/148‑1 (MQ=255) aTGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCa < 6:199657/148‑1 (MQ=255) ggCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGCTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAgg > 2:97847/1‑148 (MQ=255) gAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAGGTAGc > 6:5916/1‑149 (MQ=255) gT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAGGTAGCGAt < 3:11601/149‑1 (MQ=255) gATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAGGTAGCGATCg < 5:215834/148‑1 (MQ=255) tGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAGGTAGCGATCGTTCtt < 2:25125/149‑1 (MQ=255) | GAGCTTGGCGATCAACTGCTGCACGGCTTGCGGGTTGGCGATCGACTTGACGATCGGGCACATCGG‑GATCAGCGGGTCACCTTCGAAGTACAACTGGGTGATCAGCTTGGTGGCGATCGATGGGCCGCTGATGGCGAAGT‑GGATATGCGCCGGGCGCCAGTCGTTCGGGCCGTTGCGCCATGGGTACGGGCCCGGCTTGATGGTGCGGAAGCTGTAATAGCCGTCACGGTCGGTCAGACACCGCCCAACACCACCGAAGTTCGGGTCCAGGGGCGCCAGGTAGCGATCGTTCTT > NC_002947/5281714‑5282007 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |