New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_002947 | = 1183002 | 50 (1.020) | 4 (0.090) | 3/248 | NT | 7.7% | coding (1383/1458 nt) | mltF | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F |
? | NC_002947 | = 1183025 | 48 (1.040) | coding (1360/1458 nt) | mltF | membrane‑bound lytic murein transglycosylase F |
GCAAATCTTGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGGCAGCATCTTCTTCACGTCCAGCCACTTGTTC > NC_002947/1182880‑1183170 | gcAAATCTTGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACc < 2:199376‑M2/147‑2 (MQ=255) cAAATCTTGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccag > 1:199376‑M2/1‑145 (MQ=255) aaaTCTTGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccagg < 5:235076‑M2/149‑6 (MQ=255) tCTTGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccaggt < 1:298694‑M2/147‑7 (MQ=255) ttGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAg > 5:216512/1‑148 (MQ=255) ggCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTc > 7:146774/1‑149 (MQ=255) gcgcGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCg > 2:105697/1‑149 (MQ=255) ggTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCgtagt > 7:19109/1‑148 (MQ=255) gAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGt > 4:43383/1‑149 (MQ=255) agagGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTg < 2:265240/149‑1 (MQ=255) gagGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTgg < 6:56657/149‑1 (MQ=255) gTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCa > 1:188284/1‑149 (MQ=255) cTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATATCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACg > 6:234119/1‑148 (MQ=255) aCAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCATGTGAGGATGTCGTAGTAACGGAGGATGTTGGCCACGAAAt > 4:98922/1‑149 (MQ=255) aCAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGaaa < 4:250798/148‑1 (MQ=255) agtcTTAGATCGGCGTCGACTTATCCGCTGGCTTGTCGTTGTTGACCCCGGGAACATGCAGGTTTCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCATGGGAGGATTTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGc < 8:4568/146‑1 (MQ=255) aGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATg > 2:206251/1‑148 (MQ=255) cATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGtt < 6:216512/149‑1 (MQ=255) ggCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGcc < 8:48065/149‑1 (MQ=255) acTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACgg < 2:232696/149‑1 (MQ=255) acTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACgg < 5:180452/149‑1 (MQ=255) acTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACgg < 6:235076/149‑1 (MQ=255) aTCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCa > 3:151462/1‑148 (MQ=255) tCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGTATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGACCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATa < 1:196749/149‑1 (MQ=255) cGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAg < 3:43383/148‑1 (MQ=255) gCTGGCTTGTCCTTGTCGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGcc > 2:111710/1‑149 (MQ=255) gggtGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTAc > 5:226668/4‑149 (MQ=255) gCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTAc < 2:188284/149‑1 (MQ=255) ttGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACtt > 8:153660/1‑149 (MQ=255) gTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTg < 2:298694/148‑1 (MQ=255) tCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTgg < 1:206251/148‑1 (MQ=255) tCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTg < 8:146774/147‑1 (MQ=255) cTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCt < 7:153660/149‑1 (MQ=255) ttgttgACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTg > 4:228750/1‑149 (MQ=255) gttgCCCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCCCGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGcc > 6:76112/1‑149 (MQ=255) gACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGTCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATATCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCgg < 5:234119/148‑1 (MQ=255) gACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGc < 2:259897/126‑1 (MQ=255) gACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCgg > 3:137736/1‑148 (MQ=255) cccGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTAGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTAcc > 5:284812/1‑149 (MQ=255) gCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGc > 5:178893/1‑149 (MQ=255) aTGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCt < 8:19109/149‑1 (MQ=255) aTGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCt > 4:214445/1‑149 (MQ=255) cAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGag < 4:151462/149‑1 (MQ=255) ccTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccaggtggccgagggcaacctgcatgtgcccggggtcaacaaggacaagccagcggataagtcgtcgccgatgtaagcctgtcaggacctcttcgcgggcaaacccgcgcc < 5:172899‑M2/148‑112 (MQ=255) ccTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCa < 4:94133/130‑1 (MQ=255) ccTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCa > 3:94133/1‑130 (MQ=255) cTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccaggtggccgagggcaacctgcatgtgcccggggtcaacaaggacaagccagcggataagtcgtcgccgatgtaagcctgtcaggacctcttcgcgggcaaacccgcgccta < 5:181045‑M2/149‑114 (MQ=255) tCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccaggtggccgagggcaacctgcatgtgcccggggtcaacaaggacaagccagcggataagtcgtcgccgatgtaagcctgtcaggacctcttcgcgggcaaacccgcgccta < 2:243472‑M2/148‑114 (MQ=255) tCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACccaggtggccgagggcaacctgcatgtgcccggggtcaacaaggacaagccagcggataagtcgtcgccgatgtaagcctgtcaggacctcttcgcgggcaaacccgcgccta < 4:38296‑M2/148‑114 (MQ=255) gCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGgcag < 3:214445/149‑1 (MQ=255) ccACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGgcagc < 6:178893/149‑1 (MQ=255) cTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGGCAGCATCttcttc < 7:244179/149‑1 (MQ=255) cAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGGCAGCATCTTCTTCACGt < 3:228750/149‑1 (MQ=255) cTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTTGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCTCGGCAGCATCTTCTTCACGTCCa < 6:284812/149‑1 (MQ=255) gCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTAc < 4:225502/104‑1 (MQ=255) gCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTAc > 3:225502/1‑104 (MQ=255) ggCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGGCAGCATCTTCTTCACGTCCAGCCa < 1:111710/149‑1 (MQ=255) gTCACccaggtggccgagggcaacctgcatgtgcccggggtcaacaaggacaagccagcggataagtcgtcgccgatgtaagcctgtcaggacctcttcgcgggcaaacccgcgcctacaagatttgcgcagaacctgtaggagcgggc > 3:38296‑M2/1‑5 (MQ=255) tCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGGCAGCATCTTCTTCACGTCCAGCCACTTGTTc > 3:144050/1‑149 (MQ=255) | GCAAATCTTGTAGGCGCGGGTTTGCCCGCGAAGAGGTCCTGACAGGCTTACATCGGCGACGACTTATCCGCTGGCTTGTCCTTGTTGACCCCGGGCACATGCAGGTTGCCCTCGGCCACCTGGCCTTCCAGCTGCGGCTGGGTCACCCAGGTGAGGATGTCGTAGTAACGGCGGATGTTGGCCACGAAATGCACCGGTTCGCCCCCACGGGCATAGCCGTACTTGGTCTGCCGGTACCACTGCTTCTGAGCCAGCCGCGGCAGCATCTTCTTCACGTCCAGCCACTTGTTC > NC_002947/1182880‑1183170 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |